计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

5881#
发表于 Post on 2018-2-5 01:00:52 | 只看该作者 Only view this author
老师,我用opt=calcall计算过渡态,最后找到了,但是当我用得到的过渡态结构作为输入文件再计算过渡态结构时没有收敛,最后还提示错误了。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5882#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 14:13:00 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-2-5 01:00
老师,我用opt=calcall计算过渡态,最后找到了,但是当我用得到的过渡态结构作为输入文件再计算过渡态结构 ...

如果计算级别改变了,按照常规方式帮助解决不收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5883#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 14:13:40 | 只看该作者 Only view this author
cpu144007 发表于 2018-2-4 14:52
问题:高斯刚性扫描
Sob老师,高斯做二面角D32(C17-C22-C29-O35)的刚性扫描时,发现只有O35在转,与C29相 ...

得自行重新调整Z矩阵的定义,使得O36参考C29来定义坐标
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5884#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 14:13:52 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-2-3 20:48
请问sob老师,用高斯扫描二面角时,和扫描键长是一样的吗?需要额外考虑其他和做其他设置吗?

一样。不需要
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5885#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 14:14:32 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2018-2-3 14:24
Sob老师,您好,我做的是氢转移反应,但是审稿人提出这可能是质子耦合电子机理,请问可以通过什么数据来确 ...

我不太晓得质子耦合电子机理。可能能通过查看H的原子电荷来分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5886#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 14:17:59 | 只看该作者 Only view this author
沽宁 发表于 2018-2-2 23:37
1.为什么使用同样的方法,同一种结构,两次计算出来的hirshfeld电荷值不同?
2.第一次我的C原子的电荷为0. ...

1、2 肯定是操作过程、关键词的问题,导致产生的波函数信息不一样

3 不同原子电荷有不同长处和缺点,偶极矩重现性差只能说此原子电荷用于描述体系与其它体系静电相互作用时候肯定不好,但不代表用于诸如考察反应位点等问题不好

4 优化正常结束了,而且没虚频就没问题。不是所有优化曲线都是单调、平滑变化的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5887#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 14:28:52 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2018-2-2 14:00
请问老师,在计算溶剂下自由能的时候是这么做的:1,在气相下优化结构,算频率,获得自由能的热力学校正量  ...

需要加
但如果是横向对比目的,前后分子数都相同,由于相减时候会抵消,可以不用考虑这项
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5888#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 14:32:39 | 只看该作者 Only view this author
hokking 发表于 2018-2-2 13:48
想请教各位老师,在文献里面看到了这样一段,一个简单的反应:

CF3X+e==CF3X-,

最近太忙,暂时没时间看文献。如果只是一个孤立体系,单纯的这个过程没有势垒。
电子附着是一瞬间的事,结构来不及变化,没法说势垒;附着之后,体系结构发生弛豫,这个过程单调下降,没有势垒
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5889#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 14:33:19 | 只看该作者 Only view this author
jackie 发表于 2018-2-1 16:34
请问一下:在MS软件中,如何把三斜晶系(α=109°,β=110°,γ=96°)处理变成四方晶系(α=β=γ=90°)?

这不属于量化问题,可以到第一性原理版发帖咨询
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5890#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 14:35:15 | 只看该作者 Only view this author
ccccn345 发表于 2018-2-1 09:11
请教老师,

在高斯中如果要获得优化后的分子坐标,除了在gview中打开输出文件这种方法外,还有其他方法 ...

可以,直接拷出来就行了。文件多的话也可以自己写程序提取
Chemcraft等程序也可以看高斯输出文件
对于fch文件,Multiwfn也可以读取,然后用主功能100的子功能2保存为各种结构文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5891#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 14:37:43 | 只看该作者 Only view this author
常永新 发表于 2018-2-1 11:38
老师 ,我们是做荧光探针方向的,文章里面用到计算化学的HOMO LUMO图,就用windows系统计算的,有时候加金 ...

对于自旋多重度>1的体系,高斯自动用非限制性方式计算,此时就会有alpha和beta两套轨道。此时HOMO和LUMO都是对alpha和beta分别来说的。如果死活非要只说一套HOMO、LUMO,就说alpha的,因为其HOMO-alpha比HOMO-beta更高
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5892#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 14:39:30 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2018-2-1 16:12
大家下午好,请问可否请教几个关于UV/PL谱校正因子的问题:
1.请问为何“在作IR或Raman光谱图时,要先 ...

1 一般振动分析都是在谐振近似下进行的,此时频率会被系统性高估,因此要乘校正因子来修正。看
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
基频频率校正因子实际效果测试
http://sobereva.com/390

2 不能。scale不影响输出的频率,只影响输出的热力学数据。基频校正因子和热力学量的校正因子也明显不同

3 可以。Multiwfn绘制光谱的界面里可以直接设校正因子
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

5893#
发表于 Post on 2018-2-5 14:53:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-5 14:13
如果计算级别改变了,按照常规方式帮助解决不收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://s ...

老师,一个过渡态结构如果收敛了,在 同样的方法和基组下,对优化后的结构再优化是不是应该很快收敛?如果两次都用calcall的选项,是不是更快?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5894#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-5 15:58:59 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-2-5 14:53
老师,一个过渡态结构如果收敛了,在 同样的方法和基组下,对优化后的结构再优化是不是应该很快收敛?如 ...


如果前后两次都用了calcall,计算级别没变,正常情况应当一步就收敛。如果并非这样,第二次优化时把步长上限改小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

1361

eV
积分
1373

Level 4 (黑子)

5895#
发表于 Post on 2018-2-5 16:03:35 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,想向老师请教一下附件里的频率计算的任务顺利收敛了且查看后没有虚频,但是用GaussView打开显示failure reading vibrational data是发生了别的错误么?得出的结果是否合理呢?

refreq.out

744.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 16:26 , Processed in 0.204965 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list