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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-9-29 16:31:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-29 12:34
你发的是快捷方式,不是对应的文件

Sorry,麻烦啦!!

输入文件和输出文件.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-29 16:44:21 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2017-9-29 16:31
Sorry,麻烦啦!!


%mem=531MW设得太大,相当于4GB多
windows 32bit版高斯最多设1500~1600MB
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2017-9-29 16:44:32 | 只看该作者 Only view this author
老师  请问下当我拿到个结构进行优化计算时    我怎么判断自己该用什么方法和基组   以及内存该多少   cpu个数该多少

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-29 16:46:14 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-9-29 16:44
老师  请问下当我拿到个结构进行优化计算时    我怎么判断自己该用什么方法和基组   以及内存该多少   cpu ...

简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

若只有一个程序在跑,
分配的内存为总物理内存减去4GB左右
有多少物理核心就设多少核心
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发表于 Post on 2017-9-29 16:51:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-29 16:46
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
谈谈量子化学中基组的选择

老师  能具体讲下优化计算时啥是物理核心 以及怎么看有多少核心吗

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发表于 Post on 2017-9-29 19:17:03 | 只看该作者 Only view this author
老师,我用文献中的结构(已经优化好的)添加opt=calcall,进行结构再优化(再优化的目的是计算freq不能都是yes),最后竟然计算失败。文献中是g09 B版本,我用的是D版本。但是我用小分子试过,计算结果没有差别。请问这是为什么呢?我把计算过程的相关信息贴出来。
信息1: Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /home/l9999.exe at Mon Sep 25 09:17:19 2017.
Job cpu time:       6 days  2 hours 53 minutes 35.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    518 Int=      0 D2E=      0 Chk=     25 Scr=      1
信息2:

energy.jpg (141.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

energy.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-30 00:37:21 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-9-29 16:51
老师  能具体讲下优化计算时啥是物理核心 以及怎么看有多少核心吗

一看CPU型号一查就知道
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-30 00:38:52 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-9-29 19:17
老师,我用文献中的结构(已经优化好的)添加opt=calcall,进行结构再优化(再优化的目的是计算freq不能都是 ...


确保计算级别、电子态完全和文献一致,然后减小步长上限到5重新优化再试

当前都已经严重震荡了,跑那么多步完全白浪费时间,30步的时候一看那趋势就应该马上停了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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发表于 Post on 2017-9-30 09:18:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师  我优化计算完后  再次用Vi编辑器编辑输入文件  发现输入文件内存改变了   还加了%LindaWorker=   以及每行加了个M  这时为什么呢 附件贴了两次输入文件截图

1506733330(1).jpg (134.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

1506733330(1).jpg

1506733534(1).jpg (115.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

1506733534(1).jpg

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发表于 Post on 2017-9-30 10:27:20 | 只看该作者 Only view this author
关于BDE的计算。
参考sob 的”通过柔性力常数考察键的强度“一帖。
"事实上,纯理论方式研究键能一般就是用单点能相减,且不优化片段结构)"
我看的论文大都是按优化的方式来计算的(就是帖子中的另一种方式)。
我的问题是,有没有文献能支持“不优化片段结构”这一方法。我暂时没有找到。

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发表于 Post on 2017-9-30 11:42:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-29 16:44
%mem=531MW设得太大,相当于4GB多
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谢谢老师!这是第一次算失败的时候,out文件提示使用的内存

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-30 14:35:02 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-9-30 09:18
sob老师  我优化计算完后  再次用Vi编辑器编辑输入文件  发现输入文件内存改变了   还加了%LindaWorker=    ...

多余的都删了,可能是什么过程某些程序自动加的
^M是windows下的换行符,你用dos2unix转换一下再看应该就没了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-30 14:39:13 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2017-9-30 10:27
关于BDE的计算。
参考sob 的”通过柔性力常数考察键的强度“一帖。
"事实上,纯理论方式研究键能一般就是 ...

诸如这篇就是不优化的Journal of Computational Chemistry 2017, 38, 1574–1582
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发表于 Post on 2017-9-30 15:55:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-30 14:39
诸如这篇就是不优化的Journal of Computational Chemistry 2017, 38, 1574–1582

收到,谢谢sob

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发表于 Post on 2017-9-30 21:31:38 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,DFT方法计算HOMO-LUMO gap ,同一分子不同DFT方法下差别很大正常吗?

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