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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-1-24 10:11:17 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,计算A与B的反应机理,分别考虑A与B在气相中进行,以及A与B在水溶剂中进行(SMD模型)。比较水溶剂对A与B反应过程相互作用能以及反应能垒的影响,这时用什么计算级别都行,还是要用M05-X/6-31G*?

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发表于 Post on 2019-1-26 11:29:37 | 只看该作者 Only view this author

过渡态验证错误

老师和前辈们好,本人在进行过渡态验证时出现"Error termination via Lnk1e in /home/customer/g09/l301.exe"的错误提示,输入文件见附件,麻烦老师、前辈们给予指点下,输入文件哪块有问题吗?谢谢!

TS1for.gjf

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发表于 Post on 2019-1-26 14:02:21 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2019-1-27 20:31:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Aristotler 于 2019-1-27 20:39 编辑

老师,问一个简单问题,请问Mo钼这个元素我可以用赝势lanl2dz 吗?之前碘用的是这个,第五周期了,查文献都是2005年的,基组的选择没啥参考价值了
补充:之前老师上课时候讲当体系涉及到较重元素时,绝大多数情况要用赝势基组来表现

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发表于 Post on 2019-1-27 21:16:17 | 只看该作者 Only view this author
老师,我计算甲苯在催化剂表面的吸附,但是一计算走几步就停止了,也不显示错误的原因~~求解答,没法进行下一步 计算~~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-28 00:49:53 | 只看该作者 Only view this author
gangyecp 发表于 2019-1-26 11:29
老师和前辈们好,本人在进行过渡态验证时出现"Error termination via Lnk1e in /home/customer/g09/l301.ex ...

直接贴报错提示,别问l几几几出错,看
提问Gaussian问题的注意事项;Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

说不清楚的情况直接把输出文件压缩后上传(压缩后还超过1MB的贴网盘链接)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-28 00:50:28 | 只看该作者 Only view this author
martinbaird 发表于 2019-1-27 21:16
老师,我计算甲苯在催化剂表面的吸附,但是一计算走几步就停止了,也不显示错误的原因~~求解答,没法进行下 ...

如果你100%确信没有任何报错提示,换个机子,或者换个Gaussian版本再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-28 00:51:33 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2019-1-27 20:31
老师,问一个简单问题,请问Mo钼这个元素我可以用赝势lanl2dz 吗?之前碘用的是这个,第五周期了,查文献都 ...

太low
这年头起码从Lanl2TZ、SDD起步,看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

现在也就是一大堆过渡金属原子,计算实在吃力的时候才用lanl2DZ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-28 00:52:38 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-1-24 10:11
请问老师,计算A与B的反应机理,分别考虑A与B在气相中进行,以及A与B在水溶剂中进行(SMD模型)。比较水溶 ...

由于当前的目的不在于计算的溶解自由能的精度,因此不需要特意用M05-2X/6-31G*。
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发表于 Post on 2019-1-28 08:17:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-28 00:51
太low
这年头起码从Lanl2TZ、SDD起步,看
谈谈赝势基组的选用

感谢老师

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发表于 Post on 2019-1-28 10:44:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-28 00:52
由于当前的目的不在于计算的溶解自由能的精度,因此不需要特意用M05-2X/6-31G*。

感谢老师,还有几个问题请教。
1、是否可以讨论反应体系在气相和在SMD水溶剂中波函数分析例如键级、AIM、静电势、态密度等性质的不同?
2、ma-TZVP是在高斯中用gfinput关键词输出def2tzvp基组。然后把s和p的指数系数最小的两项系数除以3,作为弥散函数就可以了吗?
3.可以用ORCA的PRINTBASIS关键词输出ma-TZVP基组,粘贴到高斯中计算吗?
4.对于赝势基组def2-SVP与LanL2DZ哪个更好?

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发表于 Post on 2019-1-28 12:15:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-28 00:50
如果你100%确信没有任何报错提示,换个机子,或者换个Gaussian版本再试

老师,我是用服务器算的,outmol输出结果就是在某一步计算就停止了,但是优化单独的甲苯分子和催化剂表面都没有问题,就是合在一起就不能算了,算个几步就停止了~~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-29 00:07:24 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-1-28 10:44
感谢老师,还有几个问题请教。
1、是否可以讨论反应体系在气相和在SMD水溶剂中波函数分析例如键级、AIM ...

1 可以
2 是。在Truhlar的网站上也可以直接下载到定义,这里提了
给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法
http://sobereva.com/340http://bbs.keinsci.com/thread-3487-1-1.html
3 没必要这么折腾,还得自行修改格式
4 看具体元素。至少lanl2DZ不会更好
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发表于 Post on 2019-1-29 00:52:07 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,B3LYP-D3BJ计算阴离子单点能,
1.ma-tzvp和def2-TZVPD两个基组哪个精度更好?这两个基组对一般的情况都适用吗?
2.同一基组,高斯内置的与EMSL基组库中的相应壳层指数相同,但收缩系数不同,这样正常吗?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-29 01:27:20 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-1-29 00:52
请问老师,B3LYP-D3BJ计算阴离子单点能,
1.ma-tzvp和def2-TZVPD两个基组哪个精度更好?这两个基组对一般 ...

1 不好说,都可以用。原理上讲,前者的加弥散函数的做法更为普适化一些,我更建议用前者
2 不管输入的收缩系数是多少,到了Gaussian里,程序都会自动做一下归一化处理,所以不看绝对值。但是同一个基函数壳层中的不同GTF壳层间的收缩系数的相对值会影响结果。
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