简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-31 18:05:51

lily19830130 发表于 2018-1-31 17:54
老师，一个反应的发生（一个反应步骤的进行）一般都经历了多个过渡态，一般认为大于21kcal/mol就不可能发生 ...

决速步的

ccccn345 · 发表于 Post on 2018-2-1 09:11:34

请教老师，

在高斯中如果要获得优化后的分子坐标，除了在gview中打开输出文件这种方法外，还有其他方法吗？可以直接在.log文件中获得吗？应该如何获取？

常永新 · 发表于 Post on 2018-2-1 11:38:45

老师，我们是做荧光探针方向的，文章里面用到计算化学的HOMO LUMO图，就用windows系统计算的，有时候加金属离子到分子里就会出现α和β俩条轨道，而且这俩条轨道不一样，查资料说这是开壳层分子导致的，所以在写文章时候就不知道该如何解释了。因为目前做我们这个方向的人们都只解释α轨道，我查阅了上百篇文献。所以我想知道别人算的时候有意去掉壳β轨道，还是刻意不解释呢？

安衎然 · 发表于 Post on 2018-2-1 16:12:39

大家下午好，请问可否请教几个关于UV/PL谱校正因子的问题

：
1.请问为何“在作IR或Raman光谱图时，要先把频率乘上校正因子后再做图”？（关于这部分知识我可能有所欠缺，有木有相关的文献推荐？）
2.我一般是先提取优化后的结构重新生成gjf文件再算的TD，那么能否在算TD的命令行直接加上“scale=？”？这个校正因子可以采用ZPE/H/F的校正因子吗？
3.如果在计算TD的时候没有采用scale，那么计算完成后可否直接给计算结果（GView导出的作图数据）乘上scale？

jackie · 发表于 Post on 2018-2-1 16:34:22

请问一下：在MS软件中，如何把三斜晶系(α=109°,β=110°,γ=96°)处理变成四方晶系(α=β=γ=90°)？

刘芳芳 · 发表于 Post on 2018-2-1 17:32:02

谢楼主开贴，本人想要计算配合物的磁性，选择使用orca,并且是是Windows系统，执行命令dos系统，本人主要是实验为主，课题需要想用量化解释结构与磁性数据，现在是对高斯稍有了解，对orca完全不懂，请问有什么书籍或什么途径可以系统学习一下？

yangjianfeng · 发表于 Post on 2018-2-1 20:55:01

sob 老师有什么关于旋轨耦合的文献推荐嘛最近老板让了解这方面的问题

ntrip · 发表于 Post on 2018-2-2 10:04:20

刘芳芳发表于 2018-2-1 17:32
谢楼主开贴，本人想要计算配合物的磁性，选择使用orca,并且是是Windows系统，执行命令dos系统，本人主要是 ...

量化版有orca板块里面共享的input library 我觉得不错适合入门看之后再看手册和官方加本论坛。

hokking · 发表于 Post on 2018-2-2 13:48:40

想请教各位老师，在文献里面看到了这样一段，一个简单的反应：

CF3X+e==CF3X-,

作者把CF3X与CF3X-的势能曲线交点与基态（CF3X）能量最低点的能量差值作为该反应的反应势垒，想请教下这样做是否合理？如果不合理的话应该如何计算？

1-s2.0-S2210271X11001812-main.pdf (1.4 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

chengxing545946 · 发表于 Post on 2018-2-2 14:00:18

请问老师，在计算溶剂下自由能的时候是这么做的：1，在气相下优化结构，算频率，获得自由能的热力学校正量 2.在smd模型下算单点，将1和2的结果相加得到溶剂下的自由能，得到的这个溶剂下自由能还需要加上1.89kcal/mol吗？

沽宁 · 发表于 Post on 2018-2-2 23:37:16

本帖最后由沽宁于 2018-2-3 10:40 编辑

1.为什么使用同样的方法，同一种结构，两次计算出来的hirshfeld电荷值不同？
2.第一次我的C原子的电荷为0.049398，第二次计算却变为了 0.054830，这种较差的重现性该怎么解决呢？

3.之前sober你有文章谈到hirshfeld电荷的偶极矩等难重现，但是hirshfeld电荷这样差的重现性为什么还有人在用呢？

4.我的第一个结构优化是这样的

第二个结构优化过程是这样的

但是在我的log文件中优化都是正常完成，没有虚频存在。

是我的第一个结构优化过出了问题吗？怎么解决呢？

chengxing545946 · 发表于 Post on 2018-2-3 14:24:18

Sob老师，您好，我做的是氢转移反应，但是审稿人提出这可能是质子耦合电子机理，请问可以通过什么数据来确定反应究竟是氢转移反应机理还是质子耦合电子机理呢？

刘芳芳 · 发表于 Post on 2018-2-3 16:11:25

ntrip 发表于 2018-2-2 10:04
量化版有orca板块里面共享的input library 我觉得不错适合入门看之后再看手册和官方加本论坛。

多谢指点

Theor_Comp · 发表于 Post on 2018-2-3 20:48:39

请问sob老师，用高斯扫描二面角时，和扫描键长是一样的吗？需要额外考虑其他和做其他设置吗？

cpu144007 · 发表于 Post on 2018-2-4 14:52:21

问题：高斯刚性扫描
Sob老师，高斯做二面角D32(C17-C22-C29-O35)的刚性扫描时，发现只有O35在转，与C29相连的O36没有跟着转，结果导致原子重叠。我想固定键角O35-C29-O36，结果发现该键角在Z-坐标中没有定义。请问这个问题要怎么解决？

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