计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

78

帖子

0

威望

1510

eV
积分
1588

Level 5 (御坂)

421#
发表于 Post on 2015-11-20 11:37:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-20 11:26
理论方法是理论方法,原文用什么泛函就用什么泛函。
不知道你算的什么体系,过渡金属图便宜就用lanl2D ...

我算的是含有铜、硅元素的MOF体系。GGA是属于理论方法还是基组呢?很茫然..

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

422#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-20 12:12:04 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-11-20 11:37
我算的是含有铜、硅元素的MOF体系。GGA是属于理论方法还是基组呢?很茫然..


当然是理论方法


量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

78

帖子

0

威望

1510

eV
积分
1588

Level 5 (御坂)

423#
发表于 Post on 2015-11-20 15:49:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-20 12:12
当然是理论方法


再麻烦一下。。。那么,如果想在Gaussian里面采用与该文献近似的level进行计算的话,是不是该采用 PBE/lanl2DZ关键词?“GGA近似”是不是已经包括在PBE方法里了?对于该level,能够在Gaussian里添加色散校正项么?谢谢。。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

424#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-20 16:39:22 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-11-20 15:49
再麻烦一下。。。那么,如果想在Gaussian里面采用与该文献近似的level进行计算的话,是不是该采用 PBE/la ...

很难做到近似level,只能在高斯里用合理的级别去计算而已,高斯里的赝势跟第一性原理程序里的相差很大。
看看基础的量化书诸如Levine的就会明白GGA是什么意思。PBE就是GGA泛函中的一种。
色散校正能添加,见
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

78

帖子

0

威望

1510

eV
积分
1588

Level 5 (御坂)

425#
发表于 Post on 2015-11-20 22:17:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-20 16:39
很难做到近似level,只能在高斯里用合理的级别去计算而已,高斯里的赝势跟第一性原理程序里的相差很大。
...

好的,谢谢!我尝试着在Gaussian里输入如下命令:
#p PBE/lanl2DZ  empiricaldispersion=gd3bj out=wfn  scf=(conver=3,maxcycle=512)
结果运行出错,错误信息如下:
An ambiguous keyword was detected.
#p PBE/lanl2DZ  empiricaldispersion=gd3bj
Last state="DFT"

这是说PBE/lanl2DZ不能与empiricaldispersion=gd3bj联用么?谢谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

426#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-21 01:50:49 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-11-20 22:17
好的,谢谢!我尝试着在Gaussian里输入如下命令:
#p PBE/lanl2DZ  empiricaldispersion=gd3bj out=wfn  ...

必须写PBEPBE

scf=conver=3精度太烂,根本没法用
maxcyc=512纯属多余,这在此文里专门批判过
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

32

帖子

0

威望

120

eV
积分
152

Level 3 能力者

427#
发表于 Post on 2015-11-21 21:28:28 | 只看该作者 Only view this author

T1态机构优化,自旋度需不需要改为3?

sobereva老师,您好!最近在优化T1态结构,想问一下gaussian输入文件中自旋度需不需要改为3?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

428#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-21 21:30:12 | 只看该作者 Only view this author
youshoubian2015 发表于 2015-11-21 21:28
sobereva老师,您好!最近在优化T1态结构,想问一下gaussian输入文件中自旋度需不需要改为3?

需要
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

78

帖子

0

威望

1510

eV
积分
1588

Level 5 (御坂)

429#
发表于 Post on 2015-11-22 20:42:09 | 只看该作者 Only view this author
请教Sob老师关于氢键的问题。看到这么一段话:“氢键具有方向性则是由于电偶极矩A—H与原子B的相互作用,只有当A—H…B在同一条直线上时最强,同时原子B一般含有未共用电子对,在可能范围内氢键的方向和未共用电子对的对称轴一致"。请问如何知道所谓”未共用电子对的对称轴“的方向?我本以为NBO轨道的图形化能解决这个问题,结果发现作为氢键受体位点的杂原子的LP轨道有三个,每个LP轨道的方向都不一样,一个呈球形、另两个呈互相垂直的哑铃型,因此不知道该怎么判断了。谢谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

430#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-23 03:57:36 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-11-22 20:42
请教Sob老师关于氢键的问题。看到这么一段话:“氢键具有方向性则是由于电偶极矩A—H与原子B的相互作用,只 ...


所以说NBO的结果没什么用,虽然NBO轨道可以等效地表现孤对电子,但是并不能物理地如实反映出孤对电子的实际朝向,用ELF或LOL函数则可以得到十分鲜明可靠的结果,从等值面上可以看出孤对电子主要分布区域,做拓扑分析或盆分析找对应于孤对电子的吸引子就可以定量得到角度。
看此文
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
以及
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63

也可以通过静电势来考察,氢正对着分子表面静电势极小点往往是最佳的结合朝向,见
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

NBO对于讨论氢键等弱相互作用根本没用,这里提到了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

78

帖子

0

威望

1510

eV
积分
1588

Level 5 (御坂)

431#
发表于 Post on 2015-11-23 09:55:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-23 03:57
所以说NBO的结果没什么用,虽然NBO轨道可以等效地表现孤对电子,但是并不能物理地如实反映出孤对电子的 ...

好的,非常感谢耐心指导!

34

帖子

0

威望

103

eV
积分
137

Level 2 能力者

432#
发表于 Post on 2015-11-24 14:45:22 | 只看该作者 Only view this author

关于IRC的问题

找完的过渡态,跑IRC时,出现这样的问题,如何解决?如果趋势合理,我是不是可以继续提交优化?
Old End-Start Dist.        =     0.122874
   New End-Start Dist.        =     0.123707
   New End-Old End Dist.      =     0.013882
CORRECTOR INTEGRATION CONVERGENCE:
   Recorrection delta-x convergence threshold:    0.010000
   Delta-x Convergence NOT Met
Maximum number of corrector steps exceded.
Error termination via Lnk1e in /vol-th/opt/GaussianD_01/g09/l123.exe at Tue Nov 24 13:09:27 2015.
Job cpu time:       4 days 14 hours 38 minutes 12.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   2146 Int=      0 D2E=      0 Chk=     45 Scr=      1


6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

433#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-24 17:12:29 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2015-11-24 14:45
找完的过渡态,跑IRC时,出现这样的问题,如何解决?如果趋势合理,我是不是可以继续提交优化?
Old End- ...

在论坛首页的google搜索框里搜"Delta-x Convergence NOT Met"马上就能找到答案
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

34

帖子

0

威望

103

eV
积分
137

Level 2 能力者

434#
发表于 Post on 2015-11-24 19:49:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-24 17:12
在论坛首页的google搜索框里搜"Delta-x Convergence NOT Met"马上就能找到答案

老师 ,您说IRC里写上GS2即可,请问GS2是关键词吗?具体怎么写?

34

帖子

0

威望

103

eV
积分
137

Level 2 能力者

435#
发表于 Post on 2015-11-24 20:02:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-24 17:12
在论坛首页的google搜索框里搜"Delta-x Convergence NOT Met"马上就能找到答案

或者您说的在IRC 里写上LQA,是在GJF文件里,以关键词的形式加上吗?老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 00:37 , Processed in 0.453128 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list