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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-7 03:06:32 | 只看该作者 Only view this author
captain 发表于 2018-9-6 09:59
看到一篇文献 使用g09的NBO分析TiN2这个结构
文献里有一张表

自行根据Fock矩阵元和NBO轨道能量来手动算图中的q


之后有波函数分析问题请发到波函数分析板块
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-7 03:07:37 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-6 10:13
老师,我阅读了一篇利用高斯做ADMP,并且利用径向分布函数验证常温下(300K),基底(FeG)对污染物(CO,SO ...

这不属于两三句话就能概括的简单问题,请发单独帖子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-7 03:18:43 | 只看该作者 Only view this author
lp2014 发表于 2018-9-6 21:18
请教一个问题:用Gaussain优化一个分子结构,在结果log文件中,占据轨道与非占据轨道能量值的总数目小于用G ...

同一个问题请勿短时间内同时在群里和论坛里问,注意看群文件里群规,以及论坛置顶的计算化学公社论坛新人必读。
群里我已经回了
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发表于 Post on 2018-9-7 08:48:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-7 03:07
这不属于两三句话就能概括的简单问题,请发单独帖子

嗯嗯老师,我发到Gaussian/view区了,还请老师给我开个光

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发表于 Post on 2018-9-7 08:56:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-7 03:04
写TZVP
写关键词有问题一律看手册,别自编关键词

好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2018-9-7 09:32:29 | 只看该作者 Only view this author
有个问题想问sob老师,如何才能确定反应过程中是否形成络合物?以O+H2O->2OH为例,高斯i如此结果中末端结构优化OH+OH单独优化结果变动不大,而且能量要比两个OH的能量加起来要大,是否可以确定两个OH形成了一个络合物?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-7 09:51:52 | 只看该作者 Only view this author
huyongxin 发表于 2018-9-7 09:32
有个问题想问sob老师,如何才能确定反应过程中是否形成络合物?以O+H2O->2OH为例,高斯i如此结果中末端结构 ...

优化完了,还保持倆OH的形态,彼此间又没形成化学键,显然就是复合物
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发表于 Post on 2018-9-7 09:54:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-7 03:03
最简单的做法是根据原子与谁成键,以及此原子和另一个原子电负性谁大,由此判断。这种做法可靠性不很理想 ...

Sob老师,氧化态和形式电荷并不总是一致吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-7 09:55:43 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-9-7 09:54
Sob老师,氧化态和形式电荷并不总是一致吧?

说法问题
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发表于 Post on 2018-9-7 10:19:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-7 03:06
自行根据Fock矩阵元和NBO轨道能量来手动算图中的q

明白了 谢谢!
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发表于 Post on 2018-9-7 10:21:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-7 09:51
优化完了,还保持倆OH的形态,彼此间又没形成化学键,显然就是复合物

谢谢sob老师的解答,sob老师,如果不是络合物,优化结束应该是要形成新的化合物是吗?复合物就是络合物吗?如果是复合物的话,利用KiSThelP计算反应速率常数就应该选择单分子是吧?另外老师,单分子和双分子反应速率常数单位是不一样的,有换算关系吗?

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发表于 Post on 2018-9-7 10:38:34 | 只看该作者 Only view this author
计算某一分子的几何结构考虑CV效应时,我需要做两个输入文件,一个是cv文件一个是nocv文件,在nocv文件中我只要修改基组为pwcvXz就可以了,那么cv文件中,具体的core如何修改呢。附件为CO2中性分子的nocv输出文件

0.out_1

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发表于 Post on 2018-9-7 11:18:21 | 只看该作者 Only view this author
老师请问一下,之前在文献中查到的Au-S键的Morse函数形式为 但是在Gromacs中的Morse函数形式是 ,两者之间能量的零点有所不同,想请问一下如何才能改造一下文献中的Morse函数,让它能在Gromacs中使用。
另外还有就是有些键参数是谐振子函数的形式,有什么软件可以支持Morse函数和谐振子函数混用呢。

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发表于 Post on 2018-9-7 14:28:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-7 03:04
得有输入输出文件才好说。程序bug可能性较大

sob老师,我这个问题还能解决么?找别人算一下应该可以解决吧?

1TPtAlWN4.gjf

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1TPtAlWN4.rar

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发表于 Post on 2018-9-7 21:40:40 | 只看该作者 Only view this author
尝试把除前三个轨道保留,剩下全部冻结,scf收敛的办法试了很多,也没收敛,是因为开壳层?只用window是对alpha和beta轨道同时有效吗?Listwindow有45个轨道上限,如果基组比较大,只保留内层轨道不够
#p m06l/6-31G* td(nstates=4,window(1,3))

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