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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-12-4 21:47:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-4 21:04
远程说不清楚,进入graphics设定界面,稍微把玩一下选项就会

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-12-4 22:08:52 | 只看该作者 Only view this author
请问用Gaussian09做BOMD得到的轨迹如何将其转化成动画来观看?谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-4 23:50:50 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2017-12-4 22:08
请问用Gaussian09做BOMD得到的轨迹如何将其转化成动画来观看?谢谢。

gview直接就可以打开看到动画。还可以保存成gif动画
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-5 09:34:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-4 21:05
对FeO+六重态进行优化,最后会给你各个轨道的能量。把能量由高到低绘制成这种图就完了,chemdraw就可以 ...

sob 老师  能讲下在输出文件中找各个轨道能量的细节嘛    另外 老师有什么chemdraw绘制这种图的博文不(没用过)

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发表于 Post on 2017-12-5 09:57:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-4 23:50
gview直接就可以打开看到动画。还可以保存成gif动画

谢谢sob老师。但是算完后发现帧数太多,gview打不开,想着通过脚本来处理获得轨迹文件,然后用VMD观看,但是不知道通过哪些关键词来定位读取信息?

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发表于 Post on 2017-12-5 10:16:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-4 21:02
不管是用什么程序,计算相互作用能都是计算复合物的能量,然后减去两个单体的能量。
复合物计算能量前需 ...

谢谢老师。
老师,还有一个问题请你帮忙指点一下,如果用ADF计算相互作用能,那么这里面的这个关键词TRANSFERINTEGRALS需要换成什么呀?可以写INTERACTION ENERGY吗?
再次谢谢老师!

微信截图_20171205101510.png (2.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-5 16:51:41 | 只看该作者 Only view this author
qianbao 发表于 2017-12-5 10:16
谢谢老师。
老师,还有一个问题请你帮忙指点一下,如果用ADF计算相互作用能,那么这里面的这个关键词TRA ...


不知道。我不用ADF,也很讨厌ADF,这程序属于异端
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-5 16:52:48 | 只看该作者 Only view this author
whtu 发表于 2017-12-5 09:57
谢谢sob老师。但是算完后发现帧数太多,gview打不开,想着通过脚本来处理获得轨迹文件,然后用VMD观看, ...


参考这个
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-5 16:55:40 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-12-5 09:34
sob 老师  能讲下在输出文件中找各个轨道能量的细节嘛    另外 老师有什么chemdraw绘制这种图的博文不( ...


Multiwfn一下子就能显示所有轨道信息
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269

chemdraw里面直接按照能级高低次序,画横杠就行了
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发表于 Post on 2017-12-5 17:17:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-5 16:55
Multiwfn一下子就能显示所有轨道信息
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269

谢谢 sob 老师

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发表于 Post on 2017-12-5 18:53:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-5 16:51
不知道。我不用ADF,也很讨厌ADF,这程序属于异端

哦哦哦 打扰老师了。

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发表于 Post on 2017-12-5 20:29:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-5 16:52
参考这个
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126

谢谢son老师。

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发表于 Post on 2017-12-6 10:34:46 | 只看该作者 Only view this author
在Gaussian中进行BOMD,如果加GradientOnly这个选项,设置StepSize的值其实设置的是时间步长;如果没加GradientOnly这个选项,设置StepSize的值其实设置的是距离步长;那么请问一下,GradientOnly这个选项对最后的结果是否有明显的影响?谢谢。

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发表于 Post on 2017-12-6 12:07:18 | 只看该作者 Only view this author
请问双杂化泛函对于一些电子结构比较奇葩的体系是否可靠?有一个反应我用一些常见普通泛函算出来的自由能变相差很大,所以想用一个较高精度的方法作为标准。尝试了DLPNO-CCSD(T)发现算不动,这个体系是一个三重态的双金属配合物,适合用什么双杂化泛函呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-6 13:03:54 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2017-12-6 12:07
请问双杂化泛函对于一些电子结构比较奇葩的体系是否可靠?有一个反应我用一些常见普通泛函算出来的自由能变 ...


PWPB95-D3
虽然仍不保证结果很可靠,但稳健程度一般是要好于普通泛函的
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