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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-22 00:22:45 | 只看该作者 Only view this author
meatball1982 发表于 2019-1-21 22:38
sob老师:
     根据你的意见。我尝试用隐式水模型进行计算。
     参考这个帖子

1 直接计算,溶剂模型,得到的就是气态的单点能
2 一般就用SMD。绝对能量没有化学意义
3 在水溶液下“带电残基”才会自发质子化/解离质子成为带电状态,在真空下首先就不会出现这样的过程而自发带电,计算真空下的带电状态(无论是能量还是结构优化)也没有任何实际意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-1-22 09:14:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-22 00:04
如果你是用非限制性开壳层(U)计算的,那么原理上来说所有分子轨道的分布都会影响自旋布居,因此没法说对 ...

谢谢老师回复,我学习下您的帖子

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发表于 Post on 2019-1-22 09:14:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-21 16:32
8成是你输入文件格式不对,诸如根本没有定义SDD赝势,仔细看博文弄清楚格式

老师,我解决这个问题了,我在定义SDD时忘了定义赝势了,在用lanl08d时定义赝势的时候忘了删掉赝势里那一堆注释了

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发表于 Post on 2019-1-22 10:08:35 | 只看该作者 Only view this author

求助:gauss计算输出的结果文件log里面的数据是什么意思

类似于这种,里面Excited State   1下面是两个轨道吗?
61 -> 65        -0.10447后面的-0.10447是啥意思,f=0.0000是啥意思?<S**2>=2.000是激发态s2吗?
Excited State   1:      Triplet-A      2.2367 eV  554.31 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
      61 -> 65        -0.10447
      62 -> 63         0.69827

QQ截图20190122095649.png (23.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

QQ截图20190122095649.png

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发表于 Post on 2019-1-22 10:08:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-22 00:04
如果你是用非限制性开壳层(U)计算的,那么原理上来说所有分子轨道的分布都会影响自旋布居,因此没法说对 ...

Sob老师好,我用您帖子中的方法做了波函数的双正交化。然后还有几个问题想请教您一下。第一个问题是,输出结果中显示325号轨道是alpha的HOMO轨道,1378号轨道是beta的HOMO轨道。我的体系是五重态,通过自旋布居分析得知里面有五个自旋向上的单电子,一个自旋向下的单电子。按照现在的输出结果看其中一个自旋向上的单电子应该是在alpha的HOMO即325号轨道上。但是我看您说“没有实际双正交化后的轨道的能量信息,此文件里的这些轨道的序号顺序并不对应于其轨道能量顺序”。想问您一下,在这种情况下如何判断其他单电子是在那几个轨道上?第二个问题是,看您说双正交化后的轨道不是原来的分子轨道了,想问您一下,这时在文中讨论双正交化的轨道时应该用什么表述比较合适,用biorthogonalized molecular orbital 是否可以?

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-1-22 10:11:39 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2019-1-22 11:45:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2019-1-22 11:46 编辑

提交文件内容如下:%chk=/home/7irc.chk
%nproc=12
%mem=3Gb
#p opt=(calcfc,noeigentest,ts) freq rob3lyp/GenEcp Temperature=298.15

this is title

1 2
为什么错误显示  No analytic 2nd derivatives for this method. Error termination via Lnk1e in /home/erya123/g09/l1.exe at Tue Jan 22 11:38:54 2019.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000000891, rsp 00007fff21dd5998, rbp 00007fff21dd5f10
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000000891, r8  00002b1d251bf340
   r9  0000000000000000, r10 00007fff21dd5760, r11 0000000000000202
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fff21dd5f58
   r15 00000000000003e6
  --- traceback not available
Aborted (core dumped)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-22 14:29:58 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2019-1-22 11:45
提交文件内容如下:%chk=/home/7irc.chk
%nproc=12
%mem=3Gb

ROKS不支持二阶解析导数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-22 14:30:42 | 只看该作者 Only view this author
Naomi 发表于 2019-1-22 10:08
类似于这种,里面Excited State   1下面是两个轨道吗?
61 -> 65        -0.10447后面的-0.10447是啥意思 ...

电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-22 14:32:33 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-1-22 10:08
Sob老师好,我用您帖子中的方法做了波函数的双正交化。然后还有几个问题想请教您一下。第一个问题是,输 ...

从序号最高的alpha占据轨道开始往下看5个轨道就行了,这5个轨道主要体现了当前电子alpha比beta多出来的5个电子的分布。当前显示的轨道能量信息、HOMO这种概念已经没有意义了

叫biorthogonalized molecular orbital或者biorthogonalization orbital都可以
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发表于 Post on 2019-1-22 15:09:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Jameslzy 于 2019-1-22 15:31 编辑
sobereva 发表于 2019-1-22 14:32
从序号最高的alpha占据轨道开始往下看5个轨道就行了,这5个轨道主要体现了当前电子alpha比beta多出来的5 ...

好的好的,谢谢老师回复。还有两个问题想问下您:1.原来体系中分析出来N上带有一个自旋向下的beta电子,这个电子从属的轨道现在还能找到吗,是现在beta的占据轨道中编号最大的个,即1378号轨道吗?
2.您帖子中说双正交化轨道的能量没有计算,轨道序号顺序并不对应能量顺序。想问您一下那这些轨道序号顺序现在有什么物理意义吗,现在有什么方法可以判断双正交化后轨道的能量,或者轨道间相对能量的大概位置吗?
谢谢老师

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发表于 Post on 2019-1-22 15:43:12 | 只看该作者 Only view this author

DFT方法

mpw1b95和DSD-BLYP方法在G09里怎么输入?查文献自己理解应该是有iop应该输入什么?

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发表于 Post on 2019-1-22 15:48:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-22 14:30
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光 ...

太感谢sobereva老师了,谢谢教导!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-1-22 16:38:07 | 只看该作者 Only view this author
墨离 发表于 2019-1-22 15:43
mpw1b95和DSD-BLYP方法在G09里怎么输入?查文献自己理解应该是有iop应该输入什么?

Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344http://bbs.keinsci.com/thread-3997-1-1.html

http://comp.chem.umn.edu/info/DFT.htm

PS:mpw1b95属于垃圾泛函

注意以后求助帖应当在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
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发表于 Post on 2019-1-22 18:10:14 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,怎么知道激发态激发到哪个态?
比如类似这种
Excited State   1:      Triplet-A      2.2367 eV  554.31 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
      61 -> 65        -0.10447
      62 -> 63         0.69827
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT) =  -839.055208384   
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited State   2:      Triplet-A      2.2571 eV  549.31 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
      61 -> 63         0.68920
      62 -> 65        -0.10320

Excited State   3:      Triplet-A      2.6472 eV  468.35 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
      57 -> 63         0.11103
      60 -> 63         0.67247
      60 -> 64         0.13092

Excited State   4:      Triplet-A      2.8456 eV  435.70 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
      58 -> 65         0.14902
      59 -> 63         0.63820
      61 -> 66         0.11637
      62 -> 64         0.21450

Excited State   5:      Singlet-A      2.8608 eV  433.39 nm  f=0.2865  <S**2>=0.000
      62 -> 63         0.70130
我刚看您发的博文,Excited State   1中62-63轨道的贡献是0.69827*0.69827/0.5,这个是不是激发态s1的主要轨道途径,但是我考虑到f=0.0000,跃迁是禁止的,所以我认为是Excited State   5中的62-63是第一激发态s1,是我这个有机构型s0直接跃迁到s1,
但是这个结果文件后面任然有
Excited State   8:      Singlet-A      3.1701 eV  391.11 nm  f=0.0068  <S**2>=0.000
      61 -> 63         0.70175
我认为也是激发态s2,现在是不清楚到底s0激发到哪个态,希望老师指点

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