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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-29 16:04:01 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-1-29 10:48
谢谢回复

是不是高斯中的总能量=Te+Vne+Vee+Vnn? 但是核动能Tn=0?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-29 16:06:15 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2018-1-29 15:42
老师您好,请问实验上给出的cif文件中的键长键角都是严格准确的吗,我的一个体系有两个结构,其中一个cif文 ...


不是
一方面有个解析度问题,实验的解析度越高,位置越准确。而诸如蛋白质的晶体结构,解析度低的时候往往还需要借助分子力场优化、MD等手段辅助确定坐标。而氢的位置一般都是测不准的,因为电子密度太小
另一方面,晶体环境和真空或溶剂环境本身就是不一样的,注意不存在严格可比性
缺少量原子自己补齐,经过优化,一般没问题
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发表于 Post on 2018-1-29 16:14:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-29 16:06
不是
一方面有个解析度问题,实验的解析度越高,位置越准确。而诸如蛋白质的晶体结构,解析度低的时候 ...

太感谢您了 老师

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发表于 Post on 2018-1-29 19:00:37 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,您的这篇博文“谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算”中,溶解自由能是否考虑了溶剂的笼效应?

图片1.png (24.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-29 19:23:09 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2018-1-29 19:00
请问老师,您的这篇博文“谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算”中,溶解自由能是否考虑了溶剂 ...

按照正规方式计算溶解自由能,结果已经等效考虑这些问题了
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发表于 Post on 2018-1-29 22:30:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-29 00:46
21kcal/mol。溶液下一样
这是按照过渡态理论估出来的,如果过渡态理论涉及的近似对于当前情况不适用, ...

老师,一个反应的发生(一个反应步骤的进行)一般都经历了多个过渡态,那这个21kcal/mol指的是每一步的能垒,还是反应起始的时候稳定中间体作为零点的能垒?谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-1-30 03:04:51 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,

高斯计算,可以看做基于第一性原理的应用吗?还是说是量子化学?

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发表于 Post on 2018-1-30 03:58:26 | 只看该作者 Only view this author
老师  这个https://www.zhihu.com/question/40159158  2楼的回答是不是相当不靠谱了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-30 12:34:33 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-1-30 03:58
老师  这个https://www.zhihu.com/question/40159158  2楼的回答是不是相当不靠谱了?

我不知道你具体指哪段文字,B乎上的东西我是不看的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-30 12:35:09 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-1-30 03:04
请教老师,

高斯计算,可以看做基于第一性原理的应用吗?还是说是量子化学?

高斯是量子化学程序
第一性原理计算主要面向的是周期性体系
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发表于 Post on 2018-1-30 13:25:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-26 12:32
你得有具体的晶体结构,要不然只能靠猜或者搜索算法得到晶体结构,复杂情况很难弄。
有了晶体结构,再说 ...

多谢社长

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发表于 Post on 2018-1-30 14:02:05 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2018-1-29 19:00
请问老师,您的这篇博文“谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算”中,溶解自由能是否考虑了溶剂 ...

我用的是博文里提到的一种粗略的计算溶剂下自由能的方法:
(1)用opt freq优化结构同时获得自由能的热校正量
(2)在(1)的结构下结合溶剂模型用高级别计算单点
然后将1和2的结果相加。这种做法需要考虑溶剂的笼效应吗?

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发表于 Post on 2018-1-30 16:38:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-30 12:35
高斯是量子化学程序
第一性原理计算主要面向的是周期性体系

谢谢老师回复

1. 那高斯中的HF, CI, CC, MPn, DFT等都属于量子化学计算吗?
2. 那常见的量子化学程序和基于第一性原理的计算程序分别都有哪些呢?
3. 能不能举例一下常见的周期性体系?

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发表于 Post on 2018-1-30 21:20:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jingruoyoulan 于 2018-1-30 21:59 编辑

请问sob老师,建立晶体的团簇模型时,有的书中提到必须满足整体电中性原则和化学配比原则,可在有的文献里也发现不满足化学配比和带电的簇,就很迷糊了,晶体的簇模型到底需要满足什么原则呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-30 21:56:31 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-1-30 16:38
谢谢老师回复

1. 那高斯中的HF, CI, CC, MPn, DFT等都属于量子化学计算吗?

1 属于
2 量化:Gaussian、GAMESS、ORCA...
第一性:CASTEP、VASP、Quantum-Espresso...
3 太多了,google随便一搜就能找到一堆周期性体系计算文章
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