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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-1-23 05:17:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ccccn345 于 2018-1-23 05:56 编辑

请教老师,在高斯计算中,
1. geom=check, geom=checkpoint和geom=allcheck有什么区别?在使用时要注意什么吗?
2. guess=read和guess=(read,only)有什么区别?在使用时要注意什么吗?
3. 对于关键词有多个option的情况,加括号后,等号是不是可以不加?比如,guess(read,only)和guess=(read,only)效果是一样的?这种情况是不是适用于任何关键词?

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发表于 Post on 2018-1-23 09:14:47 | 只看该作者 Only view this author
柒月小鱼 发表于 2018-1-22 20:54
PBE0 a hybrid functional of Perdew, Burke and Ernzerhof with 0.25 weight of exact exchange, 0.75 o ...

谢谢您的回答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-23 11:04:26 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-1-23 05:17
请教老师,在高斯计算中,
1. geom=check, geom=checkpoint和geom=allcheck有什么区别?在使用时要注意什 ...

1 前者读取结构,后者还同时读取电荷和自旋多重度、标题栏。手册里都有,看手册便知
2 后者读取初猜后不做计算,看手册里guess里对only的说明
3 是
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发表于 Post on 2018-1-23 12:09:21 | 只看该作者 Only view this author
老师,如何从log文件里面,比如irc的log文件里面方便的提取irc路径上不同分子结构的坐标信息?还是没有好办法,只能提交任务,保存,复制。

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发表于 Post on 2018-1-23 12:18:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-19 22:10
先弄清楚虚频的原因,是因为优化不精确,还是本身没有高对称性却被约束成了高对称性所导致的。

写sy ...

老师您好,打扰了!
从ccdc中查看过类似络合物的晶体结构,对称性都比较高。
重新采用opt=calcall和gdiis优化依旧出现了反复震荡的情况这个情况下改成loose收敛限合适吗?

无标题.png (36.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

opt=calcall

opt=calcall

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发表于 Post on 2018-1-23 14:03:09 | 只看该作者 Only view this author
我这个IRC从中间断开是怎么回事呢。我感觉好像不是那张IRC图上说的常见的2个问题。

5KTH`RU%){U]N]$8UAO83{K.png (24.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

5KTH`RU%){U]N]$8UAO83{K.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-23 15:28:10 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-1-23 14:03
我这个IRC从中间断开是怎么回事呢。我感觉好像不是那张IRC图上说的常见的2个问题。

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
这里说了掉下来一个点是怎么回事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-23 15:29:08 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-1-23 12:09
老师,如何从log文件里面,比如irc的log文件里面方便的提取irc路径上不同分子结构的坐标信息?还是没有好办 ...

产生Gaussian09 IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
http://sobereva.com/199

也可以用gview6,保存文件的时候进入advances,可以把每一帧结构分别保存
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-23 15:29:38 | 只看该作者 Only view this author
doublelbegins 发表于 2018-1-23 12:18
老师您好,打扰了!
从ccdc中查看过类似络合物的晶体结构,对称性都比较高。
重新采用opt=calcall和gdi ...


减小步长上限,加ultrafine再试
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发表于 Post on 2018-1-23 15:59:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-23 11:04
1 前者读取结构,后者还同时读取电荷和自旋多重度、标题栏。手册里都有,看手册便知
2 后者读取初猜后不 ...

谢谢老师回复

我阅读手册,只看到了geom=checkpoint的说明,它和geom=check是完全等价的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-23 16:16:55 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-1-23 15:59
谢谢老师回复

我阅读手册,只看到了geom=checkpoint的说明,它和geom=check是完全等价的吗?

一码事
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发表于 Post on 2018-1-23 16:43:36 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,有的文献中计算吸附能时会加上零点能校正,有的文献中计算吸附能直接用各片段的电子能量,请问:
(1)直接用电子能量计算吸附能的情况较多,是否说加上零点能校正没必要呢?
(2)零点能校正的意义是什么?什么情况下需要零点能校正?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-23 17:05:16 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-1-23 16:43
请问老师,有的文献中计算吸附能时会加上零点能校正,有的文献中计算吸附能直接用各片段的电子能量,请问: ...

纯粹理论研究,用电子能量就够了。要计算ZPE还得做振动分析,耗时很高
如果要研究与实际对应的放热量,应当计算焓,而不是仅仅加个ZPE(此时对应0K的焓)
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发表于 Post on 2018-1-23 19:21:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-23 17:05
纯粹理论研究,用电子能量就够了。要计算ZPE还得做振动分析,耗时很高
如果要研究与实际对应的放热量, ...

谢谢老师,也就是说一般情况下只考虑零点能校正用处不大,还不如考虑焓和吉布斯自由能。

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发表于 Post on 2018-1-23 20:23:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-22 10:55
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404

好的老师,谢谢您的解答!

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