简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

oucli · 发表于 Post on 2018-1-4 14:53:35

oucli 发表于 2018-1-3 22:50
gamess计算EDA时，出现以下错误，但是提交例子的时候可以正常运行，请问问题出在哪里呢？附件为我的输入文 ...

老师，按照您的方法修改之后还是出现相同的问题，

----------------------------------------
job aborted:
[ranks] message

[0] process exited without calling finalize

[1] terminated

---- error analysis -----

[0] on XIA407-PC
D:\gamess\gamess.00.exe ended prematurely and may have crashed. exit code 0xc0000417

---- error analysis -----
         Disk usage (in bytes)
========================================
2018/01/04  14:42             488 8.F05
2018/01/04  14:45          850,720 8.F10
2018/01/04  14:43          10,450 8.GMS.ENV
2018/01/04  14:43             71 8.processes.mpd
----------------------------------------
而且gamess.exe即刻停止工作，是安装问题吗？提交例子没问题，我用的是Windows版。谢谢

yangjianfeng · 发表于 Post on 2018-1-4 15:06:32

sob老师 GTO方程和STO方程代入轨道系数，半径得到的数是什么有什么意义

chrishuo · 发表于 Post on 2018-1-4 15:54:56

sob老师，我计算得到了同一个反应的两个解离路径，每个路径有两个能垒，其中一个路径的第一个能垒高，另一个路径的第二个能垒高，如何分析哪个合理呢？附件是能垒图，谢谢老师！

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2018-1-4 17:29:42

chrishuo 发表于 2018-1-4 15:54
sob老师，我计算得到了同一个反应的两个解离路径，每个路径有两个能垒，其中一个路径的第一个能垒高，另一 ...

不要用TIFF格式，体积太大，质量还和PNG一样。
你的路径没有比起点更低的中间体，所以比较每条路径的最高点减最高点之前的最低点即可。在你的路径中是56.3和49.1相比较。

你的产物比底物的能量高那么多、势垒还那么那么高，除非这是极端条件下的化学反应，否则这反应根本发生不了（如果实验上发生了那就是计算有误）。

typ_gauss · 发表于 Post on 2018-1-4 21:46:55

大家好，我的输入文件如下

拖到高斯里跑了一下，发现提示语法错误，请问是哪个地方弄错了，谢谢大家了

zjxitcc · 发表于 Post on 2018-1-4 22:23:08

又是一个不看说明书，自己凭感觉和臆想瞎写关键词的小伙伴。高斯里是Def2TZVPP
另外标题是BJ，不是JB。

typ_gauss · 发表于 Post on 2018-1-4 23:16:22

zjxitcc 发表于 2018-1-4 22:23
又是一个不看说明书，自己凭感觉和臆想瞎写关键词的小伙伴。高斯里是Def2TZVPP
另外标题是BJ，不是JB。

谢谢。见笑了。以后多多参考说明书。感谢指点

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-5 03:30:18

chrishuo 发表于 2018-1-4 15:54
sob老师，我计算得到了同一个反应的两个解离路径，每个路径有两个能垒，其中一个路径的第一个能垒高，另一 ...

不要上传大尺寸tif格式的图，你的一张图占3MB，严重浪费论坛空间。
给你把图改小并且用png格式重新贴了，这图才71KB。

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-5 03:31:43

oucli 发表于 2018-1-4 14:53
老师，按照您的方法修改之后还是出现相同的问题，

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上传完整的压缩后的输入输出文件。

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-5 03:32:27

yangjianfeng 发表于 2018-1-4 15:06
sob老师 GTO方程和STO方程代入轨道系数，半径得到的数是什么有什么意义

就是GTO或STO在指定位置处的函数值。不结合具体问题没法说有什么物理意义

chrishuo · 发表于 Post on 2018-1-5 10:40:08

sobereva 发表于 2018-1-5 03:30
不要上传大尺寸tif格式的图，你的一张图占3MB，严重浪费论坛空间。
给你把图改小并且用png格式重新贴了 ...

不好意思，下次不会了，谢谢sob老师

火烈鸟小唐 · 发表于 Post on 2018-1-5 11:13:43

本帖最后由火烈鸟小唐于 2018-1-5 16:36 编辑

sob老师，您好，有几个问题想请教您：
1，在算分子键能（和离解能一个意思吧）的时候，输出文件里面有四个能量，有的文献里面用Sum of electronic and zero-point Energies，有篇博客里面的教程用的Sum of electronic and thermal Enthalpies，在某虫好像也看到过用Sum of electronic and thermal Free Energies，应该选用哪一个？
2，对一个有机小分子进行优化和频率计算时，优化以及频率计算都4个YES完成，检测频率也没有虚频，但是在查看能量的时候，输出文件中 Warning -- explicit consideration of 6 degrees of freedom as vibrations may cause significant error，看了Thermochemistry in Gaussian这篇文章，这个应该是表明分子内转动导致的（输入文件里面写了opt=tight和int=ultrafine,应该不是优化的问题吧)，这样输出的能量对于后面计算焓变等相关量的时候有影响吗，影响大吗？

wxy · 发表于 Post on 2018-1-5 12:18:13

Sob老师：想用restart多算几步IRC，但没保存原计算的chk文件，只留了fchk文件。有没有办法将fchk文件转回成chk文件？

oucli · 发表于 Post on 2018-1-5 14:10:56

oucli 发表于 2018-1-4 14:53
老师，按照您的方法修改之后还是出现相同的问题，

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老师，这是我的输入文件

p5g4.inp (5.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) ，提交之后，一直出现这种情况，请老师看一下，谢谢

QuantumHan · 发表于 Post on 2018-1-5 19:18:42

Sob老师，请教个问题，在使用guess=read geom=check时，只保留了自选多重度和电荷以上的部分，怎么设置需要读取的分子坐标呢？谢谢！

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

向大家请教B3LYP-D3(JB)_def2-TZVPP计算级别输入问题