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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-6 15:14:07 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-10-6 14:20
请问老师,对于一般的DFT方法(如b3lyp/6-311+g(d,p))计算的结合能和几何结构这两项的精度是多少?
例 ...

跟体系关系很大,很难说
这种级别计算的精度很难达到零点几kcal/mol的程度,除非是诸如等键反应之类能误差抵消得很好的情况
这种级别算的键长精度也很难达到0.01埃这种程度
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发表于 Post on 2017-10-6 18:07:16 | 只看该作者 Only view this author
1.如果用原子电荷去研究反应的位点,常见的mulliken电荷,NPA电荷,Hirshfield电荷等,这些电荷中那一种用于更加可靠呢?2你能推荐一种适合研究反应位点的电荷吗?


谢谢老师







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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-6 18:10:18 | 只看该作者 Only view this author
沽宁 发表于 2017-10-6 18:07
1.如果用原子电荷去研究反应的位点,常见的mulliken电荷,NPA电荷,Hirshfield电荷等,这些电荷中那一种用 ...


Hirshfeld。看J. Phys. Chem. A 2014, 118, 3698−3704
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发表于 Post on 2017-10-6 18:25:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-6 18:10
Hirshfeld。看J. Phys. Chem. A 2014, 118, 3698−3704

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-10-7 09:49:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2017-10-7 09:51 编辑

看了老师关于分子轨道的定域化解释,是为了方便解释原子之间结合的牢固程度。定域化的处理解释了哪些问题?老师这有没有具体的实例?怎么将分子轨道定域化?能否将电子转移的解释用到定域化的轨道?
自己查的简单分子的轨道:
另外,图例中合并的轨道是什么情况?可以解释什么问题。

h2opic.bmp (679.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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nh3pic.bmp (686.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

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发表于 Post on 2017-10-7 17:37:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 沽宁 于 2017-10-7 17:40 编辑

我做hirshfeld 原子电荷,然后我的log文件中
1.下面这一部分是hirshfeld电荷吗?



2.我们研究反应位点不需要H的hirshfled电荷吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-7 19:52:32 | 只看该作者 Only view this author
沽宁 发表于 2017-10-7 17:37
我做hirshfeld 原子电荷,然后我的log文件中
1.下面这一部分是hirshfeld电荷吗?

强烈建议用Multiwfn计算Hirshfeld电荷,看手册4.7.1节的例子,输出信息非常清楚

不需要。H不会是反应位点
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-7 19:53:31 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-10-7 09:49
看了老师关于分子轨道的定域化解释,是为了方便解释原子之间结合的牢固程度。定域化的处理解释了哪些问题? ...

Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380

PS:上传图片时请用jpg格式或png。bmp没有经过压缩,比较占用论坛空间
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发表于 Post on 2017-10-8 07:27:13 | 只看该作者 Only view this author
请问老师gaussian 09 计算后的log文件用gview打开出现warning提示“CConectionGLOG: :Orient_Dipole_Derivative ( ) Unable to orient dipole dervatives”是为什么会出现?这对结果有影响吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-8 12:50:28 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2017-10-8 07:27
请问老师gaussian 09 计算后的log文件用gview打开出现warning提示“CConectionGLOG: :Orient_Dipole_Deriva ...

不用管,是gv的bug,用gv6就不会提示了
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发表于 Post on 2017-10-8 13:27:07 | 只看该作者 Only view this author

均裂反应生成的两个自由基之间有个虚线是什么意思

请问这个图中的那个虚线3.53是什么意思,计算均裂反应的反应能量不是按产物各自优化之后减去反应物的能量吗,产物是分两个输入文件计算的能量?那为什么图中的产物之间还有虚线,一直搞不明白这个虚线是什么意思,请求大家帮忙

0ZNH86Q{(SJ(UOZAYZSA$02.png (47.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

均裂反应的反应能量

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-8 13:49:00 | 只看该作者 Only view this author
长颈鹿先森 发表于 2017-10-8 13:27
请问这个图中的那个虚线3.53是什么意思,计算均裂反应的反应能量不是按产物各自优化之后减去反应物的能量吗 ...

标注一下距离而已,没有任何物理意义
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发表于 Post on 2017-10-8 14:12:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-8 13:49
标注一下距离而已,没有任何物理意义

      首先谢谢sob老师,您的意思是不是就是:产物的两个自由基虽然是放在一起并且用虚线标注了,但是其实各自计算能量时不是在一个输入文件中计算的是吧,还是分开两个文件计算的对吧。
      那这样的话我可以不画虚线,直接把产物两个自由基的图片并排放在origin输出的图片中就行吧,就是表示下产物结构是什么,结构是什么就行是吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-8 15:01:20 | 只看该作者 Only view this author
长颈鹿先森 发表于 2017-10-8 14:12
首先谢谢sob老师,您的意思是不是就是:产物的两个自由基虽然是放在一起并且用虚线标注了,但是其 ...

是分开计算
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发表于 Post on 2017-10-8 15:05:16 | 只看该作者 Only view this author

卟啉配合物结构优化和频率计算设置问题求助

各位好,
          最近计算锌卟啉的结构优化和频率计算,输入文件开头和结尾如下,提交计算老是报错,当去掉 “pseudo=read”则能正常计算,不知问题出在哪里,大家帮忙看看,谢谢!


  %nprocshared=18
%mem=28GB
%chk=Zn-phyrin.chk
# opt freq b3lyp/6-31g* geom=connectivity pseudo=read

Zn-phyrin

0 1
C                  3.63111617    3.45541107    1.89721556
C                  4.87252317    4.05868307    2.09681756
C                  5.34841817    4.97237807    1.15876156
C                  4.59641417    5.28987807    0.02612556
C                  3.36069317    4.67463307   -0.16406544
C                  2.85571017    3.74959807    0.76486856
C                  1.52224717    3.10111007    0.55585756
C                 -1.74043083    4.67734207    0.49539956
C                 -0.90388183    5.79010707    0.84093556
C                  0.39058317    5.34857307    0.90453556
C                  0.40070317    3.94675807    0.60220756
N                 -0.90828283    3.58865607    0.37257756
C                 -3.13547483    4.68892807    0.32276056
C                 -3.81179383    6.01873507    0.44331456
C                 -3.55633383    7.04354807   -0.48124744
C                 -4.18301783    8.28270007   -0.36560044
C                 -5.08381583    8.52951107    0.67971056
C                 -5.35821883    7.50344307    1.59381956
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