计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

78

帖子

0

威望

814

eV
积分
892

Level 4 (黑子)

6901#
发表于 Post on 2018-6-6 09:34:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-5 10:04
cc-pVTZ完全可以
也可以用may-cc-pVTZ

Sob老师,昨天我没有补充,计算级别是在后HF方法CCSD(T)水平下,优化在3-zeta基组上加弥散,CCSD(T)/cc-PVTZ算势垒就可以吗?尝试了may-cc-PVTZ也很难收敛,而去掉弥散以后就可以收敛了。
不然只能用cc-pVTZ收敛的波函数当初猜,再用may-cc-PVTZ基组去读取波函数初猜继续计算单点能.....相当于算两次了。
自己决定自己的DNA

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6902#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-6 10:48:21 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-6-6 09:34
Sob老师,昨天我没有补充,计算级别是在后HF方法CCSD(T)水平下,优化在3-zeta基组上加弥散,CCSD(T)/cc-P ...

可以

HF部分的耗时远远低于CCSD(T)电子相关能计算部分。你用cc-pVTZ的收敛的波函数当初猜,只不过多做一次HF而已。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

146

帖子

0

威望

1329

eV
积分
1475

Level 4 (黑子)

6903#
发表于 Post on 2018-6-6 13:05:47 | 只看该作者 Only view this author


老师,当左图的能垒Eb选取U(T)计算和G(T)来计算时,公式里的配分函数Q分别对应右侧的哪一行得数值?

541

帖子

3

威望

6622

eV
积分
7223

Level 6 (一方通行)

6904#
发表于 Post on 2018-6-6 13:07:33 | 只看该作者 Only view this author
老师好,一个有机分子加上一个金属离子优化后观察轨道,怎么才能找到与之前没加金属离子时候有机分子的HOMO LUMO 的轨道作对比?不知道选哪条轨道作对比
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6905#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-6 15:32:35 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-6-6 13:07
老师好,一个有机分子加上一个金属离子优化后观察轨道,怎么才能找到与之前没加金属离子时候有机分子的HOMO ...


这个问题比较怪
如果目的就是尽可能找到与原先状态HOMO、LUMO相似程度最大的轨道,可以用Multiwfn的主功能200的子功能6,会把一个波函数文件里的各个轨道与另一个波函数文件里的各个轨道之间的贡献关系直接列出来。Multiwfn手册3.200.6节有例子。
对于当前目的,有机部分的坐标应当一样。即优化与金属结合的状态的时候,应当用nosymm,并且最好冻住有机部分

还一个办法就是做CDA分析,根据给出的复合物轨道与片段轨道之间的贡献关系就容易判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6906#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-6 15:37:17 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-6-6 13:05
老师,当左图的能垒Eb选取U(T)计算和G(T)来计算时,公式里的配分函数Q分别对应右侧的哪一行得数值 ...

看表格里的注释
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

541

帖子

3

威望

6622

eV
积分
7223

Level 6 (一方通行)

6907#
发表于 Post on 2018-6-6 15:58:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-6 15:32
这个问题比较怪
如果目的就是尽可能找到与原先状态HOMO、LUMO相似程度最大的轨道,可以用Multiwfn的主 ...

有人想研究 某有机分子配合上 金属离子后 HOMO LUMO 的变化 ,来说明物质稳定性和荧光什么的一些性质。所以脑洞了一下。我自己对HOMO LUMO 一头雾水,并从论坛内一些讨论知道这个根本没办法用来证明物质稳定性 但是那个人需要。
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

6908#
发表于 Post on 2018-6-6 20:23:12 | 只看该作者 Only view this author

高斯错误问题

老师,您好,上次的问题全部解决了,所有分子都计算正确了,不过现在在计算新的体系的时候又出现了问题,全部都是l502错误,我把中心卟啉基团,以及与中心相连的各个分子片段都全部优化之后,然后在gaussview里面进行建模,结果所有的都是这个问题,麻烦老师再辛苦帮助看一下是什么原因造成的
                                          

wln_C50B1A2.gjf

8.64 KB, 阅读权限: 60, 下载次数 Times of downloads: 1

wln_C50B1A2.out

264.67 KB, 阅读权限: 60, 下载次数 Times of downloads: 1

15

帖子

0

威望

89

eV
积分
104

Level 2 能力者

6909#
发表于 Post on 2018-6-6 21:01:45 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,想用高斯计算B-B单键的键能,奈何怎么算都与实验值差很多,我算的是B2H4分子优化完的能量,再算BH2单体的能量(优化加频率),后者能量减去前者能量,算的是427.57ki/mol,实验值是293kj/mol,感觉差的好多啊?我用单原子B能量减去B2分子能量也算的差很多,不知道是不是模型没选对,不知道该怎么办?我用的方法机组B3LYP/6-311+G(2df).   然后我算了H2的键能,用单原子H减去H2的能量,和实验值差3kj/mol,差的不多,所以我想是不是我选模型没选对吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6910#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-7 02:57:13 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2018-6-6 20:23
老师,您好,上次的问题全部解决了,所有分子都计算正确了,不过现在在计算新的体系的时候又出现了问题,全 ...


解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

甭写test这种多余关键词,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331

M06本身就没有非明尼苏达系列泛函好收敛,若无特殊必要用,还不如用B3LYP,更快,SCF还更容易收敛
当前体系给氢加极化没必要,看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6911#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-7 03:02:47 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-6-6 15:58
有人想研究 某有机分子配合上 金属离子后 HOMO LUMO 的变化 ,来说明物质稳定性和荧光什么的一些性质。所 ...

稳定性从这角度上通常说不出来什么,非要强行解释也是瞎解释
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6912#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-7 03:49:02 | 只看该作者 Only view this author
小尼姑 发表于 2018-6-6 21:01
Sob老师,想用高斯计算B-B单键的键能,奈何怎么算都与实验值差很多,我算的是B2H4分子优化完的能量,再算BH ...

实验值出处在哪?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

198

帖子

0

威望

450

eV
积分
648

Level 4 (黑子)

6913#
发表于 Post on 2018-6-7 05:03:20 | 只看该作者 Only view this author
我用gaussian09,把积分精确度提高到12,也就是int=acc2e=12,这个对计算结果影响大吗?和把grid调成ultrafine比起来,哪个对结果影响更大?

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

6914#
发表于 Post on 2018-6-7 08:26:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-7 02:57
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

谢谢老师,辛苦啦

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6915#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-7 08:46:48 | 只看该作者 Only view this author
算一算 发表于 2018-6-7 05:03
我用gaussian09,把积分精确度提高到12,也就是int=acc2e=12,这个对计算结果影响大吗?和把grid调成ultraf ...

通常影响甚微
远没有积分格点影响大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 15:48 , Processed in 0.231968 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list