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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-29 19:08:01 | 只看该作者 Only view this author
不懂计算 发表于 2017-12-29 11:24
sob好,研究单个药物分子的结构特性,可以从哪些方面进行分析呢?谢谢老师

先看类似文献找思路、找讨论
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-29 19:08:49 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-12-29 09:55
sob老师   高斯用CCSD/cc-pvtz能算单点能嘛   为啥其算出来的能量比我用密度泛函算的能量还要高  我算的是 ...

不同理论方法间的绝对能量没有可比性,更何况DFT与波函数类的理论方法比
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发表于 Post on 2017-12-29 23:26:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-29 19:08
先看类似文献找思路、找讨论

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2017-12-29 23:28:59 | 只看该作者 Only view this author
老师,元旦快乐!文献中有句话如何理解,如下:a nickel(II)-aryl bonding interaction is formed between the π orbital of the aryl group and the empty d orbital of the nickel(II) center.这里面的aryl是不是必须是苯环,而不能仅仅是形成π键的碳原子吗?另外这个Ni后面的(II)代表什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-30 00:07:49 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-29 23:28
老师,元旦快乐!文献中有句话如何理解,如下:a nickel(II)-aryl bonding interaction is formed between  ...


可以是碳原子
(II)代表氧化态或者价态
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发表于 Post on 2017-12-30 08:03:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2017-12-30 08:20 编辑

Sob老师。  您是不是没注意到我昨天提的一个问题……我发现其他问题您都回复了,就这个问题被落下啦,怕您没注意到

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发表于 Post on 2017-12-30 19:23:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-27 19:15
我对qsub不怎么熟悉,看提示,貌似是可能提交任务的时候所有节点都在占着。建议联系管理员

谢谢老师,我反复琢磨了下,觉得可能还是我的问题,估计不能正常提交。

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发表于 Post on 2017-12-30 22:35:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-12-30 22:37 编辑

老师,如何分析二茂铁里面铁的价态(需要做哪些计算?做了mayer键级但是好像没发现是2)?还有,如何分析铁和两个五元环π电子之间的作用?

1111.jpg (94.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

1111.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-31 05:10:13 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-12-30 22:35
老师,如何分析二茂铁里面铁的价态(需要做哪些计算?做了mayer键级但是好像没发现是2)?还有,如何分析铁 ...

使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362

分析方式很多,AIM、ELF、键级、密度差图等等
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steven 发表于 2017-12-29 11:33
老师,我在气相下优化出一个分子,然后加上隐式溶剂模型水中算一个单点,我可以说该分子在水中的电子能量大概 ...


没法得到,此时已经耦合在一起作为整体了(虽然也有一些办法,比如波函数分析里可以计算每个原子的能量密度,加和可以得到分子的能量密度,但这就跑题了,而且结果和划分方式关系巨大,而划分方式本身又是不唯一的)
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发表于 Post on 2017-12-31 20:35:17 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师   我用高斯运算  1.关键词为opt freq 时 为什么输出文件会有布局分析   与加了pop关键词得到的布局分析有什么区别
                                   2。布局分析有什么用处

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-31 23:26:17 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2017-12-31 20:35
sob 老师   我用高斯运算  1.关键词为opt freq 时 为什么输出文件会有布局分析   与加了pop关键词得到的布 ...

1 一样。是默认输出的
2 考察片段、原子、原子轨道、基函数、壳层带的电子数,用于讨论电子分布情况
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发表于 Post on 2018-1-1 16:51:41 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师  分裂基组中  函数的分配方式是随机的嘛   如6-31G  1s   1s’    中哪个轨道用三个高斯函数描述   哪个用一个高斯函数

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发表于 Post on 2018-1-1 20:56:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-31 05:10
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362

老师,怎么分析二茂铁里面,铁和五元环之间的作用是由五元环的哪个轨道和铁的哪个轨道相互作用的?老师说的键级可以分析,是不是指的是键级分析里面的多中心键级分析,把铁和五元环碳原子序号输入进去就可以(我用multiwfn了一下键级是0.416)?老师,想这种没有办法简单表示的相互作用关系,是不是只能通过化学直觉把相关的原子挑出来进行分析?不知道说明白没。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-1 21:42:47 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-1-1 16:51
sob 老师  分裂基组中  函数的分配方式是随机的嘛   如6-31G  1s   1s’    中哪个轨道用三个高斯函数描述  ...

显然不是什么随机的
我不知道你说的1s'指什么
搞不懂的,仔细看这些资料就懂了
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2190
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