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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-1-23 20:33:56 | 只看该作者 Only view this author
sob  老师    我看你的回复关于基函数的个数计算时  提到过由x个高斯函数收缩得到的s基函数或p基函数  这里的s基函数和p基函数应该都是slater函数吧  只是便于对轨道函数的称呼吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-23 20:54:35 | 只看该作者 Only view this author
yangjianfeng 发表于 2018-1-23 20:33
sob  老师    我看你的回复关于基函数的个数计算时  提到过由x个高斯函数收缩得到的s基函数或p基函数  这里 ...


所有主流量化程序都不用Slater型基函数,用的是Gauss型基函数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-23 20:55:06 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-1-23 19:21
谢谢老师,也就是说一般情况下只考虑零点能校正用处不大,还不如考虑焓和吉布斯自由能。

yes
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发表于 Post on 2018-1-24 02:32:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2018-1-24 02:34 编辑
sobereva 发表于 2018-1-23 15:28
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
这里说了掉下来一个点是怎么回事

sob老师,我确实少加了int=ultrafine 。我上传的这个图是没算完的,我刚才又看了一下,我发现整个IRC又正常了(也是没算完)。这是属于什么情况呢,算正常情况么。

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发表于 Post on 2018-1-24 10:32:52 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,我用高斯09进行几何优化,冻结了一个键长(末尾写 1 16 F),但好像没起到作用,优化过程中键长还是一直在变,这是怎么回事呢?

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发表于 Post on 2018-1-24 10:44:47 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,

高斯中如何计算获得非谐振频率的校正因子?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-24 11:16:07 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-1-24 10:44
请教老师,

高斯中如何计算获得非谐振频率的校正因子?

非谐振频率没有校正因子,频率校正因子本身的目的就是让谐振频率对应的结果能达到接近非谐振计算的质量
如果就是指谐振频率校正因子,看
自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法
http://sobereva.com/391
基频频率校正因子实际效果测试
http://sobereva.com/390
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-24 11:16:21 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2018-1-24 10:32
请教老师,我用高斯09进行几何优化,冻结了一个键长(末尾写 1 16 F),但好像没起到作用,优化过程中键长 ...

关键词不合理,诸如没写=modredundant
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-24 11:16:38 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-1-24 02:32
sob老师,我确实少加了int=ultrafine 。我上传的这个图是没算完的,我刚才又看了一下,我发 ...

正常
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发表于 Post on 2018-1-24 11:46:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-24 11:16
关键词不合理,诸如没写=modredundant

谢谢老师,我试试。

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发表于 Post on 2018-1-24 15:07:22 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在寻找过渡态过程中由于能量震荡,用了两种方法:
#p opt=(calcfc,maxstep=3,notrust,ts,noeigentest) freq m06l/genecp int=(ultrafine,acc2e=12) scf=xqc
#p opt=(gdiis,ts,noeigentest) freq m06l/genecp int=(ultrafine,acc2e=12) scf=xqc
我发现这两种方法计算的能量相差0.84Kcal/mol,我知道这钟情况可以忽略不计,可是我很好奇那种能量是更精准的呢?是缩小步长之后的结构和能量更精准么?

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发表于 Post on 2018-1-24 15:43:36 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,请问如下关键词中%kjob那一行代表什么意思?

--Link1--
%nproc=8
%kjob l703 1
%mem=20GB
%chk=gaussian

输出文件结尾是:
Forces at end of L703
I=    0 X=   2.891454544752D-01 Y=  -1.329731995785D-02 Z=   4.800828191591D-02
I=    1 X=   2.256924548904D-03 Y=  -5.786093026828D-03 Z=   1.954968941119D-02
I=    2 X=  -7.413698142007D-03 Y=  -1.957910550944D-02 Z=   7.031004770094D-03
I=    3 X=   6.402530973808D-03 Y=   7.142123859501D-03 Z=  -1.304194129806D-02
I=    4 X=  -1.245757380710D-03 Y=   1.822307467677D-02 Z=  -1.353875288322D-02
Leave Link  703 at Wed Jan 24 14:23:42 2018, MaxMem=  2684354560 cpu:         0.8
0******************
*Kjob Termination*
*  in Link    703*
******************
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 10.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
Normal termination of Gaussian 09 at Wed Jan 24 14:23:42 2018.

我猜测是不是算完L703模块以后直接结束任务?  谢谢sob~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-24 16:10:50 | 只看该作者 Only view this author
让你变成回忆 发表于 2018-1-24 15:43
sob老师您好,请问如下关键词中%kjob那一行代表什么意思?

--Link1--

是。手册里有说明
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-24 16:17:29 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-1-24 15:07
sob老师,我在寻找过渡态过程中由于能量震荡,用了两种方法:
#p opt=(calcfc,maxstep=3,notrust,ts,noeig ...


比较TS结构差多少,可以按此文叠合到一起来对比
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290

如果差得多,没法说哪个更可靠。最可靠的做法就是加上calcall或诸如recalc=3再优化
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发表于 Post on 2018-1-24 20:09:02 | 只看该作者 Only view this author
sob  老师  能具体讲下  量化基础班的教学具体内容(公告上没看到具体讲什么)嘛   我好说服我们老板让我来参加培训

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