计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

95

帖子

0

威望

237

eV
积分
332

Level 3 能力者

5941#
发表于 Post on 2018-2-22 08:47:50 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2018-2-21 15:47
老师这个问题之前问过,还是有点疑问。分子A 和催化剂C反应,第一步脱去一分子水,同时生成分子B;然后新的 ...

应该说反应由两个阶段组成,第一阶段脱去一分子水,第二阶段催化剂要继续催化反应。每个阶段的过渡态都对应两个中间体(能量相关的反应历程图应该是中间体、过渡态、中间体、过渡态......),但是第一和第二阶段之间感觉无法连接,第一阶段结束是中间体,第二阶段反应开始也应该是中间体,两个中间体怎么在图上连接?老师,不知道这次说清楚没?

28

帖子

0

威望

79

eV
积分
107

Level 2 能力者

5942#
发表于 Post on 2018-2-24 09:45:37 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好~在优化结构的时候计算了3天,提示L301错误。
输出文件如下:Polarizable Continuum Model (PCM)
=================================
Model                : PCM.
Atomic radii         : SMD-Coulomb.
Polarization charges : Total charges.
Charge compensation  : None.
Solution method      : Matrix inversion.
Cavity type          : VdW (van der Waals Surface) (Alpha=1.000).
Cavity algorithm     : GePol (No added spheres)
                        Default sphere list used, NSphG=   75.
                        Lebedev-Laikov grids with approx.  5.0 points / Ang**2.
                        Smoothing algorithm: Karplus/York (Gamma=1.0000).
                        Polarization charges: spherical gaussians, with
                                              point-specific exponents (IZeta= 3).
                        Self-potential: point-specific (ISelfS= 7).
                        Self-field    : sphere-specific E.n sum rule (ISelfD= 2).
1st derivatives      : Analytical E(r).r(x)/FMM algorithm (CHGder, D1EAlg=3).
                        Cavity 1st derivative terms included.
Solvent              : Water, Eps=  78.355300 Eps(inf)=   1.777849
------------------------------------------------------------------------------
Consistency failure #1 in Separa.
Error termination via Lnk1e in /opt/g09/l301.exe at Fri Feb 23 22:02:26 2018.
请问老师这个提示是什么错误?我未查到相关资料。解决的办法有哪些?辛苦sob老师了~谢谢您

28

帖子

0

威望

79

eV
积分
107

Level 2 能力者

5943#
发表于 Post on 2018-2-24 09:49:49 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,提问L301错误的,输入文件是:
%nprocshared=18
%chk=1a8e_Hg1-139-97.chk
%mem=16GB
#p opt=cartesian pseudo=read b3lyp/gen scrf=(solvent=water,smd,dovacuum) int(grid=ultrafine)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5944#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-24 15:50:16 | 只看该作者 Only view this author
zzz 发表于 2018-2-24 09:49
sob老师,提问L301错误的,输入文件是:
%nprocshared=18
%chk=1a8e_Hg1-139-97.chk

甭写dovacuum。要算溶解自由能看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

没特殊情况甭用ultrafine
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5945#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-24 15:51:26 | 只看该作者 Only view this author
zzz 发表于 2018-2-24 09:45
老师,您好~在优化结构的时候计算了3天,提示L301错误。
输出文件如下:Polarizable Continuum Model (PCM ...

光从这上看不出来
至少贴关键词,或者把输出文件压缩后上传(超过2MB的话传到网盘上)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5946#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-24 15:53:27 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2018-2-22 08:47
应该说反应由两个阶段组成,第一阶段脱去一分子水,第二阶段催化剂要继续催化反应。每个阶段的过渡态都对 ...


反应1的产物和反应2的反应物,即同一个中间体,在能量图上的位置应当相同
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

58

帖子

0

威望

3503

eV
积分
3561

Level 5 (御坂)

5947#
发表于 Post on 2018-2-24 18:12:24 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,关于轨道定域化的应用范围,请问下述的结论对吗?谢谢老师。
1. LMO通常用于成键以及体系电子结构分析,其他问题诸如通过前线分子轨道理论预测反应位点,分析片段对前线轨道的贡献等,不需要做LMO
2. 如果体系的轨道本身定域性就比较好,能够进行分析,得到恰当的结果,也可以不做LMO
3. 在研究成键以及体系电子结构时,LMO更易于分析,结果更合理,因此在MO于LMO之间,更倾向于LMO

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5948#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-24 19:22:38 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-2-24 18:12
Sob老师,关于轨道定域化的应用范围,请问下述的结论对吗?谢谢老师。
1. LMO通常用于成键以及体系电子结 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

28

帖子

0

威望

79

eV
积分
107

Level 2 能力者

5949#
发表于 Post on 2018-2-25 13:16:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-24 15:51
光从这上看不出来
至少贴关键词,或者把输出文件压缩后上传(超过2MB的话传到网盘上)

sob老师,我将输入文件和输出文件上传至网盘了。链接: https://pan.baidu.com/s/1kWhYzvL 密码: 7q5u
您帮我看一下,问题出在哪里?谢谢您~

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5950#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-25 14:07:52 | 只看该作者 Only view this author
zzz 发表于 2018-2-25 13:16
sob老师,我将输入文件和输出文件上传至网盘了。链接: https://pan.baidu.com/s/1kWhYzvL 密码: 7q5u
您 ...


去掉dovacuum(以后再也别用这个),尝试换>=D.01版本

PS: Hg的基组太烂,不应低于SDD
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

28

帖子

0

威望

79

eV
积分
107

Level 2 能力者

5951#
发表于 Post on 2018-2-26 00:24:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-25 14:07
去掉dovacuum(以后再也别用这个),尝试换>=D.01版本

PS: Hg的基组太烂,不应低于SDD

好的,谢谢sob老师,和版本有关系?

53

帖子

0

威望

169

eV
积分
222

Level 3 能力者

5952#
发表于 Post on 2018-2-26 18:24:17 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,请问Eckart方法考虑的隧道效应校正因子,KiSThelP计算双分子反应,其隧道效应值为500多,理论上来讲隧道效应校正因子对反应速率的影响有这么大吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5953#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-27 06:48:52 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2018-2-26 18:24
老师,您好,请问Eckart方法考虑的隧道效应校正因子,KiSThelP计算双分子反应,其隧道效应值为500多,理论 ...

和具体条件有关。你也可以用这个表格里用truhlar方法算算kappa,比较一下以验证合理性(truhlar方法也是很准确的)

基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

95

帖子

0

威望

237

eV
积分
332

Level 3 能力者

5954#
发表于 Post on 2018-2-27 09:49:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-24 15:53
反应1的产物和反应2的反应物,即同一个中间体,在能量图上的位置应当相同

老师,在一个反应阶段内是这样。我的反应有两个阶段(都有催化剂催化作用),第一阶段脱去一分子水,第二阶段继续反应。问题是第一和第二阶段如何衔接?第一阶段的最后一个点是中间体(包括水分子),后一阶段的反应没有水分子了,第一个点也是中间体,这两个点之间怎么连接,也需要找过渡态吗?谢谢老师的耐心解答!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125208

管理员

公社社长

5955#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-27 15:40:34 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2018-2-27 09:49
老师,在一个反应阶段内是这样。我的反应有两个阶段(都有催化剂催化作用),第一阶段脱去一分子水,第二 ...


就是第一阶段产物复合物过程解离过程,这个过程一般没有过渡态。可以在反应路径图上再多一个横杠,其能量比产物复合物高出来的那点就是复合物解离过程的能量变化。然后以这个横杠位置作为下一阶段的反应物横杠位置。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 16:31 , Processed in 0.209423 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list