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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-9-14 15:11:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-14 15:09
DZP这种基组都是老掉牙的过时的东西,不要用
能用到多大基组得看你的计算能力。
如果用到jul-cc-pVTZ ...

好的老师,谢谢您~那用B3LYP的方法计算亲合势,是可以的嘛?

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发表于 Post on 2017-9-14 15:18:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-14 15:09
DZP这种基组都是老掉牙的过时的东西,不要用
能用到多大基组得看你的计算能力。
如果用到jul-cc-pVTZ ...

好的老师,我知道了。谢谢您。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-14 17:02:57 | 只看该作者 Only view this author
app 发表于 2017-9-14 15:11
好的老师,谢谢您~那用B3LYP的方法计算亲合势,是可以的嘛?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2017-9-14 19:29:06 | 只看该作者 Only view this author

好的,老师,非常感谢您。

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发表于 Post on 2017-9-15 10:11:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我在计算第四周期过渡金属时用ccsd(t)/cc-pvqz计算出的电离能与实验值差距较大,电荷自旋的设定没有问题。
我怀疑是因为电离能都是气相原子的电离能,请问我如何把金属原子(高斯默认的相态是固体吗?)设置为气相的呢。

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发表于 Post on 2017-9-15 10:32:27 | 只看该作者 Only view this author

M06算过渡态出错(Error in internal coordinate system)

输入文件:
%chk=TS3-3N.chk
%mem=16gb
%nprocshared=16
#p m06/genecp opt(calcfc,ts,noeigen) freq nosymm


……

Zn 0
SDD
****
1 4-68 70-94 97-106 0
6-31g*
****
95 96 0
6-311g**
****
2 3 0
6-311g*
****

Zn 0
SDD


95 96 是二苯基硅氢上的氢原子,因为是硅氢转移过程,加了极化。

输出:NTrRot=    -1 NTRed=   643 NAtoms=   106 NSkip=   331 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /home/ciac_wangmy/g09/g09/l103.exe at Fri Sep 15 09:21:49 2017.
Job cpu time:  5 days 15 hours 54 minutes 51.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=  10661 Int=      0 D2E=      0 Chk=     63 Scr=      1

新手贴,麻烦大神帮忙看看是什么问题。

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发表于 Post on 2017-9-15 10:39:59 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-15 10:52:02 | 只看该作者 Only view this author
opt里写上cartesian
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-15 10:52:51 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2017-9-15 10:11
sob老师您好,我在计算第四周期过渡金属时用ccsd(t)/cc-pvqz计算出的电离能与实验值差距较大,电荷自旋的设 ...

默认就是气相(真空)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-9-15 11:16:50 | 只看该作者 Only view this author
老师,计算自由能时我看到有溶解能、溶剂化能(deltaG(sol))这是一回事吗?
还有看到有些资料里面有这样的描述:ΔGsol=Eelec+Gnon-elec),也有这样的描述:(如图所示)。二者之间一样吗?各个参数怎么算,分别和log文件中的哪个值对应?

图片1.png (5.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-15 13:37:58 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-9-15 11:16
老师,计算自由能时我看到有溶解能、溶剂化能(deltaG(sol))这是一回事吗?
还有看到有些资料里面有这 ...


正规说法叫溶解自由能,没有其它的,看此文,都提到了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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发表于 Post on 2017-9-15 23:22:35 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我看到您博文中讲到“一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件”,但它是依次计算输入文件(即算完一个再接着算下一个),请问若是想同时计算当前目录下所有Gaussian输入文件(即同时产生log文件),脚本模板是怎样?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-16 09:02:31 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2017-9-15 23:22
sob老师,我看到您博文中讲到“一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件”,但它是依次计算输入文件(即 ...


不建议同时计算,同时计算容易造成资源争抢严重拖慢速度。就算诸如36核你同时跑两个18核的任务,看似合理,往往能快一些,但也就快一点,没太大意义。
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发表于 Post on 2017-9-16 10:12:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-16 09:02
不建议同时计算,同时计算容易造成资源争抢严重拖慢速度。就算诸如36核你同时跑两个18核的任务,看似合 ...

谢谢 sob 老师

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发表于 Post on 2017-9-16 11:24:27 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,后来我查了查文献,发现M05-2X对于锌配合物的结构优化比较精确,就用了这个泛函,加入关键词iop(1/8=1)后计算有所改善。计算考虑溶剂(甲苯)的单点能和溶剂化能一样吗?

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