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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-21 22:45:37 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-1-21 22:04
谢谢sob老师,用stable=opt算完之后波函数稳定了,但能量变得更低了。以前没有注意到这个问题,有两个问 ...

1 “任何体系”说得太过了。比如一般有机体系,不用scf=qc的话,几乎不可能收敛到不稳定波函数。对于电子结构诡异、复杂的体系,如果缺乏经验、心里没谱,建议用stable测试一下
2 对
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2018-1-22 01:11:22 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,IRC跑了3步后,出现一个断崖式的下降,然后就从l601跳转到l9999结束了,这是什么原因?有什么办法避免?
输入关键词以及输出结果分别如下:输入关键词等价于# B3LYP/6-31G* IRC=(CALCALL,MAXPOINTS=240,LQA) SCRF=(SMD,SOLVENT=ACETONE),并且在每次的IRC结构中提取Mayer键级以及Mulliken电荷
  1. #P nonstd
  2. 1/10=4,14=-1,18=10,26=3,38=1,42=240,44=3,45=2,71=1/1,23;
  3. 2/12=2,17=6,18=5,29=1,40=1/2;
  4. 3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,70=32201,71=2,72=19,74=-5,140=1/1,2,3;
  5. 4//1;
  6. 5/5=2,38=5,53=19/2;
  7. 8/6=4,10=90,11=11/1;
  8. 11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
  9. 10/6=1,13=1/2;
  10. 6/7=2,8=2,9=2,10=2,18=1,28=1/1;
  11. 7/10=1,25=1/1,2,3,16;
  12. 1/10=4,14=-1,18=10,26=3,42=240,44=3,45=2,71=1/23(2);
  13. 2/29=1/2;
  14. 99/5=20/99;
  15. 2/29=1/2;
  16. 3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,70=32205,71=2,72=19,74=-5,140=1/1,2,3;
  17. 4/5=5,16=3,69=1/1;
  18. 5/5=2,38=5,53=19/2;
  19. 8/6=4,10=90,11=11/1;
  20. 11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
  21. 10/6=1,13=1/2;
  22. 7/10=1,25=1/1,2,3,16;
  23. 6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1,80=1/1;
  24. 1/10=4,14=-1,18=10,26=3,42=240,44=3,45=2,71=1/23(-9);
  25. 2/29=1/2;
  26. 6/7=2,8=2,9=2,10=2,18=1,19=2,28=1/1;
  27. 99/5=20/99;
复制代码

  1. Leave Link  601 at Sun Jan 21 16:40:50 2018, MaxMem=  4026531840 cpu:         3.8
  2. (Enter /home/gaussian/g09/l9999.exe)

  3. This type of calculation cannot be archived.


  4. MEN HAVE BECOME THE TOOLS OF THEIR TOOLS... THOREAU   
  5. Job cpu time:       0 days  6 hours 20 minutes 21.4 seconds.
  6. File lengths (MBytes):  RWF=   1164 Int=      0 D2E=      0 Chk=     38 Scr=      1
  7. Normal termination of Gaussian 09 at Sun Jan 21 16:40:50 2018.
复制代码


能量的变化曲线如下:

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发表于 Post on 2018-1-22 04:25:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-21 11:03
自定义基组和赝势格式完全不对,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://s ...

好的,谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2018-1-22 08:30:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-21 22:45
1 “任何体系”说得太过了。比如一般有机体系,不用scf=qc的话,几乎不可能收敛到不稳定波函数。对于电子 ...

谢谢老师,也就是对于未知体系,无论波函数稳定还是不稳定,即便稳定用stable=opt总是没有坏处,耗时也不会增加太多,这样就不用stable了,直接用stable=opt,这样做对吗?

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发表于 Post on 2018-1-22 10:37:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,想请教您,如果想对一个分子局部优化,例如CH2OH,只想优化CH2,而不优化OH,那输入文件要做一些什么样的改动呢?谢谢您!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-22 10:55:59 | 只看该作者 Only view this author
app 发表于 2018-1-22 10:37
sob老师,您好,想请教您,如果想对一个分子局部优化,例如CH2OH,只想优化CH2,而不优化OH,那输入文件要做 ...

在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-22 10:56:51 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-1-22 08:30
谢谢老师,也就是对于未知体系,无论波函数稳定还是不稳定,即便稳定用stable=opt总是没有坏处,耗时也不 ...

做stable是比较耗时的,和做个TDDFT相仿佛。
发现不稳定,进一步优化波函数,这耗时也是很高的。所以仅当有必要测试稳定性的时候才用,不要平时总带着
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-22 11:01:57 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-1-22 01:11
Sob老师,IRC跑了3步后,出现一个断崖式的下降,然后就从l601跳转到l9999结束了,这是什么原因?有什么办法 ...


在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400

产生Gaussian09 IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
http://sobereva.com/199
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发表于 Post on 2018-1-22 11:06:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-22 10:56
做stable是比较耗时的,和做个TDDFT相仿佛。
发现不稳定,进一步优化波函数,这耗时也是很高的。所以仅 ...

多谢老师,您说的“一般有机体系不需要测试;电子结构诡异、复杂的体系,用了scf=qc则需要测试”,对于需要测试的情况还有更明确的标准?例如未知的过渡金属体系,开壳层体系,含有第几周期某特定的元素体系等等?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-22 11:49:29 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-1-22 11:06
多谢老师,您说的“一般有机体系不需要测试;电子结构诡异、复杂的体系,用了scf=qc则需要测试”,对于需 ...

没有确切标准
做的研究多了,自然就有感觉了。电子结构普通的体系,总是很容易收敛到最稳定波函数。越是成键方式复杂的体系,还有过渡金属参与的体系,收敛到不稳定波函数的风险越大,用了scf=qc也增大收敛到不稳定波函数的风险。对于不好判断自旋多重度应该是几的体系、怀疑一个体系是双自由基状态,拿不准时也应该做做stable。
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发表于 Post on 2018-1-22 14:59:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-22 11:49
没有确切标准
做的研究多了,自然就有感觉了。电子结构普通的体系,总是很容易收敛到最稳定波函数。越是 ...

明白了,多谢老师!

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发表于 Post on 2018-1-22 17:29:43 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,计算一个过渡金属有机复合物体系,需要计算过度金属与有机框架的结合能,有机框架基态为单重态,整体复合物基态也为单重态,而单独的金属原子基态为七重态,这时计算结合能是用金属原子的七重态能量还是单重态能量?是否要保持产物和反应物自旋态一致?为什么?谢谢!

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发表于 Post on 2018-1-22 19:50:05 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,PBE和PBE0是一个泛函吗?

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发表于 Post on 2018-1-22 20:54:54 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2018-1-22 19:50
Sob老师,PBE和PBE0是一个泛函吗?

PBE0 a hybrid functional of Perdew, Burke and Ernzerhof with 0.25 weight of exact exchange, 0.75 of PBEx exchange functional and the PBEc correlation functional [287].
Alternative aliases are PBE1PBE or PBE0PBE.
Combine HF=0.25 PBEx=0.75 PBEc=1
PBE same as above but with exchange estimated exclusively by PBEx functional [253]. Alias
of PBEPBE. This is the form used by CADPAC and NWChem quantum chemistry
programs.
Combine PBEx=1 PBEc=1
Note that the Molpro quantum chemistry program uses the PW91c non-local correlation functional instead of PBEc, which is equivalent to the following:
Combine PBEx=1 PW91c=1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-23 00:00:39 | 只看该作者 Only view this author
computational 发表于 2018-1-22 17:29
请问老师,计算一个过渡金属有机复合物体系,需要计算过度金属与有机框架的结合能,有机框架基态为单重态, ...

这就是结合能计算的任意性。没有统一标准,一般习惯上使用每个片段在孤立状态下能量最低的电子态来算。
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