计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

146

帖子

0

威望

1329

eV
积分
1475

Level 4 (黑子)

7231#
发表于 Post on 2018-7-22 19:42:45 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问opt里面的最后一步的自洽场迭代结束和随后的sp计算后在能量上有何不同?(假设opt和sp一个计算水平)

70

帖子

0

威望

4892

eV
积分
4962

Level 6 (一方通行)

7232#
发表于 Post on 2018-7-22 21:13:25 | 只看该作者 Only view this author
请问社长,我在一篇文献里看到作者用Tinker软件的scan模块来做构象搜索,请问这种搜索方式是基于什么原理呢?另外,我试了一个自己的分子(大概80个原子左右,分子量500左右),结果在一台八核电脑上运行了十多个小时,生成了两万多个文件,都没有结束。
另外,请问社长,如果要用这个软件来做构象搜索,几个参数(Enter the Number Search Directions for Local Search,Enter RMS Gradient per Atom Criterion)设置多少比较合适?此外,Enter the Energy Threshold for Local Minima这里的能量单位是kj/mol么?
问题有点多,非常感谢社长大人

96

帖子

0

威望

1509

eV
积分
1605

Level 5 (御坂)

7233#
发表于 Post on 2018-7-23 10:54:51 | 只看该作者 Only view this author
老师,你好,我想再问下,势能面扫描能量随二面角的变化,方法pbe38              
#p opt=modredundant pbepbe/6-31g(d,p) IOP(3/76=1000003750) Iop(3/77=0625006250)            
末尾加了 D 12 42 51 53 S 18 10.0                                
为什么我的log文件正常结束,但是却没有这部分数据输出,summary of the potentia surface scan 谢谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

7234#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-23 14:54:48 | 只看该作者 Only view this author
lijiaqi 发表于 2018-7-23 10:54
老师,你好,我想再问下,势能面扫描能量随二面角的变化,方法pbe38              
#p opt=modredundant p ...

用gview看
刚性扫描末尾才有汇总输出
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

7235#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-23 14:55:40 | 只看该作者 Only view this author
happyknighthawk 发表于 2018-7-22 21:13
请问社长,我在一篇文献里看到作者用Tinker软件的scan模块来做构象搜索,请问这种搜索方式是基于什么原理呢 ...

我不用tinker

拥molclus搜索又灵活效率又高精度又完全可控,极度推荐
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

7236#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-23 14:56:04 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-7-22 19:42
老师,请问opt里面的最后一步的自洽场迭代结束和随后的sp计算后在能量上有何不同?(假设opt和sp一个计算水 ...

原理上相同
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

96

帖子

0

威望

1509

eV
积分
1605

Level 5 (御坂)

7237#
发表于 Post on 2018-7-23 19:00:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-23 14:54
用gview看
刚性扫描末尾才有汇总输出

老师,你好,我用高斯view 打开,勾选read ,到后面scan 是暗的,不可以打开,是怎么回事,谢谢老师

349

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

7238#
发表于 Post on 2018-7-23 19:50:17 | 只看该作者 Only view this author

高斯错误

尊敬的各位大神,我再用高斯进行优化计算时一直出现下面的两个问题,直到现在还没有解决,想请大家帮忙分析一下具体原因,辛苦啦!
相关文件.zip (1.1 MB, 下载次数 Times of downloads: 6)






6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

7239#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-23 21:07:56 | 只看该作者 Only view this author
没有报错。如果是任务莫名其妙停了,也没报错提示,换个Gaussian版本再试。关键词本身并无问题。

不要写test这毫无意义的关键词,看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

7240#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-23 21:20:45 | 只看该作者 Only view this author
lijiaqi 发表于 2018-7-23 19:00
老师,你好,我用高斯view 打开,勾选read ,到后面scan 是暗的,不可以打开,是怎么回事,谢谢老师

没具体文件说不清楚
看柔性扫描输出文件用不着选read intermediate geometry
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

541

帖子

3

威望

6622

eV
积分
7223

Level 6 (一方通行)

7241#
发表于 Post on 2018-7-23 21:30:03 | 只看该作者 Only view this author
老师好,某一系列分子具有清除自由基的功能,可能的原理有两种:
1供出一个H* 中和掉某自由基 然后自己生成相对更稳定的自由基
2供电子 即给出一个电子
供出H* 可以用BDE 计算来解决,供电子可以用电离势计算来解决。量子化学又没有途径可以说明 到底是那种作用是真正的作用?
两种计算是分别进行的 它们中间没有一个可以进行量化比较的桥梁。
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

7242#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-23 21:34:57 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-7-23 21:30
老师好,某一系列分子具有清除自由基的功能,可能的原理有两种:
1供出一个H* 中和掉某自由基 然后自己生 ...

我所知的量化研究方法没有能解决这个问题的
恐怕得从物理角度建立一些专门的模型来讨论
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

96

帖子

0

威望

1509

eV
积分
1605

Level 5 (御坂)

7243#
发表于 Post on 2018-7-24 15:58:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-23 21:20
没具体文件说不清楚
看柔性扫描输出文件用不着选read intermediate geometry

好的,谢谢老师,我的扫描文件一直出现Error termination via Lnk1e in /share/apps/g09.D01/g09/l401.exe 错误,该怎么解决?关键词:#p scan pbepbe/6-31g(d,p) IOP(3/76=1000003750) Iop(3/77=0625006250)
谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

7244#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-24 18:17:37 | 只看该作者 Only view this author
lijiaqi 发表于 2018-7-24 15:58
好的,谢谢老师,我的扫描文件一直出现Error termination via Lnk1e in /share/apps/g09.D01/g09/l401.ex ...

上传完整输入文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

146

帖子

0

威望

1329

eV
积分
1475

Level 4 (黑子)

7245#
发表于 Post on 2018-7-24 21:48:31 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在反应的末尾得到了NO2分子,但是NO2的某一个O原子被金属原子紧紧抓住,我不确定NO2的脱附是否还存在过渡态,所以就做了金属Co和O原子(属于NO2)的键长的柔性扫描。发现NO2在优化时沿着石墨烯表面滑行远离Co等反应位点。scan的曲线有个极大值点,1)是否能说明NO2脱附过程必然有过渡态存在?     2)另外有个问题,就是Gaussian09能否做NO2分子中的N原子随着距离石墨烯的高度的柔性扫描?输入文件怎么去写?以前都是做键长和角度的。 辛苦老师了

input.rar

3.9 MB, 阅读权限: 100, 下载次数 Times of downloads: 2

run中的柔性扫描文件

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 07:09 , Processed in 0.232874 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list