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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-1-29 13:55:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-29 01:27
1 不好说,都可以用。原理上讲,前者的加弥散函数的做法更为普适化一些,我更建议用前者
2 不管输入的收 ...

多谢老师,对于ma-TZVP基组Truhlar的网站元素包括的不全,需要把s和p的指数系数最小的两项系数除以3,作为弥散函数。请问老师对于第五周期过渡金属只对原def2-TZVP赝势基组加弥散,而赝势部分是不需要改变的,对吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-29 14:43:03 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-1-29 13:55
多谢老师,对于ma-TZVP基组Truhlar的网站元素包括的不全,需要把s和p的指数系数最小的两项系数除以3,作 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-2-1 16:03:23 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想用BOMD 模拟过渡态的反应轨迹,但是不知道BOMD或者ADMP能不能做固定原子的计算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-1 17:52:26 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2019-2-1 16:03
sob老师,我想用BOMD 模拟过渡态的反应轨迹,但是不知道BOMD或者ADMP能不能做固定原子的计算

不能
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发表于 Post on 2019-2-6 11:42:54 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我现在利用crystal17 计算晶体的超低频拉曼,探讨分子间的振动模式,使用b3lyp-D3/6-31G* 去计算,我如果用已经拟合好的值像是0.96左右,对于我小于50CM-1的peak几乎没什么校正到,我可以用我实验的数据和计算的结果去拟合吗? 我现在有两个计算结果,发现校正因子大概是0.8附近,我还会继续算其它晶体,如果最后在0.8左右,这样子ok吗?

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发表于 Post on 2019-2-7 01:15:26 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主配体交换过程存在过渡态吗?或者,需要计算其过渡态吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-7 01:22:18 | 只看该作者 Only view this author
little轲 发表于 2019-2-7 01:15
请问楼主配体交换过程存在过渡态吗?或者,需要计算其过渡态吗?

可能存在,有就计算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-7 01:25:50 | 只看该作者 Only view this author
bria6677 发表于 2019-2-6 11:42
sob老师,我现在利用crystal17 计算晶体的超低频拉曼,探讨分子间的振动模式,使用b3lyp-D3/6-31G* 去计算 ...

完全看不懂你的表述,谁对谁拟合、为什么拟合,以及到底想算什么
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发表于 Post on 2019-2-7 01:45:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-7 01:22
可能存在,有就计算

能否麻烦楼主稍微简述下我该如何从计算上判断配体交换过程是否存在过渡态?十分感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-7 02:21:57 | 只看该作者 Only view this author
little轲 发表于 2019-2-7 01:45
能否麻烦楼主稍微简述下我该如何从计算上判断配体交换过程是否存在过渡态?十分感谢

合理的计算级别下,能尝试找出来就说明有。有经验的人,一看具体结构心里就有数。
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发表于 Post on 2019-2-7 12:10:41 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,G09 D.01版的D3(BJ)计算时可能导致虚频,如果用G09 D.01版的D3(BJ)得到的结果没有虚频,这种情况体系的振动频率数值、能量、几何结构、波函数分析等会有问题吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-7 15:46:03 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-2-7 12:10
请问老师,G09 D.01版的D3(BJ)计算时可能导致虚频,如果用G09 D.01版的D3(BJ)得到的结果没有虚频,这种情况 ...

如果涉及的变量基本都是刚性的,这个问题造成的误差可以忽略
如果牵扯到好多柔型变量,特别是弱相互作用体系,可能这个问题会带来不可忽略的误差
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发表于 Post on 2019-2-7 20:18:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-2-7 15:46
如果涉及的变量基本都是刚性的,这个问题造成的误差可以忽略
如果牵扯到好多柔型变量,特别是弱相互作用 ...

谢谢老师,对于柔性体系G09 D.01版的D3(BJ)不只是振动频率计算有问题,就连几何优化和能量等计算也有问题,是吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-2-8 02:24:17 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-2-7 20:18
谢谢老师,对于柔性体系G09 D.01版的D3(BJ)不只是振动频率计算有问题,就连几何优化和能量等计算也有问题 ...

能量和几何优化没问题
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发表于 Post on 2019-2-9 19:52:27 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问在母体吸附氢气的时候怎么去确定存在kubas作用呢?

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