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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-5 04:29:57 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-4 21:30
sob老师,有个问题就是Gaussian里面的freqchk温度选项输入0即为298.15K,这一点不能理解。难道OK下的热力学 ...

显然不同。输入0就等于输入298.15是开发者让你用起来方便
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-5 04:30:29 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2018-9-4 21:44
老师,这是我在298.15K使用freqchk得到的热力学的矫正值,和电子能相比差了好多,老师这是正常的吗?

热力学校正量总是远远小于电子能量
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发表于 Post on 2018-9-5 06:41:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-5 04:28
应当写上int(fine,acc2e=10)以和G09默认设置对应

那引用gaussian时需特别说明吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-5 09:02:55 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2018-9-5 06:41
那引用gaussian时需特别说明吗?

如果你文章里明说用了俩版本,应当写
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发表于 Post on 2018-9-5 09:20:49 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,请问一下计算极化率的问题,分子个数在70-100之间,画分子结构,对称化,用优化后的out分子坐标当做com文件,(1)加弥散函数,B3LYP/6-31+G*,结果总是比实际要大很多很多;(2)不加弥散函数(也不可取),B3LYP/6-31G*,相对小一点;(3)直接取优化前的com坐标(知道这个肯定不可取),B3LYP/6-31G*,结果总是与实际的或者文献中的相近,误差在5%以内;现在有点迷惑两个问题,1: 弥散函数是要加,但是验证了几个后,结构总是大很多,有的甚至大60%;2:直接取优化前的com坐标,肯定不可取,但是计算了不止30个分子以上,结果总是最相近,这是假象吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-5 09:31:59 | 只看该作者 Only view this author
Realzlzl 发表于 2018-9-5 09:20
sob老师,您好,请问一下计算极化率的问题,分子个数在70-100之间,画分子结构,对称化,用优化后的out分子 ...

错误的做法看起来结果好,纯粹是运气、误差碰巧抵消,或者你用的”合理的做法“其实不合理。用着错误的做法就算算出了看起来误差小的结果,也绝对不可能发表

几何结构必须优化,必须用恰当的级别。

算极化率光加那么点弥散根本不够。至少从def2-SVPD起步
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发表于 Post on 2018-9-5 09:57:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-5 09:31
错误的做法看起来结果好,纯粹是运气、误差碰巧抵消,或者你用的”合理的做法“其实不合理。用着错误的做 ...

恩,可能是碰巧了这样。老师,计算70-100个原子,用def2-SVPD是不是很难算的动?

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发表于 Post on 2018-9-5 15:32:18 | 只看该作者 Only view this author
请问用SSH将任务提交至CentOS服务器后,有没有办法知道何时任务跑完了?有没有命令行来提示任务完成?多谢

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发表于 Post on 2018-9-5 15:51:53 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-9-5 21:50:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用催化剂将NO氧化成NO2之后,发现NO2的脱附能很大,达到了4.6eV,在600K至700k的情况下NO2能否脱附(反应最后一步放热2.5eV)?这个可以有个量化的准则去判断吗,类似于能垒小于0.9eV,常温下反应进行的结论性判据?辛苦sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-6 01:14:09 | 只看该作者 Only view this author
Realzlzl 发表于 2018-9-5 09:57
恩,可能是碰巧了这样。老师,计算70-100个原子,用def2-SVPD是不是很难算的动?

有个基本像样的双路服务器就无压力
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刘小英雄steven 发表于 2018-9-5 21:50
sob老师,我用催化剂将NO氧化成NO2之后,发现NO2的脱附能很大,达到了4.6eV,在600K至700k的情况下NO2能否 ...

用这个表格去计算特定温度下的NO2脱附的反应速率常数
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310

反应速率常数代入反应物半衰期公式里,如果半衰期不是很长就容易反应
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-6 01:16:47 | 只看该作者 Only view this author
Chenglong_li 发表于 2018-9-5 15:32
请问用SSH将任务提交至CentOS服务器后,有没有办法知道何时任务跑完了?有没有命令行来提示任务完成?多谢

top里看任务是否还在进行便知
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发表于 Post on 2018-9-6 07:53:18 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我做了一个优化,和频率的任务。但是我的频率一直算不出来。尝试了直接算频率和调整构型优化再算频率,但是结果都是一样的。
下面是报错信息。其实查看能量发现只有零点能校正量没算出来。

)Z3VFAUP~YRN8JFEIAFLW}3.png (18.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

)Z3VFAUP~YRN8JFEIAFLW}3.png

)GHB0P{7IYF]RQ[3TLN@0JY.png (23.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

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发表于 Post on 2018-9-6 09:53:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-6 01:14
有个基本像样的双路服务器就无压力

恩恩,好的,谢谢。sob老师,我用的是Gaussian09 E.01版本,用def2-SVP和def2-TZVP都可以计算,但是用def-TZVP却计算错误?

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