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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-5-30 23:52:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-30 18:13
可以都算pka
嫌麻烦的话也可以用波函数分析方法讨论,见Journal of Computational Chemistry 2018, 39,  ...

老师可以提示一下 文中的MEP和NAO的计算方法吗?文中的NAO和natural atomic orbital是同一个东西吗
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-31 04:14:52 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-5-30 23:52
老师可以提示一下 文中的MEP和NAO的计算方法吗?文中的NAO和natural atomic orbital是同一个东西吗

MEP就是原子核位置的静电势,但是扣除这个原子核的贡献
Multiwfn的自定义函数39可以实现这个,看手册2.7节的说明

是一个东西
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2018-5-31 09:05:23 | 只看该作者 Only view this author
[quote][url=forum.php?mod=redirect

请问老师得用CASSCF方法处理么,还是一般的DFT就可以呢?
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2018-5-31 09:28:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-30 23:18
linear bend,看Gaussian手册opt关键词部分的说明
用户没必要管它

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-5-31 11:03:08 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,tddft理论上是只可以做闭壳层吗,二重态的体系tddft的结果可信度高吗?谢谢您

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发表于 Post on 2018-5-31 13:49:25 | 只看该作者 Only view this author
老师。orca转出的molden文件绘制电子密度差图,会存在类似高斯那种因为利用了对称性导致结果有误的情况吗?

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发表于 Post on 2018-5-31 14:41:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-31 04:14
MEP就是原子核位置的静电势,但是扣除这个原子核的贡献
Multiwfn的自定义函数39可以实现这个,看手册2.7 ...

老师好,反馈一下MEP的计算结果。
我使用文章中的计算级别 重复了文章中的某个结果,发现结果比较符合,想来应该是计算分析过程没错。
我找了一个与我想要研究的物质产不多的,但是有完整pKa实验数据的物质进行了计算,发现该分子中的不同H脱离顺序 和MEP值排序并不一样。

我的计算级别选取文章中的 b3lyp/6-311+G(d,p),Multiwfn分析过程如下
  1. 载入fchk
  2. 1000
  3. 2 // Set iuserfunc
  4. 39
  5. 1000
  6. 3 //Set iskipnuc
  7. 9 //我要计算的某个O
  8. 1  //Output all properties at a point
  9. a9
  10. User-defined real space function: -0.2232398712E+02
复制代码


目前看来,波函数分析方法在处理分步酸解离问题 还是不够完善。

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发表于 Post on 2018-5-31 16:42:06 | 只看该作者 Only view this author
老师,寻找MECP的时候按照博文上的描述,解压后,运行./prepare.sh,显示awk: fatal: cannot open file `geom' for reading (No such file or directory)
cp: cannot stat ‘temp/MECP.f’: No such file or directory
sed: can't read MECP.f: No such file or directory
gfortran: error: MECP.f: No such file or directory
cp: cannot stat ‘temp/ProgFile’: No such file or directory
sed: can't read ProgFile: No such file or directory
cat: geom: No such file or directory
cp: cannot stat ‘temp/runMECP.sh’: No such file or directory
sed: can't read runMECP.sh: No such file or directory
怎么回事?我尝试修改过shell里面的文件路径,但是运行到./runMECP.sh的时候还是会提示各种文件不存在。这些脚本在使用的时候需要修改吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-31 17:31:43 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-5-31 09:05
[quote][url=forum.php?mod=redirect

请问老师得用CASSCF方法处理么,还是一般的DFT就可以呢?

看体系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-31 17:32:56 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-5-31 13:49
老师。orca转出的molden文件绘制电子密度差图,会存在类似高斯那种因为利用了对称性导致结果有误的情况吗?

不会
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-31 17:33:02 | 只看该作者 Only view this author
haha 发表于 2018-5-31 11:03
sob老师,tddft理论上是只可以做闭壳层吗,二重态的体系tddft的结果可信度高吗?谢谢您


可以做,可信
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lufenghxu 发表于 2018-5-31 16:42
老师,寻找MECP的时候按照博文上的描述,解压后,运行./prepare.sh,显示awk: fatal: cannot open file `geo ...

路径问题。严格按文中的操作不会有问题
诸如geom那个提示明显是当前目录下没有geom文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-31 17:48:12 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-5-31 14:41
老师好,反馈一下MEP的计算结果。
我使用文章中的计算级别 重复了文章中的某个结果,发现结果比较符合, ...

用原子电荷讨论尝试了么?
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发表于 Post on 2018-5-31 19:24:15 | 只看该作者 Only view this author
想请教下老师 高斯计算H的同位素D时,下面输入文件需要怎么改正?
%chk=2.chk
#p opt b3lyp/genecp Freq=ReadIsotopes

Title Card Required

0 2
C                  2.29261100   -0.48811800    0.16422200
O                  2.26110000   -0.30436600    1.36012500
O                  2.88503000   -1.54545600   -0.41737600
H(Iso=2)            3.25457500   -2.09270600    0.29728900
C                  1.72178500    0.45319200   -0.88314800
H(Iso=2)          2.53508000    1.07080300   -1.27771000
H(Iso=2)          1.28316500   -0.11001500   -1.70733900
S                  0.41270700    1.55648400   -0.18546800
H(Iso=2)          0.93047600    1.53257900    1.06313900
Cu                -1.42842900    0.24931100    0.09661800
C                 -3.00508600   -0.85685500    0.34889900
C                 -2.34878700   -1.51080900   -0.54707200
H(Iso=2)        -3.93234700   -0.91517000    0.91445800
H(Iso=2)        -2.38200600   -2.40512100   -1.16368400

C H O S 0
6-31G**
****
Cu 0
LANL2DZ
****

Cu 0
LANL2DZ

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发表于 Post on 2018-5-31 21:07:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,使用sobMECP的时候执行到最后一步,./runMECP.sh,发现以下错误:
ProgFile Exists - OK
First Input OK
At line 230 of file MECP.f (unit = 8, file = 'ProgFile')
Fortran runtime error: End of file
Problem with Fortran program
Step Number 0 -- MECP not yet converged
An error has occurred, possibly in the Gaussian Job
使用test文件检测是正确的。

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