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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2015-11-24 20:55:54 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,竞争吸附这个问题应该如何研究,可以从那些方面去分析这个问题?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-25 07:29:08 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2015-11-24 20:02
或者您说的在IRC 里写上LQA,是在GJF文件里,以关键词的形式加上吗?老师

关键词部分写IRC里,诸如IRC(calcfc,LQA)或IRC(calcfc,GS2)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-25 07:29:58 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2015-11-24 20:55
请教老师,竞争吸附这个问题应该如何研究,可以从那些方面去分析这个问题?

比较不同物种的吸附能,或者做动力学/蒙特卡罗模拟,看看实际吸附,比例多少。
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发表于 Post on 2015-11-25 08:29:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-25 07:29
关键词部分写IRC里,诸如IRC(calcfc,LQA)或IRC(calcfc,GS2)

谢谢,我计算下。

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发表于 Post on 2015-11-25 08:38:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-25 07:29
比较不同物种的吸附能,或者做动力学/蒙特卡罗模拟,看看实际吸附,比例多少。

恩恩,谢谢老师。吸附能我知道如何计算,Eads=E(AB)-E(A)-E(B)。但是您说的动力学和/蒙特卡罗模拟,看看实际吸附,比例多少,这个很有新意,我看文献中没看到过,您能告诉一下如何操作吗?还有如何有这样的文献的话,麻烦老师推荐一两篇,非常感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-25 11:37:04 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2015-11-25 08:38
恩恩,谢谢老师。吸附能我知道如何计算,Eads=E(AB)-E(A)-E(B)。但是您说的动力学和/蒙特卡罗模拟,看看 ...

作者方面模拟的文章已经很多了。
文献我手头没有,一搜就能找到一堆
搜molecular dynamics 、monte carlo加上adsorption

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发表于 Post on 2015-11-25 13:34:19 | 只看该作者 Only view this author
有文献使用 B3LYP/6311SDD // B3LYP/631LAN 计算了Pauson-Khand反应的反应历程:


但在Sob老师泛函选择的文章中提到:

计算双核金属用PBE、BP86,勿用杂化(see JCTC,8,908)
所以这篇文章的选择是否不太合适。


如果我要对类似但更复杂的体系重复这一工作(包含Co-Co键的有机Co化合物),是否应该换用BP86泛函,例如使用 B2PLYP/def2-TZVP // BP86 / 6-31G(d) & Lanl2dz 是否合适。





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发表于 Post on 2015-11-25 14:25:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-25 07:29
关键词部分写IRC里,诸如IRC(calcfc,LQA)或IRC(calcfc,GS2)

老师,我计算了,使用LQA可以解决这个问题,使用GS2,则 GS2 Optimization Failure。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-25 14:52:40 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-11-25 13:34
有文献使用 B3LYP/6311SDD // B3LYP/631LAN 计算了Pauson-Khand反应的反应历程:

这个体系B3LYP虽然也不是不能用,但预期不会比BP86结果更好。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-11-25 16:25:26 | 只看该作者 Only view this author
想问一下有关guess=read geom=check 等关键词的问题
guess=read 表示从上一次计算中读取波函数作为初猜
geom=check 表示从上一次计算读取结构,读取的是最后一个结构么?
在输入命令时?上一次计算的得到.chk文件的是否是%oldchk=.... 写在% section 位置
这样做和做完一次计算之后将输出文件直接保存为下一次计算的输入文件有什么不同么?

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发表于 Post on 2015-11-25 16:35:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-25 11:37
作者方面模拟的文章已经很多了。
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搜molecular dynamics 、monte car ...

很感谢老师的指点,通过动力学模拟对于吸附过程可以得到些什么东西呢?

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发表于 Post on 2015-11-25 19:20:46 | 只看该作者 Only view this author

各种能量含义和对应算法

           SCF、HF、summary中的E,有什么区别呢?分别是如何计算得到的?困惑迷茫啊。。。。。

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发表于 Post on 2015-11-25 21:30:04 | 只看该作者 Only view this author
SCF done 后面的(比如闭壳层B3LYP)E(RB3LYP)=XXX 和 最后那段乱码里面 HF=XXX是一样的。
如何计算得到的任何一本量化书上都有。

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发表于 Post on 2015-11-25 21:30:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-25 14:52
这个体系B3LYP虽然也不是不能用,但预期不会比BP86结果更好。

了解了,谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2015-11-25 22:46:19 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2015-11-25 16:35
很感谢老师的指点,通过动力学模拟对于吸附过程可以得到些什么东西呢?

直接得到两个吸附物种在吸附质上的平均吸附比例,据此经过统计可以计算一些热力学量

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