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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-28 17:35:25 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2018-5-28 12:09
您好。我用sobMECP找交叉点时,runfirst.sh执行没有问题,但runMECP.sh运行出错。test里的例子也无法运行, ...

如果已经调用了Gaussian运算了,看看产生的临时的.out文件里有没有异常
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-5-28 18:33:17 | 只看该作者 Only view this author
老师,脱去小分子的消去反应,小分子和复合物之间的键级为多少,小分子内部原子之间的键级为多少,一般就认为,小分子形成。有没有标准?我的反应中脱去氢气,氢原子之间的键级是0.54,氢气分子中的氢原子和催化剂中的原子之间的键级为0.4。不知道这样是不是可以认为氢气形成了?

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发表于 Post on 2018-5-28 19:51:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-28 17:35
如果已经调用了Gaussian运算了,看看产生的临时的.out文件里有没有异常

仅仅是将runfirst产生的gjf和log文件移动到了JOBS里,没有产生新的运算。

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发表于 Post on 2018-5-28 21:11:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-28 17:35
如果已经调用了Gaussian运算了,看看产生的临时的.out文件里有没有异常

我发现test里的文件如果在运行完runfirst.sh后执行chmod 777 *之后就可以了(必须是777);但我的文件还是不行。附件是我的任务文件。 Input_Header_B (127 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1) Input_Header_A (136 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

Input_Tail (120 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1) geom (2.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)


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发表于 Post on 2018-5-28 21:39:53 | 只看该作者 Only view this author
老师,我对这分解图两种情况分别计算了BDE,表明下面的成为两个自由基(配位的N的电荷还是全部分给N)片段电荷多重度分别为02,但是opt结构变形很大,这里是包含了变形能的)的BDE更小,为5eV,我们取这一种计算使用的BDE
而上面的对于上面的那种,BDE为10eV,是更难这样解离得到的,但是对于质谱图,考虑打质谱时给的能量很大,这只是给了我们分子具体在哪里分解的信息,不能认为就是两个片段的带电情况
我这样理解可以么

分解.png (10.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

分解.png

质谱.png (7.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

质谱.png

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发表于 Post on 2018-5-28 22:20:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-28 17:33
http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
里面有详细讨论

好的,我仔细看看,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-29 00:36:09 | 只看该作者 Only view this author
柒月小鱼 发表于 2018-5-28 21:39
老师,我对这分解图两种情况分别计算了BDE,表明下面的成为两个自由基(配位的N的电荷还是全部分给N)片段 ...

如果不是为了解释质谱什么的,就按你说的按照断裂成俩自由基的状况计算BDE就行了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-29 00:36:32 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2018-5-28 18:33
老师,脱去小分子的消去反应,小分子和复合物之间的键级为多少,小分子内部原子之间的键级为多少,一般就认 ...

参考
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414
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Accelerator 发表于 2018-5-28 21:11
我发现test里的文件如果在运行完runfirst.sh后执行chmod 777 *之后就可以了(必须是777);但我的文件还 ...

现在我也不太方便测试,主要就是看看自动产生的.gjf文件格式有无问题、是否满足规范,直接手动跑能不能跑,如果确实sobMECP调用了高斯跑了,但是失败了,再看看输出文件
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发表于 Post on 2018-5-29 09:00:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-29 00:38
现在我也不太方便测试,主要就是看看自动产生的.gjf文件格式有无问题、是否满足规范,直接手动跑能不能跑 ...

并没有能成功调用Gaussian...
还有一个问题 找单重态和三重态的MECP时是否需要让单重态采用自旋极化的波函数?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-29 09:03:52 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2018-5-29 09:00
并没有能成功调用Gaussian...
还有一个问题 找单重态和三重态的MECP时是否需要让单重态采用自旋极化的波 ...

那就看看高斯输入文件生成没有
如果文件都有了,没调用成高斯,再检查检查脚本里的调用语句看是否和实际相符
不在现场很难调试

不用
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发表于 Post on 2018-5-29 09:05:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-29 00:36
如果不是为了解释质谱什么的,就按你说的按照断裂成俩自由基的状况计算BDE就行了。

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2018-5-29 09:15:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-29 09:03
那就看看高斯输入文件生成没有
如果文件都有了,没调用成高斯,再检查检查脚本里的调用语句看是否和实际 ...

为什么不需要自旋极化波函数呢?即使使用的闭壳层单重态波函数不稳定也没有关系吗
ps MECP并不是势能面在全部自由度下的极小值点,所以如果要求MECP的自由能的话频率计算要怎么办呢?ORCA的SurfCrossNumFreq可以吗

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发表于 Post on 2018-5-29 09:43:17 | 只看该作者 Only view this author
sob老师你好
两个分子形成氢键后,再与另外一个分子碰撞发生反应,这是三分子碰撞还是两分子碰撞呢?并且这个氢键较弱。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-29 10:06:48 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2018-5-29 09:15
为什么不需要自旋极化波函数呢?即使使用的闭壳层单重态波函数不稳定也没有关系吗
ps MECP并不是势能面 ...


如果闭壳层单重态不稳定就应当用非限制性计算自旋极化状态

没法对MECP求一般意义的自由能
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