计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

53

帖子

0

威望

169

eV
积分
222

Level 3 能力者

5926#
发表于 Post on 2018-2-11 17:17:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-11 05:47
如果是指这个层面的solvent cage effects
https://en.wikipedia.org/wiki/Cage_effect
那么不是在量化 ...

1. 老师,我仔细的看了您发的Cage effect。我理解的意思是:在SMD模型下计算一个分子G值的时候,量化计算中只是考虑了溶剂对该分子的作用
但是在计算k这个层面的时候,还要根据实际情况,考虑溶剂的笼效应对反应的影响。这个部分量化计算不能体现,而是在计算k中体现的,对吗?
2. 对双分子反应来说,若发生的是加成反应或者形成了过渡态,那么笼效应会使能垒降低2.55kcal/mol,这是因为笼效应减少了熵的损失。(Journal of Computational Chemistry 2013, 34, 2430–2445)那么对于单电子转移反应来说,是不是就不用考虑笼效应的问题了?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5927#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-11 17:40:44 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2018-2-11 17:17
1. 老师,我仔细的看了您发的Cage effect。我理解的意思是:在SMD模型下计算一个分子G值的时候,量化计算 ...


1 对
2 是
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

559

帖子

0

威望

6218

eV
积分
6777

Level 6 (一方通行)

5928#
发表于 Post on 2018-2-11 22:40:55 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,优化后的结构为一个平面环上方有一个金属原子体系,如何方便地量取金属原子到平面环的垂直距离?

53

帖子

0

威望

169

eV
积分
222

Level 3 能力者

5929#
发表于 Post on 2018-2-11 23:01:25 | 只看该作者 Only view this author

好的,明白了,非常感谢老师!感谢感谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5930#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-11 23:09:57 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2018-2-11 22:40
请问老师,优化后的结构为一个平面环上方有一个金属原子体系,如何方便地量取金属原子到平面环的垂直距离?

http://sobereva.com/178
用此文里的protoplane程序
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

113

帖子

0

威望

271

eV
积分
384

Level 3 能力者

5931#
发表于 Post on 2018-2-15 23:00:10 | 只看该作者 Only view this author
老师,春节快乐!除夕之夜发现个问题,同一个gjf文件在不同的电脑上计算,怎么一个收敛了,另一个没有收敛?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5932#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-15 23:02:51 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-2-15 23:00
老师,春节快乐!除夕之夜发现个问题,同一个gjf文件在不同的电脑上计算,怎么一个收敛了,另一个没有收敛 ...

可能因素很多,特别是程序版本、编译条件,得详细对比
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

113

帖子

0

威望

271

eV
积分
384

Level 3 能力者

5933#
发表于 Post on 2018-2-16 12:05:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-15 23:02
可能因素很多,特别是程序版本、编译条件,得详细对比

老师,我对比了一下。计算时的核数不一样,一个8核,一个12核。版本是一样的。刚开始每一步的坐标都一样,逐渐小数点最后一位就有区别了。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5934#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-16 23:57:15 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2018-2-16 12:05
老师,我对比了一下。计算时的核数不一样,一个8核,一个12核。版本是一样的。刚开始每一步的坐标都一样 ...

对于优化,特别是大体系,很容易有这种问题,正常情况。见
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

5935#
发表于 Post on 2018-2-19 19:57:32 | 只看该作者 Only view this author
老师,进行irc计算时,如果把步长减小后,增大步长的数量(maxpoints),发现反应路径走不了多远还是停止了(和步长大相比)。由于我想看看过渡态两侧的中间体,请问如何让irc的反应路径走的更长一点?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5936#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-19 23:59:26 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-2-19 19:57
老师,进行irc计算时,如果把步长减小后,增大步长的数量(maxpoints),发现反应路径走不了多远还是停止了 ...

越小的步长越容易走几步就停,这里提了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
想走长直接加大maxpoints就完了,减小步长一方面没必要,一方面还容易走几步就停
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

54

帖子

0

威望

354

eV
积分
408

Level 3 能力者

5937#
发表于 Post on 2018-2-21 10:48:31 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请教几个问题。
一个分子断键生成两个片段,这个过程是不是有的反应有过渡态,有的反应没有过渡态(断键后的能量一直上升)直接变成两个片段分子。
如果一个分子异裂为一个正离子和负离子,用DFT方法怎么设置计算?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5938#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-21 13:27:09 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2018-2-21 10:48
sob老师,请教几个问题。
一个分子断键生成两个片段,这个过程是不是有的反应有过渡态,有的反应没有过渡 ...


没有什么特殊的,该怎么算还怎么算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

95

帖子

0

威望

237

eV
积分
332

Level 3 能力者

5939#
发表于 Post on 2018-2-21 15:47:00 | 只看该作者 Only view this author
老师这个问题之前问过,还是有点疑问。分子A 和催化剂C反应,第一步脱去一分子水,同时生成分子B;然后新的分子B和催化剂C继续反应,请问第一步生成完水分子,和第二步之间(A和B之间)不再走IRC了?第二步(B点)的过渡态是第二步反应的第一个过渡态吗?如图所示:

2222.jpg (19 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

2222.jpg

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5940#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-22 03:10:02 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2018-2-21 15:47
老师这个问题之前问过,还是有点疑问。分子A 和催化剂C反应,第一步脱去一分子水,同时生成分子B;然后新的 ...

你的图和你的描述不一样啊
第一步对应一个IRC,第二步也对应一个IRC
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 16:31 , Processed in 0.188035 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list