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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-5-31 21:36:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-31 17:48
用原子电荷讨论尝试了么?

用了pop=nbo 算出的输出文件 里面的Natural Charge和文中数据对不上,应该是我不会算NAO。十分汗颜,我并不清楚如何计算文中所说的NAO。
我计算了其他种类电荷 没有规律。
如果想计算文章里面的NAO 我该如何操作,老师可以指点一下吗?比如看手册的哪一章节
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-31 21:41:45 | 只看该作者 Only view this author
上世纪的童话 发表于 2018-5-31 19:24
想请教下老师 高斯计算H的同位素D时,下面输入文件需要怎么改正?
%chk=2.chk
#p opt b3lyp/genecp Freq=R ...

别写ReadIsotopes,你写了(iso=x)就已经够了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-31 21:42:57 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-5-31 21:07
老师,使用sobMECP的时候执行到最后一步,./runMECP.sh,发现以下错误:
ProgFile Exists - OK
First Input ...

原因不好说
仔细对比你的输入文件和我示例输入文件的差异
还找不到原因就仔细调试源代码
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-31 21:44:00 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-5-31 21:36
用了pop=nbo 算出的输出文件 里面的Natural Charge和文中数据对不上,应该是我不会算NAO。十分汗颜,我并 ...


NAO不是指NPA电荷,而是指NAO轨道能量,pop=NPA的输出文件里就能找到
那文章不是我算的,我建议还是考虑用原子电荷来讨论
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发表于 Post on 2018-5-31 22:30:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-31 21:41
别写ReadIsotopes,你写了(iso=x)就已经够了

恩恩 可以了  太感谢老师啦啦啦

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发表于 Post on 2018-6-1 08:43:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2018-6-1 18:22 编辑

老师,前面的问题解决了。是在复制粘贴完windows和linux文件格式的问题。使用dos2unix命令解决了(vi环境下看不到^M).在寻找MECP过程中,如果在某一步寻找错误,是不是只有换坐标继续寻找这一种方法?还有计算完的每一个结果都可以保存吗?(下一个计算的时候会不会把上一个覆盖)或者说能多任务执行吗?

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发表于 Post on 2018-6-1 15:20:57 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-6-1 08:43
老师,在寻找MECP过程中,在生成的runMECP.sh脚本中显示@ natom = 21,但是实际上原子个数是20个。这个错误 ...

你是用的新新版本的sob-MECP么

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发表于 Post on 2018-6-1 15:32:33 | 只看该作者 Only view this author
老师,我现在是用gaussian09计算一个金属配合物的BDE,解离后的片段是自由基,以上是前言。
优化是在B3LYP/6-31G**/SDD做的
1.现在打算做高级别的单点DSDPBEP86-D3(BJ)/def2SVP/MWB60计算自由基金属片段,基组和方法选得可以么?
2.ECP-60-MWB就是MWB60么,还有就是老师推荐的DSD-PBEhB95-D3(BJ)在高斯中怎么用哦?看老师的文章说必须改代码。借用别人的G16也是搞不好,还请老师指教。

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发表于 Post on 2018-6-1 23:21:52 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,含有N体系的优化用的6-311+G(d,p)基组单点能的话用jun-cc-PVTZ还是jul-cc-PVTZ比较好呢?jul-cc-PVTZ算的有些吃力,如果换用jun-cc-PVTZ会不会耗时稍微小点。jun-cc-pVnZ是将jul-cc-pVnZ的重元素的角动量最高的弥散函数砍掉,对于含N元素的体系来说也可稍微降低么?谢谢老师啦
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2018-6-1 23:26:13 | 只看该作者 Only view this author
大家晚上好!请问附件结果文件中“Bad file opened by FileIO:  Unit=1 NFiles=         0 MaxFFi=     10000.FileIO: IOper= 9 IFilNo(1)=     1 Len=           0 IPos=           0 Q=          5935696
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.”是什么错误?(按其gjf文件中的参数设置已成功优化其他七个染料分子,但不知道为什么这第八个分子一提交优化计算就出现这个错误)

D8.gjf

4.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

D8.log

4.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-2 00:26:18 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2018-6-1 23:26
大家晚上好!请问附件结果文件中“Bad file opened by FileIO:  Unit=1 NFiles=         0 MaxFFi=     100 ...

去掉rwf的分割设置
此文专门提了
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
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QuantumHan 发表于 2018-6-1 23:21
请问Sob老师,含有N体系的优化用的6-311+G(d,p)基组单点能的话用jun-cc-PVTZ还是jul-cc-PVTZ比较好呢?ju ...

jun比jul耗时小多了
说用什么基组的时候一定要说明用什么理论方法,高角动量弥散函数的影响,对于后HF明显要高于DFT
对于DFT,jun-cc-pVTZ已经完全绰绰有余
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-2 00:29:27 | 只看该作者 Only view this author
柒月小鱼 发表于 2018-6-1 15:32
老师,我现在是用gaussian09计算一个金属配合物的BDE,解离后的片段是自由基,以上是前言。
优化是在B3LYP ...

没法用DSD-PBEhB95-D3(BJ)。也没有证据证明DSD-PBEhB95-D3(BJ)的普适性好,甭用这个

DSDPBEP86-D3(BJ)的表现不稳定,时好时差,如果有G09的版权,就用B2PLYP-D3就完了
基组没问题
MWB60就是SDD的一种,这里说了
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

对于Stuttgart赝势,ECP-60-MWB和MWB60一码事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-2 00:31:28 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2018-6-1 08:43
老师,前面的问题解决了。是在复制粘贴完windows和linux文件格式的问题。使用dos2unix命令解决了(vi环境下 ...


主要能解决的也就是换初始坐标了,SobMECP里面对于优化算法上没有什么可控余地

自己写脚本,每次算完一个,自动把所有文件挪到单独建立的文件夹里,就不会互相覆盖
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发表于 Post on 2018-6-2 09:43:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-2 00:27
jun比jul耗时小多了
说用什么基组的时候一定要说明用什么理论方法,高角动量弥散函数的影响,对于后HF ...

谢谢老师,是后HF计算,体系不算大,15个原子,CCSD(T)/jul-cc-PVTZ明显算的很吃力,不知道该不该换用jun-cc-PVTZ计算单点能呢?
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