计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5581#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-11 05:42:22 | 只看该作者 Only view this author
南宫若心 发表于 2018-1-10 20:42
请教个问题,我做的IRC图如下,在下降的过程中出现一个小凸起,然后分子结构就又跑回开始的结构了,过渡态 ...

仔细看此文,提升过渡态搜索和IRC产生精度
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5582#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-11 05:42:39 | 只看该作者 Only view this author
myp000 发表于 2018-1-10 20:44
采用了乙腈和水1:1混合物作溶剂,但是我只会在gaussian里面设置单一溶剂,请教各位大神混合溶剂怎样设置呀 ...

仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5583#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-11 05:47:53 | 只看该作者 Only view this author
旺旺雪饼 发表于 2018-1-10 20:47
sob老师,计算的S1到S0,S2到S0和S3到S0的振子强度都为0,但是实验上能观测到荧光,这该怎么解释?
还有, ...


说明忽略了其它因素
比如电子态的对称禁阻,在考虑振动耦合时就不严格禁阻了(计算振动分辨的电子光谱)
再比如单三重态的跃迁,不考虑旋轨耦合是禁阻的,考虑了就不再是严格禁阻的
还有很多类似的情况和因素。理论算出来振子强度为0,只不过是把问题给理想化简单化考虑了,不代表实际不能出现跃迁
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

4

帖子

0

威望

45

eV
积分
49

Level 2 能力者

5584#
发表于 Post on 2018-1-11 11:20:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-11 05:42
仔细看此文,提升过渡态搜索和IRC产生精度
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/ ...

老师,我算的虚频差不多1900,过渡态计算试遍了tight、calcall、int=ultrafine,IRC依然做不出来,那能不能说明我这个过渡态不存在,或者还有什么办法?老师的博文我在发帖之前看过,今天又看了一遍,实在做不出来,还请老师提示,谢谢!

78

帖子

0

威望

814

eV
积分
892

Level 4 (黑子)

5585#
发表于 Post on 2018-1-11 12:38:33 | 只看该作者 Only view this author
请教Sob老师,柔性扫描结果SCF不收敛……看了博文决定尝试增加泛函积分格点的精度。我重新算的话取最后一帧续算,还是需要从头开始从初始结构开始算了呢?对优化。频率可以续算,不知道柔性扫描可不可以呢?

自己决定自己的DNA

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5586#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-11 12:38:47 | 只看该作者 Only view this author
南宫若心 发表于 2018-1-11 11:20
老师,我算的虚频差不多1900,过渡态计算试遍了tight、calcall、int=ultrafine,IRC依然做不出来,那能不 ...

你过渡态不都找出来了?怎么说不存在?
走IRC用的级别和找过渡态不相同,或者初始结构不是过渡态结构,都可能会造成IRC处TS有个尖
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5587#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-11 12:39:55 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-1-11 12:38
请教Sob老师,柔性扫描结果SCF不收敛……看了博文决定尝试增加泛函积分格点的精度。我重新算的话取最后一帧 ...


写诸如# opt(restart,modredundant) PM6,且%chk和之前相同,会把柔性扫描继续做完。gview打开输出文件只能看到续算出来的那部分结构和扫描曲线,若打开chk/fch则可以看到完整的扫描曲线。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

4

帖子

0

威望

45

eV
积分
49

Level 2 能力者

5588#
发表于 Post on 2018-1-11 13:11:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-11 12:38
你过渡态不都找出来了?怎么说不存在?
走IRC用的级别和找过渡态不相同,或者初始结构不是过渡态结构, ...

老师,我做过渡态和IRC用的calcal、int=ultrafine,都一样,但是IRC只有两个点,加了lqa后有21个点。但是后半部分的凸点过不去了,又回到了开始的结构,做不出来了

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5589#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-11 13:28:54 | 只看该作者 Only view this author
南宫若心 发表于 2018-1-11 13:11
老师,我做过渡态和IRC用的calcal、int=ultrafine,都一样,但是IRC只有两个点,加了lqa后有21个点。但是 ...


所有和此类问题有关的信息都已经充分反映在那个帖子里的。没有任何可以补充的。
反复阅读,反复尝试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

4

帖子

0

威望

45

eV
积分
49

Level 2 能力者

5590#
发表于 Post on 2018-1-11 13:38:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-11 13:28
所有和此类问题有关的信息都已经充分反映在那个帖子里的。没有任何可以补充的。
反复阅读,反复尝试

好的,老师,我再试试,谢谢您!

78

帖子

0

威望

814

eV
积分
892

Level 4 (黑子)

5591#
发表于 Post on 2018-1-11 16:12:45 | 只看该作者 Only view this author
通过Multiwfn绘制的Laplacian函数等值面图与电子密度差图针对什么情况的不同划分呢?Laplacian函数可以看离子键,共价键,金属键,氢键什么的,是不是比起电子密度图更为详细呢,谢谢老师的指教。
自己决定自己的DNA

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5592#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-11 18:37:25 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-1-11 16:12
通过Multiwfn绘制的Laplacian函数等值面图与电子密度差图针对什么情况的不同划分呢?Laplacian函数可以看离 ...

物理本质不同,反映的问题也不同
电子密度拉普拉斯函数并不能展现出氢键
很多密度差图能体现的问题电子密度拉普拉斯函数不能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

5593#
发表于 Post on 2018-1-12 15:28:56 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好,请问能否采用gaussian来计算分子晶体的激发态性质呢,是直接采用晶体结构中的结构参数来计算吗?

175

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1232

Level 4 (黑子)

5594#
发表于 Post on 2018-1-12 20:02:51 | 只看该作者 Only view this author
各位大神,我算NBO,用这个这些关键词可以么?# pop=(nboread,savenbo) m06l/genecp scf=xqc            别人给我传的,我不太懂算完的这个怎么看有没有出错呢?

30

帖子

0

威望

698

eV
积分
728

Level 4 (黑子)

5595#
发表于 Post on 2018-1-13 16:36:56 | 只看该作者 Only view this author
老师好,不好意思打扰了,学生在通过进行溶剂效应计算时,遇到了以下问题:1)学生是需要的是混合溶剂,其中一种是 Gaussian 软件自带的,另外一种则是需要自定义的。请问在进行混合溶剂设置时,具体需要进行什么样的操作及设置呢?2)sob老师曾经说过,在进行混合溶剂配比是按照体积比,然而,应该怎么样去书写输入文件呢?3)学生之前使用单一自定义溶剂进行溶剂化效应计算,由于只写了 Eps, 但由于自定义溶剂的介电常数与水的相似,被系统默认为是水的了,请问应该怎么对我自定义的溶剂进行详细说明?  谢谢老师!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 23:44 , Processed in 0.679154 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list