计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

541

帖子

3

威望

6622

eV
积分
7223

Level 6 (一方通行)

6946#
发表于 Post on 2018-6-11 12:28:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ABetaCarw 于 2018-6-11 12:35 编辑

老师好,请教一个昨晚在群里讨论过的问题。
直接看配合物能量,是不是无法区分金属离子在体系里面是4配位还是6配位?
一个配位的分子有3个配合的位点 可以将其中一个位点扭转过去 只用其中的2个配位点。也就是说 同样是1个金属离子和2个配位的有机分子,即可能是4配位也可能是6配位。
下面这个帖子里面老师的回复是否适合我描述的体系?http://bbs.keinsci.com/thread-6379-1-1.html



经过初步计算 两种都是能量极小点,未算频率,目前没有富余算力算频率。是不是量子化学无法判断 哪种配位最为合适?

恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

1

帖子

0

威望

19

eV
积分
20

Level 1 能力者

6947#
发表于 Post on 2018-6-11 12:35:22 | 只看该作者 Only view this author

用高斯画离子

怎样用高斯画钙离子?

541

帖子

3

威望

6622

eV
积分
7223

Level 6 (一方通行)

6948#
发表于 Post on 2018-6-11 12:58:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ABetaCarw 于 2018-6-11 12:59 编辑

画一个Ca 然后在保存在gjf文件中 将电荷设为2。高斯只能设置体系的总体电荷数
这个问题提问在http://bbs.keinsci.com/thread-806-1-1.html 比较好
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6949#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-11 13:04:58 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-6-11 12:28
老师好,请教一个昨晚在群里讨论过的问题。
直接看配合物能量,是不是无法区分金属离子在体系里面是4配位 ...

只要原子数相同,你看哪种配位方式能量更低,就是哪种配位方式
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

139

帖子

0

威望

473

eV
积分
612

Level 4 (黑子)

6950#
发表于 Post on 2018-6-11 20:51:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-11 10:57
一个原子没法优化,优化what?
起码得有两个

就是想单独优化一个钙离子,高斯可以吗

146

帖子

0

威望

1329

eV
积分
1475

Level 4 (黑子)

6951#
发表于 Post on 2018-6-11 22:22:46 | 只看该作者 Only view this author
老师,我用关键词TS去搜索过渡态,之前中间体IM的计算水平为M062X/def2svp,不过鉴于大体系过渡态搜索耗时太大需要做calcfc,我能不能在OPT=TS的过程用pbe/3-21g*粗糙去搜索,搜索成功后再用M062X/def2svp提高精度?   如果这样不行的话,我可否用pbe/3-21g*优化的IM去粗糙搜索TS(保持OPT和OPT=TS同等级)?

70

帖子

0

威望

4892

eV
积分
4962

Level 6 (一方通行)

6952#
发表于 Post on 2018-6-12 01:05:25 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,请问对于原子数目在60-100之间,分子量在500-700左右的天然产物分子(如C29H36O8),如果想计算589 nm下的旋光(OR),使用M062x/def2svp-D3优化构象后,使用什么样的方法来计算旋光,能获得较高的accuracy/cost比?非常感谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6953#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-12 05:50:58 | 只看该作者 Only view this author
大慧慧 发表于 2018-6-11 20:51
就是想单独优化一个钙离子,高斯可以吗

毫无意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6954#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-12 05:52:03 | 只看该作者 Only view this author
happyknighthawk 发表于 2018-6-12 01:05
老师,您好,请问对于原子数目在60-100之间,分子量在500-700左右的天然产物分子(如C29H36O8),如果想计 ...


可考虑PBE0/def2-TZVPD,算不动的话用def2-SVPD
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6955#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-12 05:55:40 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-6-11 22:22
老师,我用关键词TS去搜索过渡态,之前中间体IM的计算水平为M062X/def2svp,不过鉴于大体系过渡态搜索耗时 ...


如果你确定一次运行就能找到过渡态,完全没必要先用低级别搞一下。如果没法保证一次性找到,需要反复尝试,可以,但明显不如用改用B3LYP去试,用纯泛函有害无益。用半经验或者xtb去试也可以,通常更划算。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

70

帖子

0

威望

4892

eV
积分
4962

Level 6 (一方通行)

6956#
发表于 Post on 2018-6-12 10:21:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-12 05:52
可考虑PBE0/def2-TZVPD,算不动的话用def2-SVPD

谢谢Sob老师

146

帖子

0

威望

1329

eV
积分
1475

Level 4 (黑子)

6957#
发表于 Post on 2018-6-12 23:03:47 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,在根据实频振动方向猜测过渡态时,高斯view里面有个手动保存结构功能非常好。但是在处理大体系催化体系时,催化剂分子也会和反应物一起振动,形成耦合,不利于搜索过渡态。我就想把催化剂最外围的原子固定住,但这个时候如何去存储振动方向?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6958#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-13 05:43:57 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-6-12 23:03
sob老师,在根据实频振动方向猜测过渡态时,高斯view里面有个手动保存结构功能非常好。但是在处理大体系催 ...

此时固定某些原子是没有意义的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

146

帖子

0

威望

1329

eV
积分
1475

Level 4 (黑子)

6959#
发表于 Post on 2018-6-13 08:31:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-13 05:43
此时固定某些原子是没有意义的

老师,这种催化剂衬底在某频率下和反应物一起耦合振动,我可否理解为:使用opt=ts 去猜测过渡态,猜测的构型是需要考虑催化剂的振动?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

6960#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-13 08:36:35 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-6-13 08:31
老师,这种催化剂衬底在某频率下和反应物一起耦合振动,我可否理解为:使用opt=ts 去猜测过渡态,猜测的 ...

找过渡态是优化,这和“振动”完全是两码事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 14:15 , Processed in 0.208259 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list