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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-12 18:53:42 | 只看该作者 Only view this author
lp2014 发表于 2015-11-12 08:39
请教一个问题,用PBE0优化分子结构,HOMO,LUMO能级相对而言更接近实验值(HOMO相差0.03-0.46 eV)(用B3LYP ...

不同泛函算的体系绝对能量没有可比性。
如果目的是几何优化,轨道能量是否接近实验值并不足以判断优化的准确度。
如果没有额外的证据来判断用哪个更好,用PBE0是可以的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-12 18:58:43 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-11-12 15:33
sob老师,请问可以利用LOL填色图和等值图来分析诱导效应对某个化学键例如O-H键的影响么?如果在O的另一侧 ...

直接考察可能看不出太大区别,但如果作差值图或许能显示出来一点。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-12 19:10:24 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2015-11-12 06:05
SOB老师您好,和我的上一个问题相关,我想考察双分子间的光致电子转移,我的电子供体是一个阴离子dicyanami ...

1 我不知道你的目的是做什么分析,不同分析用的关键词不同
2 Mulliken电荷算的偶极矩从来都不靠谱,有弥散函数时更是没意义。明显不如用更稳妥的Hirshfeld电荷。不应该用CT和LE态来比,而是应该对CT态和基态的片段电荷来比。
3 Multiwfn分析电子激发的功能不支持ZINDO。既然TDDFT都能算得动就完全没必要用ZINDO,精度肯定不如TDDFT。

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发表于 Post on 2015-11-13 14:35:25 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2015-11-11 08:31
谢谢老师,我试着用nboread,然后将*.37放到Multiwfn,按照您“使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道”中的方法 ...

Sobereva 老师,我再次尝试做pop=nboread,但是结果还是*.38和*.39文件大小为0,仍旧不能用,怎么回事呢?命令如下:pbe1pbe/def2tzvp opt pop=nboread,而且不同体系,用这个方法,得到的*.38和*.39文件大小也为0。
求指点。

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发表于 Post on 2015-11-13 16:36:33 | 只看该作者 Only view this author
哈哈宝 发表于 2015-11-13 14:35
Sobereva 老师,我再次尝试做pop=nboread,但是结果还是*.38和*.39文件大小为0,仍旧不能用,怎么回事呢 ...

Sob老师说,想得到NLMO的结果,需要在结尾加入“$NBO NLMO plot file=文件名 $END”,这样就可以正常输出NLMO的plot结果了。虽然计算结果没有出来,不过我觉得问题应该可以解决了。希望别的同学看到这个帖子能借鉴到。再次感谢Sob老师

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发表于 Post on 2015-11-13 18:01:55 | 只看该作者 Only view this author
在北京大学刘志荣老师(讲分子模拟)的课件上给出了如下的表,感觉有点颠覆。

虽然分子力学不能算过渡态(好像有反应力场?),但算个△H_f 比量化方法还准?那以后算热力学问题求平衡常数直接用分子力学不就完了?这个表格中的误差具体想表达的内容是什么?




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-13 18:55:55 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-11-13 18:01
在北京大学刘志荣老师(讲分子模拟)的课件上给出了如下的表,感觉有点颠覆。
虽然分子力学不能算过渡态( ...

MM这种分子力场根本没法算生成焓,只能算同一个体系不同构型/构象间的焓差,这点上这图有问题。
这图别太当回事。
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发表于 Post on 2015-11-13 19:11:56 | 只看该作者 Only view this author

关于高斯不收敛问题求助

     使用molclus做团簇构型搜索,用MS跑动力学,molclus+Gaussuan做优化一直不收敛,请问谁知道是什么原因?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-13 19:19:16 | 只看该作者 Only view this author
fzmn 发表于 2015-11-13 19:11
使用molclus做团簇构型搜索,用MS跑动力学,molclus+Gaussuan做优化,一直不收敛,请问谁知道是什么原 ...

先看看MS跑出来的结构是否都近似合理,是否没有古怪的键长、严重不合理的接触。如果轨迹没问题,还是在模板文件里用适当的关键词帮助优化
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

轨迹中个别构型不收敛可以不管它,团簇体系优化本来就比单分子要难,我写帖子的时候测试体系也有一些没收敛的。但只要你取的帧数多,能优化成功的帧数总是能保证的,这就足以覆盖主要的极小点和能量最小点了。
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发表于 Post on 2015-11-13 19:47:25 | 只看该作者 Only view this author
老师,高斯算溶液中的反应能力如何,就是算溶液中离子的反应

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-13 20:08:19 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2015-11-13 19:47
老师,高斯算溶液中的反应能力如何,就是算溶液中离子的反应

溶液中反应就用隐式溶剂模型

离子的反应稍微差点,因为隐式溶剂模型对离子描述没中性那么理想,但也能算。
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发表于 Post on 2015-11-13 22:19:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wxy 于 2015-11-13 22:45 编辑

昨天学习了Sob有关Gaussian自定义基组的教程,今天试了下def2-TZVPD基组,居然不成功,提示:Unrecognized atomic symbol **** 。输入文件和输出文件(分子坐标均略)如附件。自己反复检查了,不明白哪里没搞对,请大神指导。也试了def2-SVPD,结果一样。先谢了。

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发表于 Post on 2015-11-13 22:49:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wxy 于 2015-11-13 22:52 编辑
wxy 发表于 2015-11-13 22:19
昨天学习了Sob有关Gaussian自定义基组的教程,今天试了下def2-TZVPD基组,居然不成功,提示:Unrecognized  ...

谢谢!此问题已解决。不成功的原因是自定义基组以 “****”为首行,删除此行后可运行了。

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发表于 Post on 2015-11-14 00:02:03 | 只看该作者 Only view this author
我计算气相时有些误差,而且溶剂不溶解,于是我进行了三个操作:
1、加溶剂化模型计算;
2、结构附近加满了溶剂分子,然后优化计算;
3、同2,不过用了洋葱模型。
结果误差 2≈1<3

请问sob老师,操作2和3合理吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-14 00:35:52 | 只看该作者 Only view this author
fankui1990129 发表于 2015-11-14 00:02
我计算气相时有些误差,而且溶剂不溶解,于是我进行了三个操作:
1、加溶剂化模型计算;
2、结构附近加满 ...

溶剂不溶解是什么意思?
除非算不动否则别用3。
2仅在隐式溶剂模型表现不了溶剂效应时候再用,计算量大而且用起来麻烦,得考虑各种溶剂层排布。
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