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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-24 20:17:34 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-1-24 20:09
sob  老师  能具体讲下  量化基础班的教学具体内容(公告上没看到具体讲什么)嘛   我好说服我们老板让我来 ...

看往届的通知
http://www.keinsci.com/workshop/3KBQC.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2018-1-24 20:25:02 | 只看该作者 Only view this author
老师,结构优化出现L502错误,是初始结构的问题吗?怎么解决呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-24 20:44:16 | 只看该作者 Only view this author
zzz 发表于 2018-1-24 20:25
老师,结构优化出现L502错误,是初始结构的问题吗?怎么解决呢?

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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发表于 Post on 2018-1-25 09:48:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-23 15:29
减小步长上限,加ultrafine再试

谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-1-25 10:13:47 | 只看该作者 Only view this author
请问老师ADMP和BOMD功能相同,ADMP计算量更低,那么对于一般的计算条件,ADMP计算的原子数在什么范围内?我算的体系一般多为前三周期元素原子和一两个第四五周期过渡金属原子,方法B3LYP/6-31G(d,p)。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-25 14:14:31 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-1-25 10:13
请问老师ADMP和BOMD功能相同,ADMP计算量更低,那么对于一般的计算条件,ADMP计算的原子数在什么范围内?我 ...


你稍微跑一小段,看耗时,就能估计出跑完指定长度要用的时间了,这和计算资源、计算设定关系很大

一般来说,你提到的几个原子体系完全没问题
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发表于 Post on 2018-1-25 14:32:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-25 14:14
你稍微跑一小段,看耗时,就能估计出跑完指定长度要用的时间了,这和计算资源、计算设定关系很大

一 ...

谢谢老师,估计30个C,15个H和2个Ti这样的体系,B3LYP/6-31G(d,p)跑ADMP,8核16G内存配置应该不够吧?

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发表于 Post on 2018-1-25 15:06:06 | 只看该作者 Only view this author
如何选择闭壳层、开窍层与限制性开窍层?尤其是后两者的选择
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-25 15:57:36 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-1-25 15:06
如何选择闭壳层、开窍层与限制性开窍层?尤其是后两者的选择
谢谢!


那是“壳层”不是“窍层”
对于初学者,一律不要自己指定是R还是U还是RO,就用程序默认的(除非你计算双自由基、反铁磁性耦合体系)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-25 15:58:29 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-1-25 14:32
谢谢老师,估计30个C,15个H和2个Ti这样的体系,B3LYP/6-31G(d,p)跑ADMP,8核16G内存配置应该不够吧?

关键看你要跑多久,稍微长一点都跑不动,实际测试一下便知
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发表于 Post on 2018-1-25 16:58:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-25 15:57
那是“壳层”不是“窍层”
对于初学者,一律不要自己指定是R还是U还是RO,就用程序默认的(除非你计算 ...

笔误了
计算三重态体系和用了guess=mix的体系,一般都让程序默认了,只不过每次都搞不清楚到底该怎么选。
谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-1-25 17:36:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-25 15:58
关键看你要跑多久,稍微长一点都跑不动,实际测试一下便知

请问老师,用优化后的结构做ADMP,运行不久出现“ Input densites are not normalized的502错误”,我是把优化后的结构用gview保存的坐标作为ADMP初始结构,请问这个问题如何解决?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-25 20:19:53 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-1-25 17:36
请问老师,用优化后的结构做ADMP,运行不久出现“ Input densites are not normalized的502错误”,我是 ...

如果用了guess=read,去掉
可以减小步长再试
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发表于 Post on 2018-1-25 20:50:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 primashen 于 2018-1-25 20:53 编辑

请问老师,参照帖子《优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw》,使用optDFTw计算参数w。泛函基组是lc-blyp/6-31G*, 二聚体和四聚体都能正常结束, 唯独约120个原子的三聚体报错,报错如下图所示,请问老师这个是什么原因呢。谢谢老师。

IMG_20180125_203551-2.jpg (77.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

IMG_20180125_203551-2.jpg

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发表于 Post on 2018-1-25 22:08:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-25 20:19
如果用了guess=read,去掉
可以减小步长再试

请问老师:
1. ADMP中1/82=300,和temperature=300这两个关键词是不是一个意思,写一个就行?
2. ADMP的轨迹图如何用origin作图?
谢谢!

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