计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

259

帖子

0

威望

851

eV
积分
1110

Level 4 (黑子)

8536#
发表于 Post on 2019-3-12 21:30:49 | 只看该作者 Only view this author
老师,能不能给一点PBC计算的示例或者教程,或者指点一下怎么弄懂周期性结构的计算原理和提交任务等问题。我现在要计算一下层状材料之间的层间距,但是之前是计算反应机理的。现在这个不会啊。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8537#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-13 04:08:19 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-3-12 21:30
老师,能不能给一点PBC计算的示例或者教程,或者指点一下怎么弄懂周期性结构的计算原理和提交任务等问题。 ...

几句话说不清楚
如果你非要用Gaussian做PBC,简单来说,先在gview的PBC editor里面设好晶胞信息,然后保存输入文件,此时坐标部分就会有Tv项描述平移矢量,此时照常写关键词就可以进行优化任务
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

175

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1232

Level 4 (黑子)

8538#
发表于 Post on 2019-3-13 08:26:19 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我最近有一篇文章小修,审稿人说我的文章里应该提到熵。但是我查找文献,要不就是没有提到熵的,要不就是长篇大论的。
我老师的意思是找一篇为什么不用熵算反应路径的文献,或者是找个理由说一下,我们为什么用自由能算反应路径。想让您帮我看看,或者推荐一下文献。
审稿人问题
In the discussion, the reaction step with the lowest barrier is defined the “rate determining step”. However, entropy effects are not included, and it should be mentioned at least that they can change things substantially.

482

帖子

10

威望

6942

eV
积分
7624

Level 6 (一方通行)

BSJ Institute

8539#
发表于 Post on 2019-3-13 09:48:55 | 只看该作者 Only view this author
最近在自写量子化学程序,对Gaussian等主流量子化学程序的基组收缩方式有疑问。经过验证如果在Gaussian关键字上写extralinks=l316 iop(5/33=5,3/10=100000,3
/33=1) noraff scf=conventional得到的能量对应的是基组完全不收缩,自写的程序可以取得完全一致的结果。但去掉上述关键字后的HF能量就发生了变化。以STO-3G为例,自写程序里对基组收缩的理解是每个basis function=Cn Psin 对n从0到2求和,cn为EMSL上的收缩系数,对整个basis function归一化后这些收缩系数不再做变分。但这样得到的能量明显高于Gaussian和ORCA的结果,重叠积分矩阵也不同,请问是否是我对基组收缩的理解有误?

139

帖子

0

威望

473

eV
积分
612

Level 4 (黑子)

8540#
发表于 Post on 2019-3-13 10:46:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-7 02:29
明显基组写得不对,写6-311++G(3df,3pd)
然而这基组是个绝对的垃圾,远不如用更便宜一点结果还更好的ma- ...

好的谢谢老师

541

帖子

3

威望

6620

eV
积分
7221

Level 6 (一方通行)

8541#
发表于 Post on 2019-3-13 11:31:39 | 只看该作者 Only view this author
老师好,关于溶液颜色和吸收谱的关系我有些不明白。
1 溶液颜色是不是就是 吸收谱在可见光区域 最大吸收波长对应的颜色的补色?
2 如果在可见光区域有2个峰 这个该怎么处理?
3 是不是眼睛看一下溶液颜色就能判断出 溶液在可见光区大概的最大吸收波长位置?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8542#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-13 14:51:23 | 只看该作者 Only view this author
shiyanan 发表于 2019-3-12 19:26
请问各位资源分享板块的其他资料怎么查看,我只能找到当前蓝体字资料,如下图

点“资源分享”就进去了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8543#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-13 14:54:06 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2019-3-13 11:31
老师好,关于溶液颜色和吸收谱的关系我有些不明白。
1 溶液颜色是不是就是 吸收谱在可见光区域 最大吸收波 ...

不仅仅是最大吸收波长那么简单。准确预测颜色,需要把整个可见光区域的吸收曲线完全预测对才是严格正确的,每个波长的吸收都会影响颜色。有的时候是否考虑振动耦合都影响不小
建议你看看这篇染料颜色计算的文章DOI: 10.1002/jcc.24774
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

146

帖子

0

威望

1329

eV
积分
1475

Level 4 (黑子)

8544#
发表于 Post on 2019-3-13 15:22:11 | 只看该作者 Only view this author
老师,做完admp后,如何统计键长范围呢?类似图片中的描述

admp.png (126.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

admp.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8545#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-13 15:58:20 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-3-13 15:22
老师,做完admp后,如何统计键长范围呢?类似图片中的描述

如果你是Gaussian做的,载入gview里,在这个选项里可以把键长的变化导出来,之后弄到origin里统计分析即可

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

146

帖子

0

威望

1329

eV
积分
1475

Level 4 (黑子)

8546#
发表于 Post on 2019-3-13 16:21:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-13 15:58
如果你是Gaussian做的,载入gview里,在这个选项里可以把键长的变化导出来,之后弄到origin里统计分析即 ...

嗯嗯,谢谢老师。还有一个问题,我也遇到了http://bbs.keinsci.com/thread-1851-1-1.html里面描述的问题,但是鉴于fullscf设置每步做完整的SCF计算,计算耗时有点多,有没有更好的解决方法?

25

帖子

0

威望

590

eV
积分
615

Level 4 (黑子)

8547#
发表于 Post on 2019-3-13 17:11:40 | 只看该作者 Only view this author
老师,我在opt计算的时候为了防止出现l9999的错误在指令上加了NoEigenTest,但计算完后还是出现这个报错,望老师指点一下

微信截图_20190313171059.png (16.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

微信截图_20190313171059.png

微信图片编辑_20190313170917.jpg (90.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

微信图片编辑_20190313170917.jpg

106

帖子

0

威望

3569

eV
积分
3675

Level 5 (御坂)

被催的人

8548#
发表于 Post on 2019-3-13 19:34:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-11-16 06:22
同位素对于优化结构一定没有影响,验证个啥?别做无用功浪费计算资源
仔细看
谈谈温度、压力、同位素设 ...

谢谢老师的答复!已拜读您推荐的文章。
然而现在又需要在已有优化结构的基础上计算同位素的振动频率,故将原先的问题修改如下、再次咨询,谢谢!

求问Gaussian 09输入文件如何在读取未指定同位素优化输出的chk文件的基础上设置同位素

如题,已经完成未指定同位素的优化得到了chk文件,现希望在此chk文件的基础上,在输入文件中通过geom=check guess=read语句读取优化得到的坐标和波函数,但同时需要对同位素进行设置。参照Gaussian手册编制输入文件如下,然而计算报错,不知道这是设置问题还是格式问题,敬请各位老师指教,谢谢!

%nprocshared=4
%mem=1024MW
%chk=CH3OH.chk
# freq B3LYP/6-31G+(d,p) geom=check guess=read

C_13_H3OH

0 1
C(iso=13)


(文件结束)

46

帖子

0

威望

192

eV
积分
238

Level 3 能力者

8549#
发表于 Post on 2019-3-13 22:59:04 | 只看该作者 Only view this author
老师,在使用libxc库的时候其中有hyb_mgga_x_*的泛函,这类只有交换作用的泛函要怎么样与关联泛函配合使用,从而计算相应的交换相关能以及交换相关势?或者有什么书会提供这方面的讲解?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

8550#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-14 04:44:59 | 只看该作者 Only view this author
jslo 发表于 2019-3-13 22:59
老师,在使用libxc库的时候其中有hyb_mgga_x_*的泛函,这类只有交换作用的泛函要怎么样与关联泛函配合使用 ...

meta-GGA泛函一般都是在原文里就定义了什么相关泛函和什么交换泛函组合,meta-GGA交换泛函与乱七八糟的相关泛函组合并没什么实际意义。
相关知识可以看这个了解 密度泛函理论(DFT)综述与专著合集 http://bbs.keinsci.com/thread-6364-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 16:19 , Processed in 1.083195 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list