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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2018-9-6 09:59:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 captain 于 2018-9-6 10:00 编辑

看到一篇文献 使用g09的NBO分析TiN2这个结构
文献里有一张表

不明白这个 Transferred charge 是怎么从输出文件里得到的?
输出文件里找不到对应的结果
是分析轨道的Occupancy吗?
忘大神们指点一下!谢谢!


计算化学与分子模拟

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发表于 Post on 2018-9-6 10:13:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2018-9-6 10:15 编辑

老师,我阅读了一篇利用高斯做ADMP,并且利用径向分布函数验证常温下(300K),基底(FeG)对污染物(CO,SO2等)吸附的稳定性。我的问题是:1)在按gaussian09中如何编辑输入文件呢?我在输入文件中加上了admp 和 temperature=300,计算结束后应该如何处理得到文献类似中的结果呢?是用multiwfn吗?2)径向分布函数能否用在验证一些催化剂的活性位点的不易迁移的证明上,比如第二张图片中的Fe原子,利用催化剂基地上的C原子和fe的径向分布说明Fe的不易迁移?    辛苦老师

2.jpg (124.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

径向分布函数

径向分布函数

对象.jpg (12.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

吸附CO为构型

吸附CO为构型

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发表于 Post on 2018-9-6 10:14:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Theor_Comp 于 2018-9-6 10:51 编辑

请问如何准确给出一个有机分子中所有N原子的形式电荷(formal charge)?另外,基态与激发态状态时, 原子的形式电荷会变化吗?

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发表于 Post on 2018-9-6 10:51:12 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,NBO键级要怎么计算呢?比如判断两个化合物中C-H键断裂的难易程度,比较键级的大小,通过键级的增大证明断键需要的活化能增加是合理的,这样的方法对吗?

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发表于 Post on 2018-9-6 16:29:12 | 只看该作者 Only view this author
老师,我在结构优化时使用了scf=xqc,然后对优化的结构进行了stable,但是stable的任务失败了,是自洽场不收敛,老师,这是不是就说明我的结构优化的波函数不稳定,还是说我的stable任务有问题?

Desktop.zip

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发表于 Post on 2018-9-6 19:44:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 steven 于 2018-9-6 20:53 编辑

请教老师 关于反应路径的文章里,能量折线图为什么有的文章用 底物加催化剂 作为能量零点   而有的则用 底物和催化剂形成的复合物 作为能量零点?  有什么规则吗?

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发表于 Post on 2018-9-6 21:18:45 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian结果文件占据与非占据轨道能量值数目小于GaussianView查看轨道数,如何解决?

请教一个问题:用Gaussain优化一个分子结构,在结果log文件中,占据轨道与非占据轨道能量值的总数目小于用GaussianView所查看的轨道总数目,该如何解决呢?谢谢

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发表于 Post on 2018-9-6 21:22:17 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-9-6 19:44
请教老师 关于反应路径的文章里,能量折线图为什么有的文章用 底物加催化剂 作为能量零点   而有的则用 底 ...

请教老师,电子密度差(EDD)分析过程中要求基态与激发态的波函数中的分子几何构型一样,那在进行EDD分析时,采用哪个几何结构(S0的最优构型 or S1的最优构型)来进行基态和激发态下的波函数计算进而获得EDD呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-7 02:56:11 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-9-6 21:22
请教老师,电子密度差(EDD)分析过程中要求基态与激发态的波函数中的分子几何构型一样,那在进行EDD分析 ...

考察垂直吸收的密度变化就用S0的,考察垂直发射的变化就用S1的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-7 02:56:35 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-9-6 19:44
请教老师 关于反应路径的文章里,能量折线图为什么有的文章用 底物加催化剂 作为能量零点   而有的则用 底 ...

无所谓
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-7 02:58:10 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-6 16:29
老师,我在结构优化时使用了scf=xqc,然后对优化的结构进行了stable,但是stable的任务失败了,是自洽场不收 ...

做stable的时候应当用guess=read来读取优化最后一帧收敛的波函数作为初猜波函数,这样任务肯定能收敛,而且可以确保检测的就是优化最后一帧的波函数(如果重新产生初猜波函数,有收敛到其它波函数的可能)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-7 02:59:34 | 只看该作者 Only view this author
张大鱼 发表于 2018-9-6 10:51
老师您好,NBO键级要怎么计算呢?比如判断两个化合物中C-H键断裂的难易程度,比较键级的大小,通过键级的增 ...

没有所谓的“NBO键级”
看此文的讨论
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

键级应当用Multiwfn来算
用键级衡量这两个C-H键的强度,最适合的是用Multiwfn计算我在J. Phys. Chem. A, 117, 3100 (2013)里提出的拉普拉斯键级,Multiwfn手册4.9.3节有例子。
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Theor_Comp 发表于 2018-9-6 10:14
请问如何准确给出一个有机分子中所有N原子的形式电荷(formal charge)?另外,基态与激发态状态时, 原子的 ...

最简单的做法是根据原子与谁成键,以及此原子和另一个原子电负性谁大,由此判断。这种做法可靠性不很理想,更好的做法是用Multiwfn做LOBA分析,看
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362

形式电荷可能变化,但强烈不建议用这个讨论激发态和基态电子结构的差异,会有极强的误导性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-7 03:04:08 | 只看该作者 Only view this author
Realzlzl 发表于 2018-9-6 09:53
恩恩,好的,谢谢。sob老师,我用的是Gaussian09 E.01版本,用def2-SVP和def2-TZVP都可以计算,但是用def ...

写TZVP
写关键词有问题一律看手册,别自编关键词
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329678001 发表于 2018-9-6 07:53
sob老师您好,我做了一个优化,和频率的任务。但是我的频率一直算不出来。尝试了直接算频率和调整构型优化 ...

得有输入输出文件才好说。程序bug可能性较大
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