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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-4 03:28:00 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2018-9-3 16:33
卢老师好,对于键能计算有两种考量:1 片段维持原有构形 直接算能量
2 片段自己也进行opt 运算 然后算能 ...

1是对键能更直接的体现,因此通过键强度讨论哪个地方容易掉,用1更合适。
1和2可能差异大也可能差异不大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-9-4 11:01:01 | 只看该作者 Only view this author
请问,Gaussian里柔性扫描时,如何设定一个扫描参数,而该参数与两个二面角都有关,比如the dihedral angles (θ, as defined by the average dihedral angle of ∠C5−C6−N−C11 and ∠C7−C6−N−C12 ),不知该如何操作呢?

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发表于 Post on 2018-9-4 11:03:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2018-9-4 11:04 编辑

sob老师您好!对于Co的配合物计算反应的中间体和过渡态,优化对Co用赝势基组,在溶剂里做单点对Co用全电子的def2TZVP, 用溶剂里的电子能加上气相优化的Gibbs校正量,这样算出的溶剂下的自由能合理吗?需要不需要要用赝势全用赝势,要么都不用?气相和溶剂里的电子数不相等

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发表于 Post on 2018-9-4 11:41:42 | 只看该作者 Only view this author
图中是我计算CO2分子的nocv程序,想问一下计算cv的话,图中程序中的core卡怎么变,变化规律是什么?
附图二中是利用tz基组计算co2的out文件,里面可以看到core和occ

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1536032536(1).png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-4 11:54:02 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-9-4 11:01
请问,Gaussian里柔性扫描时,如何设定一个扫描参数,而该参数与两个二面角都有关,比如the dihedral angle ...

用G16的GIC功能实现
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-4 11:54:25 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2018-9-4 11:03
sob老师您好!对于Co的配合物计算反应的中间体和过渡态,优化对Co用赝势基组,在溶剂里做单点对Co用全电子 ...

合理
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发表于 Post on 2018-9-4 12:16:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-4 11:54
用G16的GIC功能实现

是这样吗?
#p opt=modredundant b3lyp/6-31g(d) geom=GIC

title

0 1
分子坐标

Ave=(D(5-6-N-11)+D(7-6-N-12))/2
Ave(nsteps=10,stepsize=5)
多谢!

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发表于 Post on 2018-9-4 12:33:46 | 只看该作者 Only view this author

老师能不能帮我解答一下cv计算的core卡填写规则

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发表于 Post on 2018-9-4 19:55:34 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,以前的计算使用的gaussian09,现在需要补充一些数据,包括TDDFT的freq计算,不知补充的数据能否用gaussian16来算,并与以前的结果进行比较?

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发表于 Post on 2018-9-4 21:30:09 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,有个问题就是Gaussian里面的freqchk温度选项输入0即为298.15K,这一点不能理解。难道OK下的热力学量和25摄氏度的热力学量是一样的大小?

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发表于 Post on 2018-9-4 21:44:34 | 只看该作者 Only view this author
老师,这是我在298.15K使用freqchk得到的热力学的矫正值,和电子能相比差了好多,老师这是正常的吗?

自由能.jpg (27.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

自由能.jpg

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发表于 Post on 2018-9-5 00:35:02 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问:一个有机分子,里面有多个N原子,可能存在C-N单键或者C-N双键,但是不确定哪个N形成的是单键,哪个N形成的是双键,因为要给出N的形式电荷,所以这些N原子形成的是单键还是双键很重要,请问如何得出呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-5 04:20:20 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-9-5 00:35
Sob老师,请问:一个有机分子,里面有多个N原子,可能存在C-N单键或者C-N双键,但是不确定哪个N形成的是单 ...

用Multiwfn算Mayer键级,这里提到了
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414
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Theor_Comp 发表于 2018-9-4 12:16
是这样吗?
#p opt=modredundant b3lyp/6-31g(d) geom=GIC

参考

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Theor_Comp 发表于 2018-9-4 19:55
请问sob老师,以前的计算使用的gaussian09,现在需要补充一些数据,包括TDDFT的freq计算,不知补充的数据能 ...

应当写上int(fine,acc2e=10)以和G09默认设置对应
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