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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-1 12:42:52 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2017-12-1 05:57
抱歉老师, 打错了, 是想说Multiwfn.

我的意思是想和Multiwfn的跃迁密度图作比较,用高斯的话我上面列 ...


我没试过高斯直接产生跃迁密度格点数据,我只能说Multiwfn给出的一定是正确的,步骤也最简单(不用每个态都重新跑一遍)。如果你想方设法让高斯输出了跃迁密度格点数据,图像和Multiwfn一致,就说明关键词没错。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-1 14:00:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-1 12:39
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

谢谢@sobereva!

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发表于 Post on 2017-12-1 20:56:25 | 只看该作者 Only view this author

基态频率计算莫名掉下来

各位大神 我在做频率计算时通上去的数据总是莫名其妙的掉下来 请问是什么原因?  谢谢大家

PYQ-S-TPA-BBT-solvent-Freq-6.out

80.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2017-12-1 21:58:59 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,在高斯09,MP2/6-311+G**,我使用ADMP重复一篇文献的动力学模拟,他做的是团簇吸附氢气,上面的图是我的结果,下面的图是文献中的,
1.文献中提到振动发生在1.45-1.9埃,而我做的是在1.45-2.1埃,这样的差距正常么?
2.对比看来图形整体也很不一样,这又可能是什么原因造成的呢?

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发表于 Post on 2017-12-1 22:45:18 | 只看该作者 Only view this author
想问下老师取代基不同的一个底物对反应的差别应该怎么考察?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-1 22:48:27 | 只看该作者 Only view this author
好好学习 发表于 2017-12-1 20:56
各位大神 我在做频率计算时通上去的数据总是莫名其妙的掉下来 请问是什么原因?  谢谢大家


=noraman是多余的
重新算。若经常这样就换版本再试,或者尝试减少并行核数或%mem再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-1 22:49:13 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-12-1 22:45
想问下老师取代基不同的一个底物对反应的差别应该怎么考察?

话题太大,难以回答
最简单的就是比较反应势垒
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-1 22:50:12 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2017-12-1 21:58
sob老师,在高斯09,MP2/6-311+G**,我使用ADMP重复一篇文献的动力学模拟,他做的是团簇吸附氢气,上面的图 ...

1 正常
2 具体用的一些选项,以及初始结构、初始速度等细节都会明显影响结果。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-1 22:56:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-1 22:50
1 正常
2 具体用的一些选项,以及初始结构、初始速度等细节都会明显影响结果。

请问sob老师,我做成这样的曲线就可以进行讨论,符合发文章的标准了么?还是需要再进行初始速度的设置呢?如果需要,请问初始速度如何设置?是在命令行中么?谢谢老师。

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发表于 Post on 2017-12-2 04:07:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-1 22:49
话题太大,难以回答
最简单的就是比较反应势垒

1.仅针对同一个反应而言,催化剂和其他反应物都是一样,这样比较能垒,选择同一个反应物作为基准是吗?
2.如果想论证取代基对反应物的影响,应该做些什么计算好呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-2 14:41:22 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2017-12-1 22:56
请问sob老师,我做成这样的曲线就可以进行讨论,符合发文章的标准了么?还是需要再进行初始速度的设置呢 ...

可以
初速度在输入文件里设,看手册里的格式要求,没有确切标准,文献里没明确提你也可以不设
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发表于 Post on 2017-12-2 20:50:18 | 只看该作者 Only view this author
大家帮我看看我这个输入文件有没有问题,虽然是出错了,可是为什么我算出来那么多单点能的值,用gv打开之后只有一个构型呢?

ER$K3QH}@45}]}}_X62HSDC.png (10.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

ER$K3QH}@45}]}}_X62HSDC.png

CQZ0BQ{Q4R}CK55@IJO`E_1.png (12.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

CQZ0BQ{Q4R}CK55@IJO`E_1.png

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发表于 Post on 2017-12-2 21:03:57 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,本论坛有没有对各种高斯表头如何书写以及各种关键词如何使用的综合性帖子?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-2 21:41:32 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2017-12-2 21:03
请问老师,本论坛有没有对各种高斯表头如何书写以及各种关键词如何使用的综合性帖子?


没有

一次性全学明白,参加科音初级量化培训是最快途径
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-2 21:43:26 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2017-12-2 20:50
大家帮我看看我这个输入文件有没有问题,虽然是出错了,可是为什么我算出来那么多单点能的值,用gv打开之后 ...

对于IRC,如果已经跑完了N个点,gview打开就会看到N个点的结构
如果IRC第一步就因为这个挂了,gview打开也只可能看到一个结构
maxcyc完全多余,不要写
stepsize设那么大,几乎必然出现这种报错
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