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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-6-24 16:36:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiaojingling016 于 2018-6-24 16:39 编辑
dreamyeye 发表于 2018-6-14 19:37
碘离子就不需要优化,算个单点能就行,可以把出错的输入和输出文件贴上来看看。

我想要的是碘离子的SCF能量,我的输入文件为图片所示:输出文件为attach://14451.log

QQ图片20180624121745.png (5.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

输入

输入

s0.log

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发表于 Post on 2018-6-25 07:31:15 | 只看该作者 Only view this author
xiaojingling016 发表于 2018-6-24 16:36
我想要的是碘离子的SCF能量,我的输入文件为图片所示:输出文件为attach://14451.log

算SCF能量,就不需要opt和freq

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发表于 Post on 2018-6-25 09:33:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiaojingling016 于 2018-6-25 09:35 编辑
dreamyeye 发表于 2018-6-25 07:31
算SCF能量,就不需要opt和freq

好的,谢谢,但是计算出现了l103错误,不知道错在哪里呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-25 13:24:53 | 只看该作者 Only view this author
xiaojingling016 发表于 2018-6-25 09:33
好的,谢谢,但是计算出现了l103错误,不知道错在哪里呢


单个原子不可能优化
前面的人也说了让你去掉opt freq
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发表于 Post on 2018-6-25 23:54:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 终_焉 于 2018-6-26 00:05 编辑
sobereva 发表于 2018-6-20 12:36
既然能量有差异,结构必然有差异,如果结构差异小,必定俩结构之间能够以某种方式联通(虽然可能隔了不止 ...

Sob老师,这个问题我通过在相同的计算级别下进行柔性扫描,得到了能量随二面角变化的曲线。从图像上看,确实存在能垒,其数值大约为0.9kcal/mol。但是由于结构的柔性比较强,我以能量最高值的结构作为初猜,即使是用上CALCALL,在M06-2X/def-2SVP级别下也不能得到拥有合理振动模式的过渡态结构。奇怪的是,在低级别下反而能完成目标,但是换到当前级别再优化则又收敛到其他结果。
因此,我想问:
1. 在这样的能垒下,我能不能直接采用柔性扫描的结果替代IRC,用于计算反应的吉布斯自由能能垒?用于过渡态理论估计反应速率常数呢?
2. 我发现在几何优化的过程中,进行到一定程度时会越过一个高能垒,导致结构跳变,我怀疑是势能面比较平坦所导致。那么,将收敛限改为loose会有帮助吗?
谢谢Sob老师。

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发表于 Post on 2018-6-26 09:51:06 | 只看该作者 Only view this author
老师,我在文献上看到at the SR-ZORA PBE/TZ2P level,不懂SR-ZORA和TZ2P是什么意思,谢谢老师

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发表于 Post on 2018-6-26 11:47:12 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,计算mayer键级时,得出两原子之间的键级大小为0.544,又做了LMO图,发现确实没有这两个原子对应的定域化轨道,那这算是形成了化学键吗

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发表于 Post on 2018-6-26 12:18:23 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,有反应A→B→C.    反应A→B通过两条路径:path1的总反应速率为K1,path2的总反应速率为K2。反应B→C的总反应速率为K3,那么整条反应的总反应速率能否写成(K1+K2)*K3?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-26 13:41:58 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-6-26 11:47
sob老师,计算mayer键级时,得出两原子之间的键级大小为0.544,又做了LMO图,发现确实没有这两个原子对应的 ...

波函数分析问题请发到波函数分析与Multiwfn板块
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-26 13:42:38 | 只看该作者 Only view this author
13163031955 发表于 2018-6-26 09:51
老师,我在文献上看到at the SR-ZORA PBE/TZ2P level,不懂SR-ZORA和TZ2P是什么意思,谢谢老师


用ZORA方法实现标量相对论(Scalar relativistic)计算,是ADF的“特色”之一
TZ2P就是ADF里的一种中等偏大的基组,和主流量化程序里的def2-TZVPP差不多档次

PS: 强烈不推荐用ADF
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发表于 Post on 2018-6-26 21:05:20 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!能不能请教个问题:经典动力学,量子动力学和分子动力学,它们三者之间是什么关系?区别是什么?

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发表于 Post on 2018-6-26 22:09:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-26 13:42
用ZORA方法实现标量相对论(Scalar relativistic)计算,是ADF的“特色”之一
TZ2P就是ADF里的一种中等 ...

谢谢老师的回复,ADF也是一个计算的软件吗

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发表于 Post on 2018-6-26 22:56:14 | 只看该作者 Only view this author

双分子反应速率

老师及各位前辈好,想请教双分子反应速率计算的问题。对于A+B经过渡态TS1到IM1的这种双分子反应的过程,其反应速率常数怎样去求解呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-26 22:57:36 | 只看该作者 Only view this author
13163031955 发表于 2018-6-26 22:09
谢谢老师的回复,ADF也是一个计算的软件吗

http://bbs.keinsci.com/thread-10100-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-26 22:57:57 | 只看该作者 Only view this author
gangyecp 发表于 2018-6-26 22:56
老师及各位前辈好,想请教双分子反应速率计算的问题。对于A+B经过渡态TS1到IM1的这种双分子反应的过程,其 ...

基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
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使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
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