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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-19 10:53:04 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2018-6-19 09:11
谢谢老师回复。我的等值面数值已经调的很小了,许多几乎没有什么自旋布居的原子上都有了很明显的自旋密度 ...


用Multiwfn做布居分析,用Multiwfn直接看自旋密度等值面图

在Multiwfn中基于fch产生自然轨道的方法与激发态波函数、自旋自然轨道分析实例
http://sobereva.com/403

如果用了弥散函数,别用Mulliken或SCPA方式算自旋布居
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-6-19 13:31:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-6-19 13:43 编辑

老师,请教您关于Boltzmann分布公式,如果我是在隐式溶剂模型下计算出的不同构象的自由能,计算它们的比例时候所用公式的形式是否还如您文中http://sobereva.com/165那样?也是用理想气体常数R?
我觉得是一样的,记得培训班里做的一道题就是在不同溶剂中计算酮式和烯醇式的比例。但是有人对我文章中这里提出了问题,所以还是想请教您一下。

谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-19 13:55:52 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-6-19 13:31
老师,请教您关于Boltzmann分布公式,如果我是在隐式溶剂模型下计算出的不同构象的自由能,计算它们的比例 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-6-19 15:37:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-19 10:53
用Multiwfn做布居分析,用Multiwfn直接看自旋密度等值面图

在Multiwfn中基于fch产生自然轨道的方法 ...

多谢老师解答。我这次用Multiwfn做了布居分析,发现原来有0.55自旋布居的原子用Multiwfn做布居分析时只有0.01的布居。然后我又仔细看了看输出文件原来自己之前看的是没有收敛的结构的Mulliken自旋布居,找到最后的自旋布居就和Multiwfn分析的一样了。谢谢老师

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发表于 Post on 2018-6-19 15:41:05 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2018-6-19 22:24:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 终_焉 于 2018-6-19 22:32 编辑


Sob老师,我对一个多步串联反应进行拆解,得到基元反应后跑IRC,截取首尾结构进行几何优化以及单点计算,如上图所示。结果显示,B1(C1)的吉布斯自由能和B2(C2)有大约6kcal/mol的差异。B1(C1)与B2(C2)的结构基本一致,我尝试找其中间可能存在的过渡态,没有得到合适的结果。请问:
1. 这个数值的大小是否在合理范围内(活化能大约为40kcal/mol)?
2. 有什么办法可以降低这个能量差(已在合适的级别下添加溶剂模型)?
谢谢Sob老师。









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发表于 Post on 2018-6-20 11:11:21 | 只看该作者 Only view this author
老师好,能给推荐一下关于添加背景电荷的学习资料吗?最近在某体系添加背景电荷,在没有添加背景电荷时,裸簇优化是收敛的,但是只要一添加背景电荷,无论是只添加一个,几个,或者添加一层,两层等等,试了好多情况,都不能收敛,甚至连一步都跑不了。这其中是不是有一些特殊规律我没注意到啊。。请老师推荐一下学习资料,谢谢~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-20 12:31:33 | 只看该作者 Only view this author
新手囧囧 发表于 2018-6-20 11:11
老师好,能给推荐一下关于添加背景电荷的学习资料吗?最近在某体系添加背景电荷,在没有添加背景电荷时,裸 ...


论坛首页google栏搜“背景电荷”

你的问题原因不好说。可以尝试用不带背景电荷的波函数当初猜波函数看SCF能否收敛。或者先把背景电荷数值设小点,如果能收敛,再把背景电荷数值改回原先的,用之前收敛的波函数当初猜。
背景电荷数值、位置不合理也可能导致当前问题。强烈建议加上nosymm关键词,以确保实际计算时候背景电荷与体系的相对位置关系和输入文件里一致。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-20 12:36:25 | 只看该作者 Only view this author
终_焉 发表于 2018-6-19 22:24
Sob老师,我对一个多步串联反应进行拆解,得到基元反应后跑IRC,截取首尾结构进行几何优化以及单点计算, ...

既然能量有差异,结构必然有差异,如果结构差异小,必定俩结构之间能够以某种方式联通(虽然可能隔了不止一个过渡态)。这只能结合实际结构来分析。或者先用这俩结构作为QST2的反应物和产物看看能搞出什么来。
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发表于 Post on 2018-6-20 14:25:19 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我用M062X/6-311+G(d,p)做opt freq,然后用高级别方法算单点能。相加和计算H(T)和U(T)。之前作频率计算的时候,没有加上scale=0.970。得到的这个Thermal correction to Enthalpy 和 Thermal correction to Energy因为没有加上ZPE校正因子,必须得重新用freqchk工具输出所有的结构的热力学校正量吗?
又看到博文中有说明M062X这种泛函不做校正也没什么问题(可能理解有误),那这种情况计算H(T)和U(T)是必须得考虑ZPE校正因子进去吗
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2018-6-20 16:44:29 | 只看该作者 Only view this author

高斯09在windows系统上跑,出现L101错误。

各位老师好,请教一下,我用高斯09在windows系统上跑,算HOMO和LUMO,出现2070错误,终止在L101,我算的是一个配合物的分子轨道,用chemdraw画分子,然后导出到chem3D中进行能量最小化,生成PDB格式,再导入高斯中计算。有时候能成功有时候不能成功,不知道怎么回事。应该是分子没有画对。不知道该怎么解决,烦请各位老师指点一二。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-20 17:29:00 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2018-6-20 14:25
Sob老师,我用M062X/6-311+G(d,p)做opt freq,然后用高级别方法算单点能。相加和计算H(T)和U(T)。之前作频 ...


是否考虑ZPE校正因子对实际热力学计算结果影响不太大,考虑了有好处,想讲究点就用freqchk搞一下(自己手动把之前输出的ZPE乘上这个校正因子也可以)
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发表于 Post on 2018-6-20 17:38:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-20 17:29
是否考虑ZPE校正因子对实际热力学计算结果影响不太大,考虑了有好处,想讲究点就用freqchk搞一下(自己 ...

谢谢老师,明白了
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发表于 Post on 2018-6-21 09:32:33 | 只看该作者 Only view this author
老师,对Fe-o键和Co-o键的强弱比较应该用什么键级呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-21 10:41:48 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-6-21 09:32
老师,对Fe-o键和Co-o键的强弱比较应该用什么键级呢?

不是同类键,因此用键级没法比,考虑键能和柔性力常数
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
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