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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-13 05:07:03 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-9-12 22:19
老师您好。关于Fe原子,轨道调换的一个实例。
试了一下,虽然当前在B3LYP/6-31G*下初猜给的是3d74s1,此例 ...


虽然初猜不对,但最后又收敛到了基态波函数,这是因为默认用了DIIS,有较大几率无视对称约束自发往基态波函数跑。如果你用SCF=QC或SCF=DM或SCF=symm,你就会发现不会自发从3d74s1变成3d64s2。

当前结果和stable=opt给出的应当是一样的,0.00000585 Hartree 在收敛限误差以内,但如果想进一步考证,可以对比看看两种计算时候的占据轨道是否都特征相同。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-9-13 06:21:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-13 05:07
虽然初猜不对,但最后又收敛到了基态波函数,这是因为默认用了DIIS,有较大几率无视对称约束自发往基态 ...

多谢老师一大早的解答 :D

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发表于 Post on 2017-9-13 14:51:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 万山红遍 于 2017-9-13 15:09 编辑

sob老师你好,实验上测定金属原子电离能都写的是气相金属原子电离能,现在我用高斯计算第四周期金属原子电离能,用b3lyp/sdd  ccsd/sdd  都简单测试了一下,发现计算出的第一电离能的结果与实验相差2ev,是精度不够还是因为我算的不是气相状态的电离能导致计算结果不好呢?

当我用您帖子中更高精度的基组def2-TZVP或者cc-pVQZ-PP 等基组的时候,总是提示我是不正确的输入命令,在高斯里没有内置这些基组吗,还是标准写法不是这样的呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-13 17:25:28 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2017-9-13 14:51
sob老师你好,实验上测定金属原子电离能都写的是气相金属原子电离能,现在我用高斯计算第四周期金属原子电 ...


用CCSD(T)/cc-pVQZ的结果去对比,如果还相差很大,说明计算设定有问题,诸如自旋多重度之类。默认计算条件就是真空。

写def2TZVP。-PP不是内置的,去EMSL拷
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发表于 Post on 2017-9-13 19:11:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-13 17:25
用CCSD(T)/cc-pVQZ的结果去对比,如果还相差很大,说明计算设定有问题,诸如自旋多重度之类。默认计算 ...

好的,非常感谢

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发表于 Post on 2017-9-13 21:12:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-9-13 21:35 编辑

老师,计算分子体积,但是提示ambiguous keyword was detected.见附图。我还添加了SCRF=(CPCM,solvent=toluene)好像也不行。删了也不行。

360截图20170913210852569.jpg (76.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

360截图20170913210852569.jpg

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发表于 Post on 2017-9-14 00:54:05 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-9-13 21:12
老师,计算分子体积,但是提示ambiguous keyword was detected.见附图。我还添加了SCRF=(CPCM,solvent=tolu ...

iop(6/45=2000,6/46=20)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-14 06:12:35 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-9-13 21:12
老师,计算分子体积,但是提示ambiguous keyword was detected.见附图。我还添加了SCRF=(CPCM,solvent=tolu ...


用Multiwfn算体积好得多
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

高斯里不要试图用CPCM
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发表于 Post on 2017-9-14 09:12:47 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问用g09-dft方法研究一个A、B相互作用体系可能含有氢键相互作用:
(1)如何确定其确实含有氢键,是只能通过RDG填色图看吗,还有其他方法吗?
(2)含有氢键体系是不是算能量时基组给氢加弥散好些?
(3)如果A与B间相互作用不只是氢键还有化学键,如何算出氢键对总的相互作用能的贡献呢?
(4)如何计算体系得氢键强弱程度?
谢谢老师!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-14 09:57:48 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-9-14 09:12
sob老师,请问用g09-dft方法研究一个A、B相互作用体系可能含有氢键相互作用:
(1)如何确定其确实含有氢 ...

1 方法多了去了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
2 看计算级别的推荐
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
3 可以恰当简化体系,只保留氢键部分。或者用BCP的势能密度来估算某条氢键键能,Multiwfn手册4.2.1节就有例子
4 同(1)
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发表于 Post on 2017-9-14 14:53:49 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2017-9-14 00:54
iop(6/45=2000,6/46=20)

感谢老师,试了半天才知道哪儿的毛病。观察能力太弱了。

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发表于 Post on 2017-9-14 14:56:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-14 06:12
用Multiwfn算体积好得多
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

老师,为什么不能用cpcm呢?

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发表于 Post on 2017-9-14 15:00:52 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好~我想请教您,计算DNA中碱基以及核苷的亲合势,最好选用什么计算方法和基组呢?文献中中有提到用B3LYP方法,基组有用到6-311++G(d,p),也有用到DZP++基组的,请问您,哪个更合适呢?要是要用到DZP++基组,那gaussian中可以直接用这个基组吗?谢谢您~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-14 15:07:14 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-9-14 14:56
老师,为什么不能用cpcm呢?

谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
看1.7节
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-14 15:09:25 | 只看该作者 Only view this author
app 发表于 2017-9-14 15:00
sob老师,您好~我想请教您,计算DNA中碱基以及核苷的亲合势,最好选用什么计算方法和基组呢?文献中中有提 ...


DZP这种基组都是老掉牙的过时的东西,不要用
能用到多大基组得看你的计算能力。
如果用到jul-cc-pVTZ还能算得动的话,此时基组这方面就已经足够了,没必要再提升。如果这个太贵,对你当前情况算得太慢,建议用ma-TZVP。如果算得还是太慢,再用6-311+G**
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