计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

139

帖子

0

威望

473

eV
积分
612

Level 4 (黑子)

6916#
发表于 Post on 2018-6-7 08:57:10 | 只看该作者 Only view this author

高斯优化分子出现虚频

高斯中优化如图所示的结构,用b3lyp方法优化后算frequency没有虚频出现,但是用m062x方法优化后算freq出现了虚频,想问一下是什么原因。

xupin.jpg (42.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

xupin.jpg

78

帖子

0

威望

814

eV
积分
892

Level 4 (黑子)

6917#
发表于 Post on 2018-6-7 10:07:42 | 只看该作者 Only view this author
对于明尼苏达泛函尝试加上int=ultrafine试试
参考Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法 http://sobereva.com/278
自己决定自己的DNA

15

帖子

0

威望

89

eV
积分
104

Level 2 能力者

6918#
发表于 Post on 2018-6-7 10:10:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-7 03:49
实验值出处在哪?

实验值出处在高等无机化学书上。

10

帖子

0

威望

109

eV
积分
119

Level 2 能力者

6919#
发表于 Post on 2018-6-7 10:11:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-28 22:11

都是乘在频率上的,没什么额外用法

Sob老师,请问我们用Gauss View可视化的振动频率是fundamental frequencies还是harmonic frequencies?

15

帖子

0

威望

89

eV
积分
104

Level 2 能力者

6920#
发表于 Post on 2018-6-7 10:15:42 | 只看该作者 Only view this author
C:\Users\Administrator\Desktop

QQ图片20180607101431.jpg (526.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

QQ图片20180607101431.jpg

11

帖子

0

威望

336

eV
积分
347

Level 3 能力者

6921#
发表于 Post on 2018-6-7 10:29:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yu947937636 于 2018-6-7 10:31 编辑

sob老师,您好,我在用高斯做MOF的pi-pi堆积和氢键的影响的计算,第一次接触材料方面的计算,很多问题不懂,遇到了几个问题
1.用高斯,b3lyp 能不能准确的计算pi-pi堆积的影响
2.怎么求出pi-pi堆积能量的?是分别优化三部分A、B、A+B,然后用G(A+B)-G(A)-G(B)得到的是pi-pi堆积作用的能量吗?(下面的是文献上提供的数据用的VASP计算的,我想用高斯计算下)

QQ图片20180607102350.png (28.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

单体A

单体A

B.png (5.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

B

B

a b.png (101.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

A+B

A+B

146

帖子

0

威望

1329

eV
积分
1475

Level 4 (黑子)

6922#
发表于 Post on 2018-6-7 15:12:13 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,m062x泛函算反应对我来说有点贵,我读了一篇与我体系类似的文章,orca软件用的pbe泛函。我想请教下老师,高斯用pbe/def2svp算反应能被接受吗?泛函在高斯是写作pbepbe吗?

QQ截图20180607150612.jpg (54.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

文献选取pbe算吸附

文献选取pbe算吸附

239

帖子

0

威望

2333

eV
积分
2572

Level 5 (御坂)

6923#
发表于 Post on 2018-6-7 15:40:48 | 只看该作者 Only view this author
opt=calcall 对我的很管用

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6924#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-8 02:41:07 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-6-7 15:12
sob老师,m062x泛函算反应对我来说有点贵,我读了一篇与我体系类似的文章,orca软件用的pbe泛函。我想请教 ...


比M06-2X差远了,看例如
http://bbs.keinsci.com/thread-7420-1-1.html

除非非用ORCA开RI做纯泛函计算才算得动,否则这时候为了省时间用了PBE,到时候审稿人让重算,得不偿失。
或者优化时候用纯泛函-D3,算单点时候用M06-2X-D3
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6925#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-8 02:47:05 | 只看该作者 Only view this author
My_ComputChem 发表于 2018-6-7 10:11
Sob老师,请问我们用Gauss View可视化的振动频率是fundamental frequencies还是harmonic frequencies?

harmonic frequencies是实际的fundamental frequencies的近似
仔细阅读
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6926#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-8 02:48:05 | 只看该作者 Only view this author


这根本和你的体系就没有可比性
同一种键,在不同化学环境中相差往往非常大
B2H4貌似都还没有实验上合成出来,更别提测定其中的B-B键能了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6927#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-8 02:50:58 | 只看该作者 Only view this author
yu947937636 发表于 2018-6-7 10:29
sob老师,您好,我在用高斯做MOF的pi-pi堆积和氢键的影响的计算,第一次接触材料方面的计算,很多问题不懂 ...


1 完全不能
仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

2 就是这么求差。不要用自由能来计算,就用电子能量来计算
实际上严格来说,这个体系没法严格计算pi-pi堆积能,因为pi-pi堆积在此体系中甚弱,而其它基团之间的相互作用能的数量级甚至都高于pi-pi堆积作用能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6928#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-8 03:03:06 | 只看该作者 Only view this author
大慧慧 发表于 2018-6-7 08:57
高斯中优化如图所示的结构,用b3lyp方法优化后算frequency没有虚频出现,但是用m062x方法优化后算freq出现 ...

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

15

帖子

0

威望

89

eV
积分
104

Level 2 能力者

6929#
发表于 Post on 2018-6-8 09:01:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-8 02:48
这根本和你的体系就没有可比性
同一种键,在不同化学环境中相差往往非常大
B2H4貌似都还没有实验上合 ...

哦哦,好的,谢谢老师。

20

帖子

0

威望

343

eV
积分
363

Level 3 能力者

6930#
发表于 Post on 2018-6-8 11:45:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,我在用rohf限制性开壳层优化结构,想继续用cis做激发态,但是没有rocis这样的关键词,想请问您这种情况应该怎么办?谢谢您

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 14:15 , Processed in 0.184874 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list