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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-10 04:29:37 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2019-2-9 19:52
sob老师,请问在母体吸附氢气的时候怎么去确定存在kubas作用呢?

我没听说过kubas作用,如果没拼错的话,这词太专了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2019-2-10 15:46:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-10 04:29
我没听说过kubas作用,如果没拼错的话,这词太专了

sob老师,请问那母体中的过渡金属d轨道和氢气中氢原子的σ*有没有作用怎么判断呢?或者说d轨道的电子有没有转移到 σ*轨道,形成反馈键,怎么看呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-10 16:31:38 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2019-2-10 15:46
sob老师,请问那母体中的过渡金属d轨道和氢气中氢原子的σ*有没有作用怎么判断呢?或者说d轨道的电子有没 ...

使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
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发表于 Post on 2019-2-10 17:26:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-10 16:31
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-2-11 16:01:46 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问一下,我们做了过渡金属吸附氢气,用multiwfn分析DOS,图片已上传
1.OPDOS能说明母体与H2 作用时Sc原子中d轨道贡献大么?
2.我们在做PDOS的时候只设置了一个片段,就是Sc的,但是为什么出现的是两个片段呢?

0-0-1.jpg (26.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-11 17:57:48 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2019-2-11 16:01
Sob老师,请问一下,我们做了过渡金属吸附氢气,用multiwfn分析DOS,图片已上传
1.OPDOS能说明母体与H2 作 ...

如本帖1L所提示的,波函数分析与Multiwfn相关问题请发到Multiwfn答疑专贴里,勿发在这里
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发表于 Post on 2019-2-13 10:19:12 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,闭壳层体系可以定义HOMO和LUMO,而开壳层没法定义。
请问,我计算的体系是开壳层体系,可以定义福井函数以及双描述符,并用它们来预测反应位点吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-13 10:59:57 | 只看该作者 Only view this author
believeht 发表于 2019-2-13 10:19
Sob老师,闭壳层体系可以定义HOMO和LUMO,而开壳层没法定义。
请问,我计算的体系是开壳层体系,可以定义 ...

可以。这俩是基于密度的,而不是直接基于轨道,所以没有FMO的尴尬问题
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发表于 Post on 2019-2-13 14:09:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-13 10:59
可以。这俩是基于密度的,而不是直接基于轨道,所以没有FMO的尴尬问题

我明白了,谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2019-2-14 17:56:22 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,画molecular electrostatic potential图,如图1. 审稿人让我们improve,麻烦问一下sob老师,我们是要像图2这样在旁边标出来大小的标度么?如果是,这个要怎么才能做出来呢?谢谢。

Figure S1.jpg (113.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

我们的

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Figure S2.jpg (111.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-14 19:40:45 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-2-14 17:56
sob老师,画molecular electrostatic potential图,如图1. 审稿人让我们improve,麻烦问一下sob老师,我们 ...

你的图里网格太细碎看着不舒服
可以用Multiwfn+VMD绘制,又免费效果又好,把表面极值点还能同时标出来展现更多信息,看
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
把色彩刻度同时标出来更好。

文献里那图也不咋地
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发表于 Post on 2019-2-14 21:57:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-14 19:40
你的图里网格太细碎看着不舒服
可以用Multiwfn+VMD绘制,又免费效果又好,把表面极值点还能同时标出来展 ...

好的,我看看,学习一下。谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-2-14 23:54:40 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我一个字一个字的按着帖子上做的,也看了视频,但是运行VMD时就显示错误呢 我用的是examples里的例子,但是就是不行啊。

Figure S3.jpg (223.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

Figure S3.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-15 07:00:47 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-2-14 23:54
sob老师,我一个字一个字的按着帖子上做的,也看了视频,但是运行VMD时就显示错误呢 我用的是examples ...

仔细看我辛辛苦苦录的视频,生怕有的人照着博文还无法绘制出来才刻意录的
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发表于 Post on 2019-2-15 10:35:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-15 07:00
仔细看我辛辛苦苦录的视频,生怕有的人照着博文还无法绘制出来才刻意录的

sob老师,我厚颜再问一下。我实在是按着您的视频一步一步操作的,multiwfn也是最新的,在VMD官网下的1.9.3,两个版本有CUDA没有的我都下载了。唯一不同的是你的VMD里要加命令行的.rc图标是个电脑样式的,可以直接编辑,我的是个白框,我用写字板才能打开,编辑了,但就是到最后一步的时候VMD打不开。没救了么

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