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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-7-19 21:11:44 | 只看该作者 Only view this author
老师,过渡态搜索时加了GDIIS,IRC时需要加上吗

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发表于 Post on 2018-7-19 21:48:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 啃骨魔 于 2018-7-20 08:09 编辑



PBC_DIAMOND.LOG (9.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

pbc_diamond.gjf (381 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

各位老师好!我尝试运行sob老师博文《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》http://sobereva.com/68里分析晶体内部弱相互作用,用gaussian运行博文附件里的pbc_diamond.gjf,结果出来Severe Error Message 2070,g09W为09D,已选管理员权限。log说内存不足,可是这个体系很小啊……
请老师们解惑,相关文件见附件。多谢多谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-19 21:55:40 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-7-19 21:11
老师,过渡态搜索时加了GDIIS,IRC时需要加上吗

GDIIS完全不是给IRC用的,手册一看就知道
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-19 21:57:08 | 只看该作者 Only view this author
啃骨魔 发表于 2018-7-19 21:48
各位老师好!我尝试运行sob老师博文《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》http://sobereva.com ...

上传chk文件没意义,白占论坛空间

Gaussian PBC做的非常渣,就是这么点体系,你如果不改%mem多分点内存,默认的256MB也不够用
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发表于 Post on 2018-7-20 08:08:36 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2018-7-20 09:45:16 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我是做多酸体系的,之前我算优化结构泛函是m06l,基组6-31g*和lanl2dz。能量用的是6-31+g*和SDD。现在我想加抗衡阳离子,我觉得体系有点大,我想用b3lyp算,但是我不知道我需要加色散矫正。基组的选择我也怕搞错,想让您给我提点建议。万分感谢。

1M%X9Y[H)G~LAUI80{%@}KU.png (28.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

1M%X9Y[H)G~LAUI80{%@}KU.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-20 09:49:16 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-7-20 09:45
sob老师您好,我是做多酸体系的,之前我算优化结构泛函是m06l,基组6-31g*和lanl2dz。能量用的是6-31+g*和S ...

用B3LYP-D3(BJ)
优化可以用6-311G*,比6-31+G*便宜。其它的不需要改
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发表于 Post on 2018-7-20 11:11:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 329678001 于 2018-7-20 16:30 编辑
sobereva 发表于 2018-7-20 09:49
用B3LYP-D3(BJ)
优化可以用6-311G*,比6-31+G*便宜。其它的不需要改

sob老师,我还是有点不清楚。我之前优化是用6-31g*, 算单点能量是用的6-31+g*。  1 我现在优化和算单点能泛函都用b3lyp-d3?
2 优化用6-31g*或者6-311g*都可以么?
3 我体系里氢不参与反应,算单点能是用6-31+g*或者6-311+g*都行?   
4 我看了您的博文,我是g09 .D01版本,我算频率容易出现虚频,这时候我应该用b3lpy-D3更好一点吧?
害怕出错,问题有点多,麻烦您了。


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发表于 Post on 2018-7-20 17:17:10 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用gamess计算EDA,但是计算报错,请老师帮我看一下我的输入文件哪里有问题,非常感谢

t5.log

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t5.inp

8.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-20 18:27:50 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2018-7-20 11:11
sob老师,我还是有点不清楚。我之前优化是用6-31g*, 算单点能量是用的6-31+g*。  1 我现在优化和算单点 ...

1 是
2 对于有弱相互作用的情况,优化要么6-31+G*,要么6-311G*,后者更划算。只用6-31G*偏小
3 显然6-311+G*比6-31+G*贵,如果你能承受得起最好用6-311+G*
4 对
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-20 18:29:21 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2018-7-20 17:17
sob老师,我用gamess计算EDA,但是计算报错,请老师帮我看一下我的输入文件哪里有问题,非常感谢


$BASIS BASNAM(1)那一行别写太长,超过80字符应当换行
而且$END不能顶着头写,每行开头要有一个空格
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发表于 Post on 2018-7-20 18:58:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lianghuashou 于 2018-7-20 19:04 编辑

谢谢sob老师的回复,我修改了$BASIS的长度和空格,机组可以读出来,但是还有报错信息:
      SEARCHING FOR $MCP
     $MCP GROUP NOT FOUND但是我用的是def2svp包含的 ECP,并没有用MCP,找不到问题在哪
还请sob老师再指导一下,非常感谢

t5.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-21 10:38:57 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2018-7-20 18:58
谢谢sob老师的回复,我修改了$BASIS的长度和空格,机组可以读出来,但是还有报错信息:
      SEARCHING  ...

30行$END前头空一格再试
$MCP GROUP NOT FOUND不是报错提示,这是指有MCP字段就读,没有就pass
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发表于 Post on 2018-7-21 20:41:08 | 只看该作者 Only view this author
大家晚上好,请问这个双Zn-卟啉体系的log文件中为何Zn原子没有赝势参数信息呢?(使用的赝势基组是lanl2dz)

genazo-zn-porphyrin4 4.gjf

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azo-zn-porphyrin4.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-21 20:47:45 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2018-7-21 20:41
大家晚上好,请问这个双Zn-卟啉体系的log文件中为何Zn原子没有赝势参数信息呢?(使用的赝势基组是lanl2dz ...

Zn 0
lanl2dz
前头只能空一行,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
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