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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-2-28 02:47:42 | 只看该作者 Only view this author
老师好,最近有一些工作涉及到同位素,网上看了一些,觉得还是有一些疑惑:

1. 请问在高斯中计算同位素该如何实现,以D为例
   是仅仅修改原子符号:H(iso=2)就可以,还是命令行里面还需要加关键词。
2. 同位素计算在优化过程中对构型中有影响吗,对能量有影响吗,还是只对频率计算有影响。

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-28 08:03:07 | 只看该作者 Only view this author
不取俗名 发表于 2018-2-28 02:47
老师好,最近有一些工作涉及到同位素,网上看了一些,觉得还是有一些疑惑:

1. 请问在高斯中计算同位素 ...


1 就是这么设定
2 结构优化和能量计算根本不涉及到原子核质量,显然不受到影响
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-2-28 11:07:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我找到一个过渡态后,做IRC,拿到端点优化后,得到的了反应物,并没有得到中间体,我续算IRC也是直接得到的反应物。但是感觉上应该是有中间体的,并且我真的找到了这个中间体,可是我反应物和这个中间体的过渡态我没找到。我不确定是不是如果做出来的IRC对应了反应物,那就肯定是没有中间体的了呢?(我并没有加大步长)   我上传反应物和过渡态态,以及IRC和找到的一个中间体,希望能得到您的指点,万分感谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-28 11:10:43 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-2-28 11:07
sob老师您好,我找到一个过渡态后,做IRC,拿到端点优化后,得到的了反应物,并没有得到中间体,我续算IRC ...

作为单独的帖子发出来吧,可能有别人会回答,我暂时实在没时间看
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-2-28 12:01:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-28 08:03
1 就是这么设定
2 结构优化和能量计算根本不涉及到原子核质量,显然不受到影响

谢谢老师解答

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发表于 Post on 2018-2-28 14:15:50 | 只看该作者 Only view this author
请问用CCSD 优化过渡态,一开始报错没有二阶导数,加上calchffc后能优化了,这样的话是说虽然是用CCSD方法算的,但力常数确是HF水平,是吗?这样的计算的结果精确度如何呢?

输入文件:#p opt=(ts,calchffc) freq ccsd/aug-cc-pvdz

关于这部分知识该怎么弥补呢?

谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-28 16:39:03 | 只看该作者 Only view this author
一直在路上 发表于 2018-2-28 14:15
请问用CCSD 优化过渡态,一开始报错没有二阶导数,加上calchffc后能优化了,这样的话是说虽然是用CCSD方法 ...

也不能说是HF的水平,只不过初始的Hessian矩阵是HF水平,在优化过程中Hessian不断被校正。
之后的freq任务,是通过有限差分计算的CCSD级别的Hessian
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发表于 Post on 2018-3-1 00:47:54 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我在使用混合基组进行计算的时,遇到了这样的情况:定义赝势基组后定义赝势,报错Atomic number out of range in MkApno;去掉定义赝势,计算能正常结束。请问这是不需要定义赝势的情况吗?Gaussian版本是D.01。带有定义赝势的输入文件以及报错相关信息如下:
  1. %chk=D:\Gaussian\EuH2.chk
  2. # m062x/gen genecp

  3. Title Card Required

  4. 0 2
  5. Eu                -1.36436593   -0.08828250    0.00000000
  6. H                  0.78563407   -0.08828250    0.00000000
  7. H                 -3.51436593   -0.08828250    0.00000000

  8. H
  9. 3-21g
  10. ****
  11. Eu
  12. SDD
  13. ****

  14. Eu
  15. SDD


复制代码

  1. Standard basis: CBSB5 (5D, 7F)
  2. Atomic number out of range in MkApno.
  3. Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l301.exe at Thu Mar 01 00:38:55 2018.
复制代码

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-1 08:30:35 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-3-1 00:47
Sob老师,我在使用混合基组进行计算的时,遇到了这样的情况:定义赝势基组后定义赝势,报错Atomic number o ...

gen和genecp不能同时写,重复了
只写genecp就完了

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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发表于 Post on 2018-3-1 10:54:32 | 只看该作者 Only view this author
老师想问下用Gaussian比较同一个分子中不同位置的正电性应该怎么计算?是用什么电荷计算好?

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发表于 Post on 2018-3-1 12:48:20 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我用Gaussian算一个有21个原子的SiO2体系,做opt+Freq时,计算路径为#p opt=(tight,calcfc) int=ultrafine B3LYP/6-311G* EmpiricalDispersion=GD3(BJ).
做sp计算时,基组选择def2TZVP,但理论方法不知选哪个才好,通过看sob老师的博文,我筛选出几个方法,B2PLYP、M06-2X、B3LYP、CCSD(T).
用什么方法比较好呢?(我是非化学专业,比较外行,对于老师博文里的一些术语不是很明白,还请老师帮忙看一下)。听说ORCA计算比Gaussian快,是不是用PWPB95更好呢?计算路径先写为:#p CCSD(t,full) def2tzvp int=ultrafine scf=(novaracc,noincfock,xqc)  EmpiricalDispersion=GD3(BJ).但是一提交任务就报错,说输入有问题,不知道是怎么回事。下面上传了输入文件和输出文件,请老师帮忙看看。

sp.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-1 13:25:42 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2018-3-1 10:54
老师想问下用Gaussian比较同一个分子中不同位置的正电性应该怎么计算?是用什么电荷计算好?

考察分子表面静电势
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253

用原子电荷也可以,但相对来说更间接。用ADCH或者CHELPG电荷
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-1 13:49:21 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-3-1 12:48
老师好,我用Gaussian算一个有21个原子的SiO2体系,做opt+Freq时,计算路径为#p opt=(tight,calcfc) int=ul ...


用B3LYP-D3(BJ)优化时用tight、ultrafine都是完全多余的,徒增计算耗时。除非用的版本>= G09 E.01,否则优化不要用BJ阻尼。

单点用B3LYP没问题,更好点就用B2PLYP-D3。CCSD(T)不可能做得动

对这个体系用不着考虑ORCA,还会有更多麻烦

CCSD(T)显然不可能结合D3,而且根本不涉及到泛函的格点积分,写ultrafine毫无意义
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发表于 Post on 2018-3-1 14:59:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 函数与激情 于 2018-3-1 15:12 编辑

Sob老师您好,我用oniom模型优化一个大分子S1态(160原子)收敛情况如下,其中最大受力没达到收敛限,却是优化过程中的最小值了,后续计算开始震荡。请问老师有较好的建议使其收敛吗?
  1. <blockquote>         Item               Value     Threshold  Converged?
复制代码

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-1 15:11:22 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2018-3-1 14:59
Sob老师您好,我用oniom模型优化一个大分子S1态(160原子)收敛情况如下,其中最大受力没达到收敛限,却是优 ...

减小步长上限

或者直接当成已收敛。对于大体系,收敛成这样一般也够了
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