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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-1-21 10:55:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-20 23:52
让水分子足够包住离子

明白啦~谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-1-21 11:00:21 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,计算这个体系的弱作用我们考虑了加显式溶剂水分子,计算能量时能否把水与某个片段当做整体还是把水当作片段3呢?可能不止加入一个水分子

1.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-21 11:03:21 | 只看该作者 Only view this author
redfoxs 发表于 2018-1-21 00:07
最近在算含Pt和Pd的一个分子(如图), 单独算含Pt的部分和Pd的部分都可以正常收敛,但是把这两个片段接到一 ...

自定义基组和赝势格式完全不对,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

density是完全多余的

发图前图片尺寸应恰当调节,或者选择恰当格式,使得图片大小不超过350KB。
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发表于 Post on 2018-1-21 13:10:31 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,关于振动分辨的电子光谱的计算的问题,

1. 求发射光谱,使用关键词freq(FC,emission),但此时不支持HT、FCHT方法,那还能使用freq=(FC,ReadFCHT)来读取控制计算的额外参数吗?如果可以,写法和吸收光谱的表头一样吗?

2. 可不可以把基态和激发态的chk文件颠倒的方法来获得发射光谱的相关额外参数信息呢?为什么?

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发表于 Post on 2018-1-21 14:04:35 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,用DFT方法计算一个体系,
(1)自旋多重度为3时能量最低,但显示“The wavefunction has an internal instability”;
(2)自旋多重度为5时显示“The wavefunction is stable under the perturbations considered”,但能量高。
请问(1)和(2)取哪一个?为什么?

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发表于 Post on 2018-1-21 15:10:57 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师:
(1)使用了scf=qc关键词后,输出的哪些值来预测SCF收敛与否呢?或者说收敛判断的标准?
(2)使用单位集群(这方面完全小白)做opt,使用了scf=qc关键词,结果33个Iteration后出现 Insufficient memory for a single shell  combination  in PrsMar called from Prism/PrismC: LenV=1132852 MaxCom= -1, Error termination via Lnk1e in public…….  需在gif文件里一般设置多大内存?
(3)输入、输出和错误文件已上传,请sob老师指点。

Gaussian.e1779

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input.gjf

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input.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-21 17:07:49 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-1-21 14:04
请问老师,用DFT方法计算一个体系,
(1)自旋多重度为3时能量最低,但显示“The wavefunction has an int ...

用自旋多重度3,但是用stable=opt让程序自动找对应能量更低的波函数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-21 17:13:46 | 只看该作者 Only view this author
jingruoyoulan 发表于 2018-1-21 15:10
请问sob老师:
(1)使用了scf=qc关键词后,输出的哪些值来预测SCF收敛与否呢?或者说收敛判断的标准?
...

1 看能量变化程度就知道了
2 内存能给多大给多大,如果给到极限还不行,就别用=qc,不仅慢还增加收敛到不稳定波函数的风险
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发表于 Post on 2018-1-21 19:50:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-21 17:07
用自旋多重度3,但是用stable=opt让程序自动找对应能量更低的波函数

谢谢老师,但我计算的是一个Ti原子,不能优化,它的3态能量低但波函数不稳定,5态能量高波函数稳定,请问老师如何处理?

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发表于 Post on 2018-1-21 20:14:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jingruoyoulan 于 2018-1-21 20:19 编辑
sobereva 发表于 2018-1-21 17:13
1 看能量变化程度就知道了
2 内存能给多大给多大,如果给到极限还不行,就别用=qc,不仅慢还增加收敛到 ...

谢谢sob老师的回答~~~(1)可以看Delta-E的值吗?一般到什么量级SCF收敛?若不单独指定内存,Linux下默认多大呢?(2)不采取scf收敛的办法前,能量震荡比较严重,MaxDP的值能到10^-4,感觉结构应该没有太大的问题(3)根据您解决SCF不收敛的帖子,已经试了好几个方法,都不凑效,用scf=Vshif=800后,开始的两个循序MaxDP的值是10^2,但后面变化非常慢,128个循环后为10^0,最终不收敛,说明Vshif不合适吗?(4)使用scf=qc也是无奈之举,输入文件有较多的背景电荷,裸簇是收敛的,nosymm也写上了,请问sob老师还有哪些针对性的办法吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-21 21:14:42 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-1-21 19:50
谢谢老师,但我计算的是一个Ti原子,不能优化,它的3态能量低但波函数不稳定,5态能量高波函数稳定,请问 ...

stable=opt和opt完全是两码事
前者优化的是波函数
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发表于 Post on 2018-1-21 22:04:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-21 21:14
stable=opt和opt完全是两码事
前者优化的是波函数

谢谢sob老师,用stable=opt算完之后波函数稳定了,但能量变得更低了。以前没有注意到这个问题,有两个问题请教:
(1)是否对于任何体系基态的优化和能量计算都要加上stable关键词判断波函数,如不稳定用stable=opt?
(2)即使选择能量最低的结果,如果体系波函数不稳定,那么得到的就不是体系基态的基态结构和能量?

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发表于 Post on 2018-1-21 22:31:48 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问高斯16版本计算激发态速度较高斯09会提升吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-21 22:43:45 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2018-1-21 22:31
Sob老师,请问高斯16版本计算激发态速度较高斯09会提升吗?


如果是激发态振动分析,速度提升以数量级论
如果只是激发能计算、激发态几何优化,不会有提升(这和参数设定也有关系,G16默认的int=ultrafine会导致耗时比之前默认的fine增加不少)

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发表于 Post on 2018-1-21 22:45:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-21 22:43
如果是激发态振动分析,速度提升以数量级论
如果只是激发能计算、激发态几何优化,不会有提升(这和参 ...

哦哦,谢谢老师

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