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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-12-2 22:49:25 | 只看该作者 Only view this author
老师,基组当中,def2赝势基组中前四周期是全电子基组,lanl和SDD基组中哪几个周期的元素是全电子的?另外,一组基组下找到的过渡态(例如lanl2dz下的过渡态),将该结构用另一组基组(SDD)再优化时结构不相同或者无法找到过渡态。这种现象如何解释?这样的话,不同基组岂不是路径都不一样了。

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发表于 Post on 2017-12-2 23:24:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-1 22:49
话题太大,难以回答
最简单的就是比较反应势垒

想请sob老师解答一下5197楼我的困惑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-3 00:09:59 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-2 22:49
老师,基组当中,def2赝势基组中前四周期是全电子基组,lanl和SDD基组中哪几个周期的元素是全电子的?另外 ...

lanl和SDD都是赝势基组,没有全电子的。Gaussian等个别程序对于较轻元素用这俩的时候默认会用某些全电子基组诸如D95V,去看手册里的说明。

用一个较好质量的基组,算出来什么样就什么样
lanl2DZ质量明显不如SDD
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-3 15:21:28 | 只看该作者 Only view this author
请问,我想研究水滑石材料对DNA中磷酸基团的吸引作用,想看看水滑石里面哪种金属离子对 ATGC中的磷酸基团吸引更强。我可以用高斯摆个水滑石模型 然后放一个A或者T或者G又或者C 优化了 直接看金属离子与它们的弱相互作用吗?如果这样做没啥意义,我就安心等动力学班后再折腾。
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-3 15:54:50 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2017-12-3 15:21
请问,我想研究水滑石材料对DNA中磷酸基团的吸引作用,想看看水滑石里面哪种金属离子对 ATGC中的磷酸基团吸 ...

可以试试,应该能一定程度说明问题
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发表于 Post on 2017-12-3 16:52:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2017-12-3 17:20 编辑

老师好  scan那里有个扫描乙烷C-C键长的实例强调了涉及到共价键的破坏要用对称破缺方式扫描guess(always,mix)
但是后面有个练习:扫描Ar-Ar距离,没有用对称破缺的方式.
# MP2/aug-cc-pVTZ scan

Title Card Required

0 1
Ar            
Ar                 1   B1

B1=2.3 20 0.2

想请教下老师,这是为什么.
是否是因为事先知道,即使Ar分开了,由于它的外壳电子结构,仍然一定是闭壳层的?
谢谢老师~!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-3 18:01:56 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-12-3 16:52
老师好  scan那里有个扫描乙烷C-C键长的实例强调了涉及到共价键的破坏要用对称破缺方式扫描guess(always,mi ...


Ar之间是闭壳层相互作用,不涉及对称破缺问题
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发表于 Post on 2017-12-3 18:09:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-3 18:01
Ar之间是闭壳层相互作用,不涉及对称破缺问题

另外一个类似的例子,在找过渡态那里的一个技巧,可以先用柔性扫描. 其中有一个例子,扫描1,3丁二烯的C1-C8键长,从2.89扫描到1.53左右,这里也没使用对称破缺.  
请问老师,这是否是因为在逐渐缩短的过程中,体系是时时刻刻都是正常的闭壳层,不涉及到对称破缺的问题?
如果是的话,那怎么事先能知道是这样的从而不需考虑对称破缺的事儿?
谢谢老师.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-3 18:16:16 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2017-12-3 18:09
另外一个类似的例子,在找过渡态那里的一个技巧,可以先用柔性扫描. 其中有一个例子,扫描1,3丁二烯的C1-C8 ...


我不知道C1-C8是哪两个原子,如果整个过程都是闭壳层,就不用考虑对称破缺
是否可能出现对称破缺态,得结合理论直觉和研究经验。不确定的话就按对称破缺设置算算,看最后到底破缺没有。
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发表于 Post on 2017-12-3 18:28:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-3 18:16
我不知道C1-C8是哪两个原子,如果整个过程都是闭壳层,就不用考虑对称破缺
是否可能出现对称破缺态, ...

哦 我想问的就是这个.明白了.  谢谢老师!

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本帖最后由 lufenghxu 于 2017-12-3 19:53 编辑
sobereva 发表于 2017-11-30 14:31
nbosave是savenbo
pop=nbo直接调用NBO做标准NBO分析,nboread还读取额外传递给NBO的关键词,saveNBO做完 ...

谢谢老师!如果用独立的NBO6.0分析,只要生成.47文件作为NBO6.0的输入文件就可以了是吧?gaussian里面的输入文件gjf里面添加pop=nboread(不写nbo),坐标后面添加$nbo....$end就可以了是吧。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-3 20:21:36 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-3 18:37
谢谢老师!如果用独立的NBO6.0分析,只要生成.47文件作为NBO6.0的输入文件就可以了是吧?gaussian里面的输 ...


有些功能必须是ESS版NBO才能实现,比如deletion,此时需要机子里配置好NBO6,然后用pop=nbo6、nbo6read等来调用
写nboread调用的是内置的3.1
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发表于 Post on 2017-12-3 21:38:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-2 14:41
可以
初速度在输入文件里设,看手册里的格式要求,没有确切标准,文献里没明确提你也可以不设

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-12-3 22:06:40 | 只看该作者 Only view this author
老师,非正交的基函数如何转化成正交的NAO?正交,非正交各自又有什么特点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-4 01:13:48 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-12-3 22:06
老师,非正交的基函数如何转化成正交的NAO?正交,非正交各自又有什么特点?


正交基的重叠矩阵为单位矩阵,非正交基的则不是
最初的非正交的基函数先通过原子块对角化变换为PNAO,再经过OWSO正交化就变成了NAO。具体过程参看波函数分析版里的NBO资料合集
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