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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-30 21:56:55 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2018-1-30 14:02
我用的是博文里提到的一种粗略的计算溶剂下自由能的方法:
(1)用opt freq优化结构同时获得自由能的热校 ...

不需要
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-30 22:01:27 | 只看该作者 Only view this author
jingruoyoulan 发表于 2018-1-30 21:20
请问sob老师,建立晶体的团簇模型时,有的书中提到必须满足整体电中性原则和化学配比原则,可在有的文献里 ...


并没有绝对必要必须满足这个要求
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发表于 Post on 2018-1-30 22:10:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-30 22:01
并没有绝对必要必须满足这个要求

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-1-31 09:50:33 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好!我优化的结构是含汞离子的75个原子的体系,有361个电子,价态为-1,自旋多重度为2.一直出现L502错误,尝试了http://sobereva.com/61中的方法,尝试了前3种提示L502错误,降低收敛标准=6,也提示L502错误。是我构建的结构不合理么?这是构建的结构 1a8e_Hg1-139.gjf (4.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2018-1-31 11:06:12 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,

1. 转化成fchk文件是不是可以打开看到chk文件里的所有信息了?还有其他作用和目的吗?
2. 如何得到cube文件呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-31 11:24:09 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-1-31 11:06
请教老师,

1. 转化成fchk文件是不是可以打开看到chk文件里的所有信息了?还有其他作用和目的吗?

1 chk转化成fchk时会丧失一些信息,这些信息一般用处不大。转化成fch目的一方面是给Multiwfn等第三方程序使用,另一方面是为了跨平台交换数据
2 弄清楚cube是什么
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125
Multiwfn是计算格点数据最强大的工具,算完之后可导出cube文件,看Multiwfn手册4.5节的例子
与cube文件更多相关信息去sobereva.com搜索框里搜索cube、.cub
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-31 11:43:16 | 只看该作者 Only view this author
zzz 发表于 2018-1-31 09:50
sob老师,您好!我优化的结构是含汞离子的75个原子的体系,有361个电子,价态为-1,自旋多重度为2.一直出现 ...


不要写DoVacuum
把弥散都去掉,尤其是氢的弥散完全多余,这里明确说了
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

配体基组比Hg的质量明显要高,很不合理,看
谈谈赝势基组的选用
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发表于 Post on 2018-1-31 13:46:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-31 11:43
不要写DoVacuum
把弥散都去掉,尤其是氢的弥散完全多余,这里明确说了
谈谈赝势基组的选用

谢谢~配体基组用6-31G**,Hg原子用SDD基组尝试优化可以么?

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发表于 Post on 2018-1-31 14:25:40 | 只看该作者 Only view this author
zzz 发表于 2018-1-31 13:46
谢谢~配体基组用6-31G**,Hg原子用SDD基组尝试优化可以么?

sob老师,我用换成上面的基组还是出现L502错误。

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发表于 Post on 2018-1-31 15:03:46 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,氧气基态为三重态,激发态为单重态,研究激发态用DFT和用TD-DFT有什么区别?为什么不直接用DFT研究呢,也可以算优化、结构、能量、频率啊?

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zzz 发表于 2018-1-31 13:46
谢谢~配体基组用6-31G**,Hg原子用SDD基组尝试优化可以么?

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dingniu2 发表于 2018-1-31 15:03
请问老师,氧气基态为三重态,激发态为单重态,研究激发态用DFT和用TD-DFT有什么区别?为什么不直接用DFT研 ...

乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265

当然可以用DFT计算单重态氧,自旋多重度设1就完了(虽然结果不准确,专门研究氧气的激发态应当用诸如MRCI之类)
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发表于 Post on 2018-1-31 17:35:43 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,换成这个基组后,还是提示L502错误。在前面优化的基础上,选了一个结构加上SCF=QC和stable关键词再优化,提示优化结束,优化了1分钟,就给出了结果。这种情况是指优化成功了么?

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zzz 发表于 2018-1-31 17:35
sob老师,换成这个基组后,还是提示L502错误。在前面优化的基础上,选了一个结构加上SCF=QC和stable关键 ...

一分钟不可能优化完
stable甭和opt在一起用,否则你都不知道程序到底要干嘛
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发表于 Post on 2018-1-31 17:54:03 | 只看该作者 Only view this author
老师,一个反应的发生(一个反应步骤的进行)一般都经历了多个过渡态,一般认为大于21kcal/mol就不可能发生。那么21kcal/mol指的是每一步的能垒,还是反应起始的时候稳定中间体作为零点的能垒?谢谢老师!

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