计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

87

帖子

0

威望

582

eV
积分
669

Level 4 (黑子)

481#
发表于 Post on 2015-12-3 20:24:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-3 18:17
从分子晶体中取一个团簇,用高斯算就行了

不是晶体

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

482#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-3 20:57:38 | 只看该作者 Only view this author

自己摆个二聚体或多聚体计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

34

帖子

0

威望

103

eV
积分
137

Level 2 能力者

483#
发表于 Post on 2015-12-4 09:37:05 | 只看该作者 Only view this author

优化水合阳离子

为什么优化水合阳离子,总是显示link9999错误。在GD3弱作用和CPCM(DMSO)溶剂化,优化的。其中加了关键词opt=tight int=ultrafine

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

484#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-4 13:03:05 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2015-12-4 09:37
为什么优化水合阳离子,总是显示link9999错误。在GD3弱作用和CPCM(DMSO)溶剂化,优化的。其中加了关键词opt ...

9.9成可能性就是老生常谈的几何优化不收敛,看此文
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

36

帖子

0

威望

1119

eV
积分
1157

Level 4 (黑子)

485#
发表于 Post on 2015-12-4 14:52:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-30 09:42
太大浪费计算时间,太小的话,V2O5就会和它的周期镜像相互作用上。要凭直觉断定合理性。

sob老师,还麻烦您看一下这个结构是不是合理,非常感谢!

V2O5 on TiO2(001).xsd

126.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

486#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-4 18:14:59 | 只看该作者 Only view this author
EITian 发表于 2015-12-4 14:52
sob老师,还麻烦您看一下这个结构是不是合理,非常感谢!

还不够大。延展一次之后,可见和镜像相距才6埃。

1.png (86.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

1.png
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

36

帖子

0

威望

1119

eV
积分
1157

Level 4 (黑子)

487#
发表于 Post on 2015-12-4 19:14:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-4 18:14
还不够大。延展一次之后,可见和镜像相距才6埃。

那距离多远才能保证其不与镜像作用呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

488#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-4 19:38:58 | 只看该作者 Only view this author
EITian 发表于 2015-12-4 19:14
那距离多远才能保证其不与镜像作用呢?


作用没法完全消除,但尽量让作用小到可以接近忽略
你往四周再增加一层吧,建议不小于10埃。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

36

帖子

0

威望

1119

eV
积分
1157

Level 4 (黑子)

489#
发表于 Post on 2015-12-4 19:46:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-4 19:38
作用没法完全消除,但尽量让作用小到可以接近忽略
你往四周再增加一层吧,建议不小于10埃。

好的,多谢sob老师解答!

36

帖子

0

威望

1119

eV
积分
1157

Level 4 (黑子)

490#
发表于 Post on 2015-12-4 19:55:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-4 18:14
还不够大。延展一次之后,可见和镜像相距才6埃。

老师,我还有疑问:我对V2O5与TiO2载体之间的成键方式仍不是很确定,那么我可不可以把V2O5直接放到模型里载体上方,看优化后的结构,然后用 Build—Bonds—Monitor bonding 来确定其成键方式?

34

帖子

0

威望

103

eV
积分
137

Level 2 能力者

491#
发表于 Post on 2015-12-4 20:09:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-4 13:03
9.9成可能性就是老生常谈的几何优化不收敛,看此文
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http:// ...

好,谢谢老师

34

帖子

0

威望

103

eV
积分
137

Level 2 能力者

492#
发表于 Post on 2015-12-4 20:34:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-4 13:03
9.9成可能性就是老生常谈的几何优化不收敛,看此文
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http:// ...

老师,我的问题是对称性,把对称性消除就好了

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120132

管理员

公社社长

493#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-4 22:33:50 | 只看该作者 Only view this author
EITian 发表于 2015-12-4 19:55
老师,我还有疑问:我对V2O5与TiO2载体之间的成键方式仍不是很确定,那么我可不可以把V2O5直接放到模型里 ...

这跟成键方式并没直接关系嘛
确定成键方式得做波函数分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

36

帖子

0

威望

1119

eV
积分
1157

Level 4 (黑子)

494#
发表于 Post on 2015-12-6 10:18:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-4 22:33
这跟成键方式并没直接关系嘛
确定成键方式得做波函数分析

好的,谢谢sob老师指导!

71

帖子

0

威望

379

eV
积分
450

Level 3 能力者

495#
发表于 Post on 2015-12-6 14:05:28 | 只看该作者 Only view this author
请教一个问题,计算分子中N与卤分子I2的相互作用,用M062x优化结构并计算频率,输出 结果中,虚频显示是分子中一个甲基的旋转,请问怎么样消除这种情况下的虚频?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 02:22 , Processed in 0.422237 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list