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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-1-5 22:36:16 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,计算比旋光时在log文件如何读取数值。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-6 07:11:58 | 只看该作者 Only view this author
wxy 发表于 2018-1-5 12:18
Sob老师:想用restart多算几步IRC,但没保存原计算的chk文件,只留了fchk文件。有没有办法将fchk文件转回成 ...

unfchk
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-6 07:13:23 | 只看该作者 Only view this author
qcn 发表于 2018-1-5 22:36
请问sob老师,计算比旋光时在log文件如何读取数值。

如果你是指polar=optrot关键词,看例子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-6 07:13:44 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-1-5 19:18
Sob老师,请教个问题,在使用guess=read geom=check时,只保留了自选多重度和电荷以上的部分,怎么设置需要 ...


geom=check,坐标就是从chk里读啊,不需要设置
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-6 07:14:54 | 只看该作者 Only view this author
oucli 发表于 2018-1-5 14:10
老师,这是我的输入文件,提交之后,一直出现这种情况,请老师看一下,谢谢

提示写了,当前情况不支持M062X
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-6 08:19:28 | 只看该作者 Only view this author
火烈鸟小唐 发表于 2018-1-5 11:13
sob老师,您好,有几个问题想请教您:
1,在算分子键能(和离解能一个意思吧)的时候,输出文件里面有四个 ...


键能和键解离能并不完全等价,后者含义明确,而前者需要在计算时给出确切的定义否则容易混淆。
1 所以说小毒虫上的信息大多不靠谱,切勿轻信,哪能用自由能相减。键解离能必须用焓相减。用Sum of electronic and zero-point Energies相当于0K时的BDE
2 不用管。对于低频模式就会有这种提示
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发表于 Post on 2018-1-6 15:06:44 | 只看该作者 Only view this author
有什么简单方法给反应关键部位的元素设置不同于非关键部位此元素的基组?如果直接写混合基组,需要用编号定义所有此元素的原子,如果是H,那写起来太复杂,有没有什么简易方法?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-6 16:24:46 | 只看该作者 Only view this author
h840473807 发表于 2018-1-6 15:06
有什么简单方法给反应关键部位的元素设置不同于非关键部位此元素的基组?如果直接写混合基组,需要用编号定 ...

在Gaussview里选中一部分原子,在edit-atom selection里就可以看到原子序号,把这行直接复制到输入文件里即可对这些原子定义基组
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发表于 Post on 2018-1-7 14:09:59 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,计算某开壳层结构的垂直激发能,输入文件为# UM062X/6-311+G(d,p) TD(nstates=15) 得到的结果文件中只有激发状态,没有去激发的。请问这个正常么,啥时候应该需要考虑去激发的情况啊?谢谢老师
自己决定自己的DNA

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-7 14:10:55 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-1-7 14:09
请问Sob老师,计算某开壳层结构的垂直激发能,输入文件为# UM062X/6-311+G(d,p) TD(nstates=15) 得到的结果 ...

正常。
没必要去额外“考虑去激发”,而是有就有,没有就没有
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发表于 Post on 2018-1-7 23:06:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好 ,我有个IRC的问题 。阅读了您关于IRC最新的博文,但是没找到对应的情况,请您帮我看一下。
我的IRC任务既不是折返,也不是一边正常一边跑不动、而是两边都跑不动,两边都是PES detected,您看这是TS定位精度不够所致吗?
这个TS的虚频确实有点小,但是振动模式大概是我想要的。我找IRC时候用过GS2方法,也用过CALCALL,但都是两边全跑不了。
多谢老师,麻烦老师了。 ooo.rar (3.74 MB, 下载次数 Times of downloads: 5)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-8 03:30:34 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-1-7 23:06
sob老师好 ,我有个IRC的问题 。阅读了您关于IRC最新的博文,但是没找到对应的情况,请您帮我看一下。
我 ...


你这就是个整体骨架运动的虚频,根本不对应反应,属于那种应该被消掉的虚频。这种虚频跑不出IRC
一般也没有化学反应对应的虚频数值会在几十的数量级。
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发表于 Post on 2018-1-8 15:24:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-6 07:13
如果你是指polar=optrot关键词,看例子

谢谢是sob老师的解答

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发表于 Post on 2018-1-8 15:40:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-8 03:30
你这就是个整体骨架运动的虚频,根本不对应反应,属于那种应该被消掉的虚频。这种虚频跑不出IRC
一般 ...

谢谢sob老师的解答。

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发表于 Post on 2018-1-8 16:11:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-6 08:19
键能和键解离能并不完全等价,后者含义明确,而前者需要在计算时给出确切的定义否则容易混淆。
1 所以 ...

好的,谢谢老师。
现在做IRC有点疑问,我看老师之前的帖子说,IRC和搜索过渡态的计算级别必须严格一样,我在优化TS的时候出现2个NO,就在搜索TS的输入文件里面加了opt=tight和int=ultrafine,然后就完美收敛了。那这样在IRC输入文件中这两个都必须加吗?看您的帖子里面说在进行IRC时不建议加tight,那我后续应该再怎么调整。

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