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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-29 10:09:15 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2018-5-29 09:43
sob老师你好
两个分子形成氢键后,再与另外一个分子碰撞发生反应,这是三分子碰撞还是两分子碰撞呢?并且 ...

两分子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-5-29 10:52:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jackieiii 于 2018-5-29 10:57 编辑

卢老师,你好,想请教一点关于irc的问题。
我做了一个反应,找到了过渡态,但是并不能确定这个过渡态就是连接我的反应物和产物的,所以想做irc,但是irc跑的一直不是很如意,按照你的帖子(https://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html)我看了一下,发现和我的irc产生的现象对不上,所以就很困惑,有以下2点疑问:
1.是不是所有的过渡态都对应着一个irc路径呢?(尽管不是我所需要的连接着反应物和产物的irc)
2.我跑出来的只有2个点,直接垂直向下了,用的#p irc=(maxpoints=30,calcfc,forward) freq b3lyp/6-31g(d,p),如下图,您能帮我看看是什么原因吗?

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发表于 Post on 2018-5-29 11:01:31 | 只看该作者 Only view this author

高斯做反应机理的相关问题

各位大神大家好,我想咨询一下,我之前在展示我的结果的时候被问到一个问题,我使用的高斯做坐反应机理的,中间找到过渡态,我认为我找到的这个过渡态就是我这一步反应的中间体,那么我怎么证明我找到的这个过渡态就确定是这个反应的中间物呢。我的回答是看能垒,可老师说我没有听懂他的问题,我确实也不太懂,请老师帮我指点一下,谢谢。

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发表于 Post on 2018-5-29 15:49:58 | 只看该作者 Only view this author
老师 请问DALTON计算软件中双光子吸收截面sigma的单位是a.u,那么怎么换算成GM呢?

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发表于 Post on 2018-5-29 16:23:52 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,我用Multiwfn计算自旋密度,采用您博文说的方法产生.cub文件。我输入进去的fchk文件都是显示的自己设定好的正一价三重态或者五重态,但是最终生成的.cub文件里却都是显示的中性二重态。想问您一下,这种情况正常吗,产生的.cub文件可以正常使用吗?

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发表于 Post on 2018-5-29 17:03:25 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我有个问题想请教您一下:
两篇不同文章可以采用部分相同的理论结果吗?
比如我优化得到了一个纯石墨烯片段的模型,A文章研究的是金属原子掺杂对其性质的影响,B文章的则是无金属掺杂及气体在其吸附的研究(只是随便举例)。A与B文章研究的是不同的东西,但是其都会用到纯石墨烯优化模型的结果,如能量,电荷分布,HOMO/LUMO轨道等用于对比。
这种情况下,是可以直接采用同一个结果,还是应该对石墨烯结构微调后重新优化计算确保A与B文章完全不重复呢?
谢谢老师!
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发表于 Post on 2018-5-29 18:01:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-29 10:06
如果闭壳层单重态不稳定就应当用非限制性计算自旋极化状态

没法对MECP求一般意义的自由能

破案了。是因为我的geom文件是用Sublime Text编辑的,因此是以UTF-8编码保存的。改用记事本以ASCII保存就正常了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-29 19:08:04 | 只看该作者 Only view this author
iris-hu 发表于 2018-5-29 11:01
各位大神大家好,我想咨询一下,我之前在展示我的结果的时候被问到一个问题,我使用的高斯做坐反应机理的, ...

过渡态和中间体完全是两码事
过渡态是势能面一阶鞍点,中间体是极小点
如果你问你找到的过渡态是否是对应于自己反应的过渡态,走个IRC一看就清楚了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-29 19:08:53 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2018-5-29 17:03
Sob老师,我有个问题想请教您一下:
两篇不同文章可以采用部分相同的理论结果吗?
比如我优化得到了一个 ...

这样的重复没关系

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Jameslzy 发表于 2018-5-29 16:23
Sob老师好,我用Multiwfn计算自旋密度,采用您博文说的方法产生.cub文件。我输入进去的fchk文件都是显示的 ...

“.cub文件里却都是显示的中性二重态”我不知道你具体怎么看的,怎么判断出来是这样的
诸如载入fch时候,屏幕上提示了体系是3重态,那么计算自旋密度的格点数据后,屏幕上输出的积分值应当比较接近2.0(alpha比beta电子多两个)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-29 19:10:57 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2018-5-29 15:49
老师 请问DALTON计算软件中双光子吸收截面sigma的单位是a.u,那么怎么换算成GM呢?

没留意过,不大清楚
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-29 19:16:33 | 只看该作者 Only view this author
jackieiii 发表于 2018-5-29 10:52
卢老师,你好,想请教一点关于irc的问题。
我做了一个反应,找到了过渡态,但是并不能确定这个过渡态就是 ...

1 是

2 IRC别和freq一起用。而且要确保IRC已经正常结束了
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发表于 Post on 2018-5-29 21:13:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-4-1 17:42
用自由能比较
一般意义的稳定性(比如考察哪种分布比例最大)用整体自由能比较,如果只是考察对解离而 ...

sob老师好,图中所示是其中一个优化好的AB复合物构型,如果算结合自由能的话,想要得到片段A(B)的自由能是不是要在复合物结构中分别提取A、B结构再重新计算优化和能量呢?

1.jpg (30.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

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发表于 Post on 2018-5-29 21:18:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-29 19:16
1 是

2 IRC别和freq一起用。而且要确保IRC已经正常结束了

好的,卢老师,我按照你的提示,然后再去做了一下irc,可以正常结束,但是,这个点就是现在这样子2个点就结束了,这是为什么呢?

irc_forward100.png (44.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

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发表于 Post on 2018-5-29 23:38:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-29 19:10
“.cub文件里却都是显示的中性二重态”我不知道你具体怎么看的,怎么判断出来是这样的
诸如载入fch时候 ...

老师,我看了一下,在载入fch时候,计算的积分值是没有问题的。三重态的接近2.0,五重态的接近4.0。而在用Gaussview 打开cub文件,想看自旋密度分布的时候,屏幕左下角会显示 neutral, doublet。感觉被Gaussview认成了中性二重态,想问您一下这样影响这个文件的使用吗?

本版积分规则 Credits rule

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