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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-6 14:47:30 | 只看该作者 Only view this author
lp2014 发表于 2015-12-6 14:05
请教一个问题,计算分子中N与卤分子I2的相互作用,用M062x优化结构并计算频率,输出 结果中,虚频显示是分 ...


opt=tight int=ultrafine,不行再calcall

这里都有讨论
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-12-8 11:11:55 | 只看该作者 Only view this author

DFT-D3程序

请问哪位老师知道在Windows7系统中使用DFT-D3的详细操作步骤?请各位老师帮帮忙,谢谢!

管理员注:回复在499L

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发表于 Post on 2015-12-8 12:10:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,你好

请问在用高斯09优化计算时,到底把memory和processor设置成多少计算比较好呢?我记得processor越多,计算时间不是线性减少的,那这两个怎么设置才合理呢?

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发表于 Post on 2015-12-8 12:17:09 | 只看该作者 Only view this author
十室之邑,必有忠信如丘焉,不如丘之好学也。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-8 15:57:05 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2015-12-8 12:10
老师,你好

请问在用高斯09优化计算时,到底把memory和processor设置成多少计算比较好呢?我记得process ...

看你机子。一般情况,内存有多大分配多大,剩1.5G给系统,物理核心有多少分配多少,除非你有多个任务要跑
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发表于 Post on 2015-12-8 16:44:59 | 只看该作者 Only view this author
我用oniom计算,对L层指定电荷时,过渡态出现多个虚频,并且L层和H层距离变得非常远,而在不指定电荷时,计算过渡态虚频是正常的,这是怎么回事
附件中HMimBr-oniom-ts1-4-b3pw91-3.gjf是指定电荷的输入文件,HMimBr-oniom-ts1-4-b3pw91.gjf是没有进行指定电荷的输入文件,求大神指导

HMimBr-oniom-ts1-4-b3pw91-3.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-8 20:31:06 | 只看该作者 Only view this author
那年·时光飞 发表于 2015-12-8 16:44
我用oniom计算,对L层指定电荷时,过渡态出现多个虚频,并且L层和H层距离变得非常远,而在不指定电荷时,计 ...

电荷一看就不怎么合理,氢的电荷居然都是0。

还是说一句,这种体系用oniom是白费功夫。
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发表于 Post on 2015-12-8 21:40:43 | 只看该作者 Only view this author
RECP60VDZ 和   CEP-121G  这两个基组是同一个吗?

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发表于 Post on 2015-12-8 22:42:05 | 只看该作者 Only view this author
请教Sob老师,在AIM理论中,环临界点的存在对于化合物局域结构的稳定性有没有积极的意义?如果某几个原子之间存在一个环临界点,是不是意味着这几个原子所组成的局域结构比较稳定?如果是,那么这种由于环临界点的存在而产生的稳定性,与这几个原子两两之间点对点作用产生的稳定性在本质上是同一回事么?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-8 23:11:00 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2015-12-8 21:40
RECP60VDZ 和   CEP-121G  这两个基组是同一个吗?

RECP60VDZ这不是标准、通用的命名,指代不清
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-8 23:12:24 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2015-12-8 22:42
请教Sob老师,在AIM理论中,环临界点的存在对于化合物局域结构的稳定性有没有积极的意义?如果某几个原子之 ...

没法这么说。
只能说有环的时候自然而然会出现环临界点,有时候环临界点的位置和这个位置上的函数值可以用于讨论一些环的特征。
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发表于 Post on 2015-12-9 16:24:27 | 只看该作者 Only view this author
请问:在UV、ECD光谱计算中是否有必要用DFT-D3校正?
本人做天然有机化学相关工作,经常用到电子圆二色谱(ECD)计算(归属绝对构型)。我的问题是在此类计算中有无必要加DFT-D校正?提这个问题的原因是通过试验发现加与不加对相对能量(同一结构不同构象间的delta E, delta G)影响很大。先谢了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-9 18:15:56 | 只看该作者 Only view this author
wxy 发表于 2015-12-9 16:24
请问:在UV、ECD光谱计算中是否有必要用DFT-D3校正?
本人做天然有机化学相关工作,经常用到电子圆二色谱 ...

色散校正会影响构象,进而间接地影响光谱
凡是你觉得体系需要较好考虑弱相互作用才能得到合理构象,就加上。
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发表于 Post on 2015-12-9 20:18:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-8 23:11
RECP60VDZ这不是标准、通用的命名,指代不清

谢谢老师,RECP60VDZ一般指的是什么基组啊?CEP-121G和SDD对于Hg Pb这样的重金属那个更好一些呢?

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发表于 Post on 2015-12-9 21:13:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-9 18:15
色散校正会影响构象,进而间接地影响光谱
凡是你觉得体系需要较好考虑弱相互作用才能得到合理构象,就加 ...

谢谢Sob老师!我做过很多ECD计算,大部分能与实测很好吻合,但有一部分用了各种模型都不能很好吻合,现在回想起来很可能是因为没考虑色散校正的原因。

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