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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-11 16:59:36 | 只看该作者 Only view this author
huaxuewuli 发表于 2017-9-11 16:41
我是想用gaussian09去计算他的红外光谱图,不是用MUltiwfn绘制


基本的逻辑关系还没搞清楚,高斯本身根本就没法计算红外光谱,能给出的只是振动频率和红外强度,靠这些信息用multiwfn、gview之类才能得到红外光谱。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-11 17:02:11 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-9-11 09:19
请问sob老师,gaussian09做bsse时,如何知道复合物坐标中哪些原子是片段1的哪些是片段2的?如何在每个原子 ...

谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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发表于 Post on 2017-9-11 18:05:01 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2017-9-11 16:46
那5、6个频率根本都不对应振动,一般投影之后就是0了,这种情况就是结构的局域极小;如果投影之后还不是0 ...

那我可以在gaussian09上建模优化好后,放到Dmol3上面上吧。
因为我后续还需要计算卟啉这种大分子,想把小分子和卟啉放在同一个软件下计算统一标准。
至于你说的第三点,我后面做过渡态搜索的时候会用到吧应该,到时候不会再向老师们请教。

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发表于 Post on 2017-9-11 18:37:35 | 只看该作者 Only view this author
火烈鸟小唐 发表于 2017-9-11 18:05
那我可以在gaussian09上建模优化好后,放到Dmol3上面上吧。
因为我后续还需要计算卟啉这种大分子,想把 ...

Gaussian算就很不错,没必要使用DMol3,过渡态也是Gaussian的好用。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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发表于 Post on 2017-9-11 18:37:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-11 17:02
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

谢谢sob老师,这个帖子已看,我还有个问题:
1.我的体系两个片段有些原子种类是相同的,gview保存的坐标不一定按照先是我要考察的片段1坐标,而后再是片段2的坐标吧?
2.gview能在图形界面就选定哪些原子是片段1哪些是片段2?并能保存到相应原子坐标后吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-11 19:31:41 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-9-11 18:37
谢谢sob老师,这个帖子已看,我还有个问题:
1.我的体系两个片段有些原子种类是相同的,gview保存的坐标 ...

1 各个原子属于哪个片段取决于你在输入文件里怎么设,设的格式在博文里写了
2 gview在片段设置窗口里设置两个片段,保存的输入文件里原子后头就有(fragment=x)的信息,做CP就可以了
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发表于 Post on 2017-9-11 20:20:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-11 16:59
基本的逻辑关系还没搞清楚,高斯本身根本就没法计算红外光谱,能给出的只是振动频率和红外强度,靠这些 ...

谢谢sob老师,那么在result中的spectrum就是他的红外光谱吗?我想和实验测得的对比一下看看gaussian算出来的和实验差多少。

SW[7]1}3DG1WWC6NZU9]DIG.png (66.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

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发表于 Post on 2017-9-11 20:24:40 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,实在不好意思又来麻烦您。
上次咨询了一下您关于Fe(III)络合物计算的问题,您的意思是其电子结构是d5,自旋多重度是6。
配体带两个单位负电荷,所以总的电荷为+1,自旋多重度为6,我计算了一下,但是输出文件末尾显示
Charge and Multiplicity card seems defective:
Wanted an integer as input.

我不知道这是为什么,应该如何来处理,所以又来找Sob老师来帮忙。
麻烦您了,谢谢老师。水平比较菜,还望别嫌弃。

输入输出文件附上

1.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-11 20:32:19 | 只看该作者 Only view this author
huaxuewuli 发表于 2017-9-11 20:20
谢谢sob老师,那么在result中的spectrum就是他的红外光谱吗?我想和实验测得的对比一下看看gaussian算出 ...

是,还得考虑频率校正因子
谈谈谐振频率校正因子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-11 20:35:11 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-9-11 20:24
Sob老师,实在不好意思又来麻烦您。
上次咨询了一下您关于Fe(III)络合物计算的问题,您的意思是其电子结构 ...

opt写了两遍
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发表于 Post on 2017-9-11 21:57:28 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师
不好意思犯了一个低级错误

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发表于 Post on 2017-9-11 22:18:55 | 只看该作者 Only view this author
老师,温度变化对过渡态结构和minimum的结构有影响吗?还有,gaussian可以计算cof材料的性质吗?一般好像用Material studio进行计算。

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发表于 Post on 2017-9-11 22:50:15 | 只看该作者 Only view this author
b3lyp有闭壳层和开壳层之分,M06是不是也有这样区分的方式?um06开壳层,rm06闭壳层。不知道是不是这样。谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-9-11 23:33:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-11 19:31
1 各个原子属于哪个片段取决于你在输入文件里怎么设,设的格式在博文里写了
2 gview在片段设置窗口里设 ...

谢谢sob老师,请问bsse校正用的A、B的结构一定是A、B在复合物AB下的结构吗?能用A、B在自由状态优化后的结构做BSSE吗?
有的文献用A、B在自由状态优化后的结构能量之和减去AB复合物能量作为相互作用能,并且说做了BSSE校正,这样的BSSE校正用的是AB复合物A、B的结构还是A、B自由状态下优化的结构?

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发表于 Post on 2017-9-11 23:47:03 | 只看该作者 Only view this author
关于化学键解离能的计算,不知道自己的想法是否正确,请老师指正。如下:
AB=A+B(断键)
第一步:先优化分子AB,计算spfreq,得到H(AB,T),表示温度TAB的焓值,
第二步:优化后的AB结构中删除B,保留A,紧接着计算Aspfreq,得到H(B,T)同样保留B,计算Bspfreq,得到HA,T)。保留下的AB结构不再优化。
第三步:AB的键解离能等于H(B,T)+HA,T-H(AB,T)。
另外,这种断裂共价键的情况需要进行BSSE校正吗?
谢谢老师!

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