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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-28 14:46:15 | 只看该作者 Only view this author
app 发表于 2018-6-28 10:00
老师,您好,请教您一个问题,我想看一个复合物中,一个分子的带电情况,在gaussview中打开输出文件之后可 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-10284-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-28 14:59:45 | 只看该作者 Only view this author
she 发表于 2018-6-28 09:55
先非常感谢sob老师回答。
sob老师,就是想算一对阴阳离子之间的偶极矩,在用高斯# opt b3lyp/6-31+g(2d ...

别用这恶心的基组,看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

“之间”这个词意义不明
要么说整体的偶极矩,要么说某个局部的偶极矩

Gaussian直接给出来的偶极矩就是整体的偶极矩。等于所有片段对偶极矩贡献的矢量和
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-28 15:03:27 | 只看该作者 Only view this author
qianbao 发表于 2018-6-28 09:09
我在做优化(图opt)、算激发态(图td)、以及激发态的优化(图tdopt)时,发现其输出构型有很大的变化,优 ...

“由于色散力太大”这种描述逻辑上莫名其妙,理论上也不沾边

分子的基态和激发态电子结构不同,势能面特征也不同,一个分子基态是弯的,可能激发态就成了直的

如果你激发态优化设定完全合理,优化过程主体分子自发变直了,说明分子在激发态时变直的驱动力已经克服了富勒烯和这个分子之间的弱相互作用使这个分子处于弯曲状态的驱动力
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-28 15:05:04 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-6-28 09:11
sob老师您好,1. 我们算气体吸附能时候,应该是用的各自基态来做运算的。计算金属吸附能时,我导师说公式中 ...

我不知道你具体算的什么体系,什么东西对气体进行吸附。没有细节没法说
我手头没有相关文献
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发表于 Post on 2018-6-28 15:07:51 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我在Gaussian中使用ONIOM方法分层时遇到了问题。选择低层时,先把全部原子选为低层,然后把高层部分取消选择,随后在设置中高层B3LYP/6-31G,低层UFF方法,但是提交到服务器后出现了这样的错误:
Atom    76 layer R linked to atom    70 is also bonded to atom    71 in layer S
            bad because scale factors are defaulted or not 1.
Atom    76 layer R linked to atom    70 is also bonded to atom    75 in layer S
            bad because scale factors are defaulted or not 1.
Atoms are bonded to more than one atom in an inner layer and have non-unit
scale factors.   Correct the layer boundaries, connectivity, or scale factors.
请问老师,这是因此每个高层原子连接了多个低层原子的原因吗?我查看构型发现,每个高层原子的确与2个低层的原子相连,我应该怎么解决这样的问题呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-28 15:18:15 | 只看该作者 Only view this author
yiranfengbai 发表于 2018-6-28 15:07
老师,您好,我在Gaussian中使用ONIOM方法分层时遇到了问题。选择低层时,先把全部原子选为低层,然后把高 ...

考虑以其它方式划分高层和底层避免出现这种状况
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发表于 Post on 2018-6-28 15:48:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-28 15:18
考虑以其它方式划分高层和底层避免出现这种状况

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-6-28 16:53:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-28 14:46
http://bbs.keinsci.com/thread-10284-1-1.html

好的,老师,谢谢您的解答。

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发表于 Post on 2018-6-29 15:31:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-28 14:59
别用这恶心的基组,看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

谢谢sob老师,在您发的链接中找到答案啦

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发表于 Post on 2018-6-29 20:02:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-6-29 20:09 编辑

老师您好,请教您:

一。这个过程涉及到 Pd(OAc)2 和 2-naphthyl urea一起构成的络合物。(在文件包里麻烦您看下)
想请教老师,从它们构成的 π-络合物2a 到 σ-络合物3a 的过程中,应该算作谁对谁的哪种进攻?
比如Pd对C17的亲电进攻,还是亲核进攻?或是应该算作Pd甚至是O对H的进攻?

二。底物 2-naphthyl urea 不变,若我想预测一个类似上面的这种过程,是否可以直接计算优化好的 2-naphthyl urea 上各个碳原子的简缩福井函数呢?(因为这个过程并不是从底物开始的,而是从一个络合结构比如2a开始的,我不确定正确的做法是不是应当计算络合结构(比如2a)的简缩福井函数而不是2-naphthyl urea的。)

三。在多步反应路径的理论计算研究时先对底物做一个构象搜索,然后用玻尔兹曼分布计算一下,假设发现反应温度下构象A占70%,B占30%。这个操作对接下来的计算都有什么指导作用?
我觉得一个用处是在优化其他试剂和底物构成的复合结构时,可以把底物摆的比较接近优势构象A,这是否算一个正确的应用?
如果在路径计算时发现在第一个由其他试剂和底物构成的中间体结构中,底物的构象反而是比较接近B的怎么办?那么该路径是不是也仍然要以A为能量零点而不是B?

谢谢老师。问题有点多,不知道是不是要单独开一贴,如果需要的话我就单独开一个帖子。
Desktop.rar (1.79 MB, 下载次数 Times of downloads: 9)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-30 01:23:44 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-6-29 20:02
老师您好,请教您:

一。这个过程涉及到 Pd(OAc)2 和 2-naphthyl urea一起构成的络合物。(在文件包里麻 ...

单独发帖吧。最近巨忙,复杂的问题也没时间仔细看,或许别人能帮你
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发表于 Post on 2018-6-30 02:28:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-30 01:23
单独发帖吧。最近巨忙,复杂的问题也没时间仔细看,或许别人能帮你

好的 明天单独发个帖。
不过哪怕解决了也很想听下您的意见  以后有空时希望您再看下吧~

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发表于 Post on 2018-7-2 13:17:56 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在计算CuFeO2这种物质负载在C3N4上面的性质,需要找到负载的这个CuFeO2对原本的C3N4的电子结构的改变。

因为不知道CuFeO2自旋多重度如何设置,所以我从cif文件里面提取了一个0维结构
b3lyp/def2tzvp下opt优化计算单个CuFeO2的能量
设为2的时候能量 -3054.75388
设为4的时候能量 -3054.76169
设为6的时候能量 -3054.76183
理论上,设为6能量最小。设为2能量比设为4高

PBE/6-311G**优化
设为2的时候能量 -3053.82861
设为4的时候能量 -3053.82532
设为6的时候能量 第一步就不收敛
理论上 设为4的能量比设为2高

1为何出现这种情况,不同的计算方法会出现相反的情况,我该取信哪个?
2如果我要将4个分子组成团簇,假设单个分子自旋多重度为2,此时我要把团簇自旋多重度设为什么?(这个是真的不懂)


恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2018-7-2 14:32:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,复合物分子由3种分子构成,其中1个分子的铀酰离子,2个分子的B,3个分子的C。在铀原子的赤道平面共形成了5个配位键,且每个是单配位形式的。发现在水溶液中,铀与配体B的配位键键长比气相中的短,而且水溶液中该配位键的键级比气相中的大。但是在计算分子B的结合能时,水相中的结合能却比气相中的结合能要小。按照键长和键级的结果,不应该是水相中的结合能更大吗?请问是什么原因?
我的结合能计算方法是:E结合=E(复合物)-E(一分子的片段B)-E(失去该一分子片段B的复合物)。

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发表于 Post on 2018-7-2 17:14:03 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,分子力场中有关键长和键角项中的力常数参数是根据什么得来的?

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